Systematic analysis on the inter-gene regions of the Escherichia coli genome

大肠杆菌基因组基因间区域的系统分析

• 批准号: 24657004
• 负责人: KATAYAMA Tsutomu
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-24657004/
• 关键词: 遺伝子間領域; 非コードDNA; ゲノム; 遺伝学; 大腸菌; DARS; datA; oriC

In this study, we analyzed the inter-gene regions which have a length of more than 0.5 kb in the Escherichia coli genome. First, based on original analysis using informatics and E. coli genome database, we deduced 94 sites which meet our present study. Next, according to priority determined by further database analysis, we systematically constructed deletion mutants of the regions. One of those mutants was found to have clear sensitivity in cell growth at low temperatures. A specific sequence motif was also found in the region, which was suggested to support cell growth at low temperatures. In parallel, we analyzed the datA region which has a cluster of DnaA-binding sites in an inter-gene region. DnaA is the replication initiator protein and we revealed functional mechanism in datA for regulating DnaA,

在这项研究中，我们分析了大肠杆菌基因组中长度超过0.5 kb的基因间区域。首先，在原有分析的基础上，运用信息学和E. coli基因组数据库中，共推导出94个符合本研究的位点。接下来，根据进一步数据库分析确定的优先级，我们系统地构建了这些区域的缺失突变体。发现其中一种突变体在低温下对细胞生长具有明显的敏感性。在该区域还发现了一个特定的序列基序，这被认为可以支持细胞在低温下的生长。同时，我们分析了datA区域，该区域在基因间区域中具有一簇DnaA结合位点。DnaA是复制起始蛋白，我们揭示了datA调节DnaA的功能机制，

项目成果

DnaA制御サイクルの再構築による解明:新たなDnaA-ATP加水分解経路と核様体構築因子の役割.

通过重建阐明 DnaA 调节循环：一种新的 DnaA-ATP 水解途径和类核组装因子的作用。

• 发表时间: 2012
• 作者: 片山勉;加生和寿;藤光和之;尾崎省吾;野口泰徳;宮崎恵里加;増田圭美;末次正幸;川上広宣.
• 通讯作者: 川上広宣.

Reconstitution and molecular anayomy of oriC initiation complexes in E. coli chromosomal replication: ssDNA rescruitmentand roles for IHF and dictinct DnaA oligomers formed on oriC.

大肠杆菌染色体复制中 oriC 起始复合物的重建和分子分析：ssDNA 招募以及 IHF 和 oriC 上形成的特异 DnaA 寡聚物的作用。

• 发表时间: 2012
• 作者: Fujita S;Matsuo T;Ishiura M;and Kikkawa M;Ozaki,S.
• 通讯作者: Ozaki,S.

DnaBヘリカーゼ装着反応におけるDnaAドメインIIIの果たす役割

DnaA 结构域 III 在 DnaB 解旋酶附着反应中的作用

• 发表时间: 2012
• 作者: Kasho;K.;西村昌洋
• 通讯作者: 西村昌洋

九州大学薬学研究院分子生物薬学分野

九州大学药学部分子生物药剂学系

Finding and molecular analysis of a novel inactivation mechanism for the replication initiator DnaA by a specific chromosomal locus.

发现并分子分析特定染色体位点对复制起始子 DnaA 的新型失活机制。

• 发表时间: 2012
• 作者: 加生和寿;片山 勉
• 通讯作者: 片山 勉