プロテオゲノミクス実現のための変異タンパク質配列予測システムの構築

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質量分析に基づくプロテオミクスは、ゲノム配列決定技術とは異なり、アミノ酸を1つずつ検出することができない。質量分析計から得られるスペクトルのパターンを、理論上のタンパク質配列から推定されるスペクトルのパターンと一致させることで、配列を推定する。したがって、質量分析ベースのプロテオミクスデータでは、参照タンパク質配列データベースを利用し、データベース内のペプチド配列と取得されたスペクトルを照合する必要がある。このデータベース配列がヒトリファレンスゲノムを元にした正常なタンパク質配列の場合、癌組織の変異を持つ遺伝子由来のタンパク質配列は同定できなくなる。この制限を回避するには、遺伝子変異が含まれている個々の癌患者サンプルのゲノム情報を元にしたタンパク質配列を参照データベースとして構築する必要がある。研究計画に基づいて、（3）プロテオゲノミクスデータ可視化用のデータベースウェブサイトの構築を進めており、（4）癌の種類に合わせ、変異・ゲノム情報・タンパク質質量分析データを持つCPTACなどの大規模がんゲノムデータを活用することで、プロテオゲノミクス視点に基づくがん変異が引き起こすタンパク質配列をリファレンスデータベースに反映することができた。プロテオゲノミクス解析への汎用性を上げるため、6フレーム配列や変異タンパク質配列の予測技術に基づいて、ゲノムレベルの変異VCF(Variant Call Format)データ及びバリアント認識によく使われるANNOVARやSnpEffで得られる遺伝子変異リストから、様々な研究対象における変異タンパク質配列の作成を 実現し、プロテオゲノミクスの予測検証に広く応用できる。癌変異が反映されるプロテオミクス質量解析の検証結果の精度向上が期待できる。