バイオインフォマティクスを用いた非コードDNA解析による若年突然死の発症機序解明

利用生物信息学的非编码DNA分析阐明年轻猝死的发病机制

• 批准号: 22K08168
• 负责人: 村田 広茂
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Nippon Medical School
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K08168/
• 关键词: バイオインフォマティクス; 遺伝性不整脈; 心臓突然死; エピジェネティクス; 全ゲノムシークエンス

遺伝性不整脈疾患は、心臓突然死の原因となる致死性不整脈を発症する疾患群である。従来健康で社会に貢献する世代を突然襲う疾患であり、それにより失われる文化経済的損害は多大なものである。これを未然に予防、治療するためには疾患の遺伝子基盤に基づく発症機序を正確に同定することが非常に重要である。しかし、最も研究が進んでいるQT延長症候群で3割ほど、Brugada症候群にいたっては約8割の患者の原因遺伝子は不明である。そこで本研究では、ターゲット領域遺伝子解析や全エクソン解析等によっても原因遺伝子、病原性バリアントを同定できなかった心臓突然死の家系を対象とし、全ゲノム解析を行っている。研究初年度は、バイオインフォマティクス解析の準備として候補変異の絞り込み用にオープンソースのワークフロー作成プログラムKNIME（https://www.knime.com/）を利用し、最新のエピジェネティクス・データベースを導入したカスタムメイドの解析パイプラインを構築した。平均500万個のSNPと5千個の構造バリアントを検出しバイオインフォマティクス解析を行っている。一部結果として、心臓突然死の一家系で、PITX2-C4orf32遺伝子間領域に心臓突然死に関わる欠失を新たに同定した。現在までに心臓突然死7家系の疾患原因となっていることが判明し、iPS細胞、トランスジェニックマウスを用いた機能解析を施行し、結果を学会等で発表し、論文を学会誌へ投稿中である。

The group of patients with 伝 paroxysmal arrhythmia 伝 and する paroxysmal arrhythmia を caused by sudden death of the heart である. 従 to contribution healthy social に で す る generation を suddenly hit う disorders で あ り, そ れ に よ り lost わ れ る culture 経 済 は much damage な も の で あ る. こ れ を ahead に to prevention, treatment す る た め に は disorders の heritage 伝 son base plate に base づ く 発 disease machine sequence を に right be す る こ と が very important で に あ る. し か し, most が も research into ん で い る extended QT syndrome で 3 cut ほ ど, Brugada syndrome に い た っ て は about cause of 8 patients with cut の の survived 伝 は unknown で あ る. そ こ で this study で は, タ ー ゲ ッ ト field heritage 伝 son parsing や full エ ク ソ resolution of ン に よ っ て も reason heritage 伝, pathogenicity バ リ ア ン ト を with fixed で き な か っ た crucial heart sudden death の family を like と seaborne し, whole ゲ ノ ム parsing line を っ て い る. Early research annual は, バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス parsing の prepare と し て alternate - different の ground り 込 み with に オ ー プ ン ソ ー ス の ワ ー ク フ ロ ー made プ ロ グ ラ ム KNIME を use し (https://www.knime.com/), the latest の エ ピ ジ ェ ネ テ ィ ク ス · デ ー タ ベ ー ス を import し た カ ス タ Youdaoplaceholder0 ムメ ド ド ド プラ analysis パ プラ プラ を を construction of <s:1> た. 5000 an average of 5 million の SNP と の tectonic バ リ ア ン ト を 検 out し バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ク ス parsing line を っ て い る. A result と し て の is crucial, the heart sudden death a で, traces of PITX2 - C4orf32 伝 sub area between crucial に heart sudden death に masato わ る owe lost を new た に with fixed し た. Crucial now ま で に heart sudden death seven is の disorders cause と な っ て い る こ と が.at し, iPS cells, ト ラ ン ス ジ ェ ニ ッ ク マ ウ ス を with い た function analytical を し enforcement, results を learn で 発 table し, paper を society volunteers contribute へ で in あ る.

项目成果

バイオインフォマティクスを用いた遺伝性不整脈の新規発症機序の解明

利用生物信息学阐明遗传性​​心律失常的新机制

• 发表时间: 2022
• 作者: Ono Katsushige;Iwasaki Yu‐ki;Hiroshige Murata et al.;村田広茂;Hiroshige Murata;村田広茂
• 通讯作者: 村田広茂

Possibility of steroid therapy without pacemaker implantation in patients with sarcoidosis presenting atrioventricular block

• DOI: 10.1007/s00380-022-02092-1
• 发表时间: 2022-05-14
• 期刊: HEART AND VESSELS
• 影响因子: 1.5
• 作者: Yodogawa, Kenji;Fujimoto, Yuhi;Shimizu, Wataru
• 通讯作者: Shimizu, Wataru

Characterization of Arrhythmogenic Substrates for Ventricular Tachycardia needing Surgical Approach in Patients with Non-Ischemic Cardiomyopathy

非缺血性心肌病患者需要手术治疗的室性心动过速致心律失常基质的特征

• 发表时间: 2023
• 作者: Ono Katsushige;Iwasaki Yu‐ki;Hiroshige Murata et al.;村田広茂
• 通讯作者: 村田広茂