琵琶湖産魚類のミトコンドリア関連遺伝子群における自然淘汰と適応進化

琵琶湖鱼类线粒体相关基因的自然选择和适应性进化

基本信息

批准号：
14J00377
负责人：
田畑諒一
金额：
$ 1.22万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2014
资助国家：
日本
起止时间：
2014-04-25 至 2016-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究は，琵琶湖産魚類を対象に，群集レベルで生じた新規環境（湖沼）への適応進化の遺伝的基盤を，集団遺伝解析，生物情報解析，行動生理学的実験を通じて明らかにすることを目的とした．本研究では，酸素呼吸機能を通じて運動能力や低酸素耐性等に影響を与えると想定されるミトコンドリア機能関連遺伝子に注目した．しかしながら、当初計画にて予定していたミトコンドリア関連の核遺伝子解析，行動生理実験については，博士論文の取りまとめ状況，および試料の準備の問題などのために完了することができなかった．したがって第２年度は，研究目的に沿った研究成果を最大化するために，琵琶湖産魚類の群集レベルの系統進化・集団遺伝解析結果の公表，および集団ミトゲノミクス分析の取りまとめを中心に研究を進めた．現在までに、本研究に関連した琵琶湖の魚類についての論文を国際学術誌に発表した。また、本研究の主題である集団ミトゲノミクス解析は見込んだとおりに進捗が見られ、その成果を国際会議で発表し、論文の投稿準備も間もなく完了する見込みである。本年度はサンプルの収集が困難となり，計画どおり完遂できなかった核遺伝子解析についても、しかし，一部の対象種群については，RNA-seq法により十分量の基礎データを取得することができた．また，Capture-on-beadsおよびDouble indexing法の基礎実験を進め，プロトコルの最適化を行った．今後，これらをもとに，ミトコンドリア機能に関するミトコンドリアおよび核ゲノムの適応と相互作用に関する研究を展開していく予定である．

这项研究旨在通过人口遗传分析，生物信息分析和行为生理实验来阐明在社区层面发生的新环境（湖泊）的遗传基础。在这项研究中，我们专注于线粒体功能相关的基因，这些基因有望通过氧气呼吸功能影响运动能力和缺氧耐受性。但是，由于博士论文和样本准备问题的汇编状态，未完成线粒体相关的核基因分析和行为生理实验。因此，在2017财年中，为了最大程度地提高研究目标的研究结果，我们重点是发布社区水平的系统发育进化和对Biwa湖鱼类的种群遗传分析的结果，并汇编了种群有丝分裂的人类学分析。迄今为止，有关该研究相关的关于BIWA鱼类的论文已发表在国际学术期刊上。此外，本研究的主题对种群有丝分裂的分析已经取得了预期的进展，结果将在国际会议上提出，并将很快完成提交论文的准备。今年，很难收集样品，对于无法按计划完成的核基因分析，我们能够使用RNA-SEQ方法获得一些目标物种的足够数量的基本数据。此外，进行了珠子捕获的基本实验和双重索引方法，并进行了协议优化。将来，我们计划利用这些研究来开发有关线粒体功能的线粒体和核基因组适应和相互作用的研究。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

有性・無性の生殖サイクルを介した稀な遺伝子流動が促進するフナ類の多様化

通过有性和无性生殖周期的稀有基因流促进了鲫鱼物种的多样化

DOI：
发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
0
作者：
Tabata R;R Kakioka;K Tominaga;T Komiya and K Watanabe;伊藤僚祐・原田慈雄・田畑諒一・渡辺勝敏;三品達平・武島弘彦・高田未来美・井口恵一朗・田畑諒一・西田　睦・渡辺勝敏
通讯作者：
三品達平・武島弘彦・高田未来美・井口恵一朗・田畑諒一・西田　睦・渡辺勝敏

ウキゴリ属魚類のロドプシン進化パターン

内郡鱼类视紫红质的进化模式