ミクロ経済学と熱・統計力学を用いた代謝システムの解析

使用微观经济学和热/统计力学分析代谢系统

• 批准号: 21K15048
• 负责人: 畠山 哲央
• 金额: $ 3.08万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2026-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K15048/
• 关键词: 代謝; システム生物学; ミクロ経済学; 熱・統計力学; 最適化; 消費者行動; 代謝システム; 熱力学; 統計力学

生命科学や薬学、医学において、環境が変化したり、あるいは薬剤を投与したときの代謝システムの振る舞いを予測することは非常に重要である。従来の代謝のシステム生物学において、そのような代謝状態の変化を調べるためには、まず、微生物やヒトなど、対象となる生き物の代謝の詳細な情報を組み込んだモデルを構築し、その上で数理最適化の手法を利用し、環境変動や薬剤投与の前と後、それぞれの代謝状態を予測し、そしてそれぞれの代謝状態を比較する必要があった。しかし、現代の計測技術を持ってしてもなお完全に全ての反応を組み込んだ代謝モデルを作ることは不可能に近く、モデルを構成したとしてもその予想が外れることは少なくない。また、代謝状態があまり計測されていないような生き物や細胞では、そもそも代謝モデルの作成が困難である。そこで、そのような代謝システムの理解が不完全であったり、完全に未知であったとしても適用できるような新規の理論をミクロ経済学の手法を利用して構築した。新規理論の結果は以下のようにシンプルである。環境変動や薬剤の応答に対して対象の代謝経路の応答と、炭素減などの栄養状態が変化した時の応答との間に線形関係が存在する。この理論を適用することで、全く未知の生き物や細胞であっても、栄養状態の応答を測定するだけで、その他の刺激に対する代謝応答が予測できる。新規理論においては、対象としている生き物や細胞の代謝システムが、進化において最適化されていることのみを仮定する。ここで重要なのは、どのような目的に向かって最適化しているかは問わず、また知る必要もないということである。この結果は、論文としてまとめ、プレプリントサーバに投稿済みであり（arXiv:2210.14508）、また現在論文の査読中である。

Life sciences, medicine, environmental change, and prediction are very important. In the biological aspects of metabolism in the future, it is necessary to organize and construct detailed information on metabolism of microorganisms, animals and organisms, and to predict and compare metabolic states of various organisms by using mathematical optimization methods. Modern measurement techniques are used to measure the total amount of energy that can be generated. It is difficult to measure the metabolic state of organisms and cells. The understanding of metabolism is incomplete and completely unknown. The theory of metabolism is applied to the construction of metabolism. The results of the new regulation are as follows: A linear relationship exists between the response of the metabolic pathway of the environment and the response of the carbon reduction and the state of nutrition. This theory is applicable to the determination of the metabolic response of all unknown organisms. The new theory is to optimize the metabolism and evolution of biological cells. This is important, and it's important to optimize, and it's important to know. The results of this paper are as follows: (arXiv:2210.14508)

项目成果

Microeconomics of Metabolism: The Warburg effect as Giffen behavior

新陈代谢的微观经济学：作为吉芬行为的瓦尔堡效应

• 发表时间: 2023
• 作者: Yamagishi Jumpei F.;Hatakeyama Tetsuhiro S.;Jumpei F. Yamagishi and Tetsuhiro S. Hatakeyama
• 通讯作者: Jumpei F. Yamagishi and Tetsuhiro S. Hatakeyama

「代謝経済学」によるがん細胞の代謝戦略の解明

通过“代谢经济学”阐明癌细胞的代谢策略