Analysis of hepatitis C virus sequence quasi species by NGS

NGS分析丙型肝炎病毒序列准种

• 批准号: 23659407
• 负责人: WAKITA Takaji
• 金额: $ 2.33万
• 依托单位: National Institute of Infectious Diseases
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-23659407/
• 关键词: 肝炎ウイルス; 次世代シーケンス; quasispecies; HCV; ウイルス; インターフェロン

Hepatitis C Virus (HCV) genome accumulates nucleotide substitutions because of low viral RNA polymerase fidelity and high viral replication ratio. This quasispecies nature has been considered to contribute for its pathogenesis or viral escape. We constructed a method to determine the full-length viral genome RNA species from patient serum combined next-generation sequencing and capillary sequencing. We found independent dominant species co-existed in one patient serum. Polymorphisms related to the favorable response of interferon sensitivity were gathered into one species. Sequential species were formed same clusters. We thus considered that both species might have been mixture and survived the bottleneck events when the patient was infected, and then evolved individually in the patient. In conclusion, our study demonstrated that considering each full-length species in patient serum is important for understanding HCV life cycle.

由于病毒RNA聚合酶保真度低和病毒复制率高，丙型肝炎病毒（HCV）基因组积累核苷酸取代。这种准种性质被认为有助于其发病机制或病毒逃逸。我们建立了一种结合新一代测序和毛细管测序的方法，从患者血清中确定病毒基因组RNA的全长种。我们发现一个患者血清中存在独立的优势种。与干扰素敏感性相关的多态性被聚集到一个物种中。顺序的物种形成相同的集群。因此，我们认为这两个物种可能是混合的，当病人被感染时，它们在瓶颈事件中幸存下来，然后在病人身上单独进化。总之，我们的研究表明，考虑患者血清中的每个全长种对于了解HCV生命周期很重要。

项目成果

1999年から2009年における日本のC型急性肝炎の発生状況

1999年至2009年日本急性丙型肝炎发病率

• 发表时间: 2011
• 作者: 相崎英樹;他
• 通讯作者: 他

C型肝炎ウイルス粒子の産生効率の良いHuH-7細胞サブクローンの分離と同定

高效生产丙型肝炎病毒颗粒的HuH-7细胞亚克隆的分离和鉴定

• 发表时间: 2011
• 作者: 村山麻子;三代俊治;脇田隆字;加藤孝宣
• 通讯作者: 加藤孝宣

Halopemide inhibited a post-assembly step in hepatitis C virus life cycle

卤哌胺抑制丙型肝炎病毒生命周期中的组装后步骤

• 发表时间: 2011
• 作者: N Uchida;他
• 通讯作者: 他

Strain Specific Susceptibility to The Hepatitis C Virus NS5A Inhibitor

菌株对丙型肝炎病毒 NS5A 抑制剂的特异性敏感性

• 发表时间: 2011
• 作者: Y Okamoto;他
• 通讯作者: 他

Does a vaccine derived from a single HCV strain elicit broadly cross-neutralising antibodies in humans?

源自单一 HCV 毒株的疫苗是否会在人类体内引发广泛的交叉中和抗体？

• 发表时间: 2011
• 作者: J Law;他
• 通讯作者: 他