Toward the standard methodologies for next-generation molecular phylogenetics

迈向下一代分子系统发育学的标准方法

• 批准号: 24657065
• 负责人: OKUYAMA YUDAI
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: National Museum of Nature and Science, Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-24657065/
• 关键词: 分子系統樹; 次世代シーケンサー; RAD-seq; テルペン合成酵素遺伝子; チャルメルソウ; カンアオイ; RADタグ法

This study aimed to establish the standard methodologies for phylogenetic inferences on the plant groups that underwent rapid species radiation. To this end, two next-generation-sequencer-based methodologies were examined, i.e., RAD-seq and RNA-seq. In the earlier trial of the RAD-seq, we found that the amount of the data output by GS Junior is far from that necessary for consistent phylogenetic study, so we switched to the use of Hiseq 2000. Now we have finished the library preparation and the data processing is underway. As for the RNA-seq, we analyzed the flower-expressed genes and succeeded to find some genes with unusual mode of molecular evolution, possibly because of their association with the plant speciation process. The gene regions were found to have much more information than the standard genes used for the routine phylogenetic studies.

本研究旨在建立对经历快速物种辐射的植物类群进行系统发育推断的标准方法。为此，研究了两种基于下一代测序仪的方法，即 RAD-seq 和 RNA-seq。在早期的RAD-seq试验中，我们发现GS Junior输出的数据量远远不能满足系统发育一致性研究的需要，所以我们改用Hiseq 2000。现在我们已经完成了文库准备，正在进行数据处理。至于RNA-seq，我们分析了花表达的基因，并成功地发现了一些具有不寻常分子进化模式的基因，可能是因为它们与植物物种形成过程有关。人们发现这些基因区域比用于常规系统发育研究的标准基因具有更多的信息。

项目成果

he genetic basis of flower-related phenotypic differences between closely related species of Asian Mitella (Saxifragaceae).

亚洲 Mitella（虎耳草科）密切相关物种之间与花相关的表型差异的遗传基础。

• 发表时间: 2013
• 期刊: Bulletin of the National Museum of Nature and Science. Series B, Botany
• 作者: Yudai Okuyama;Mio Akashi
• 通讯作者: Mio Akashi

The speciation gene complex underlying recurrent pollinator shifts in Asian Mitella

亚洲 Mitella 轮回传粉者转变的物种形成基因复合体

• 发表时间: 2013
• 作者: Oka;Y.;Yudai Okuyama
• 通讯作者: Yudai Okuyama

チャルメルソウ属雑種F2集団を用いた生殖隔離形質および生活史形質遺伝子群のマッピング

使用 Charmerus 杂种的 F2 群体绘制生殖隔离性状和生活史性状基因

• 发表时间: 2013
• 作者: Karigo;T.;Oka;Y.;奥山雄大
• 通讯作者: 奥山雄大

チャルメルソウ属の生態的種分化の謎に迫る-フィールドからゲノムまで-

探究 Charmerus 属生态物种形成之谜——从田野到基因组——

• 发表时间: 2013
• 作者: Karigo;T.;Oka;Y.;奥山雄大;奥山雄大
• 通讯作者: 奥山雄大

チャルメルソウ属の生態的種分化の謎に迫る -フィールドからゲノムまで

揭开Charmerus属生态物种形成之谜——从野外到基因组

• 作者: 鈴木航;指導教員:林文男;奥山雄大
• 通讯作者: 奥山雄大