プロテオゲノミクス実現のための変異タンパク質配列予測システムの構築

构建实现蛋白质组学的突变蛋白序列预测系统

• 批准号: 21K17850
• 负责人: 凌 一葦
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Niigata University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K17850/
• 关键词: プロテオミクス; がん変異; プロテオゲノミクス; 変異タンパク質配列; 予測システム

質量分析に基づくプロテオミクスは、ゲノム配列決定技術とは異なり、アミノ酸を1つずつ検出することができない。質量分析計から得られるスペクトルのパターンを、理論上のタンパク質配列から推定されるスペクトルのパターンと一致させることで、配列を推定する。したがって、質量分析ベースのプロテオミクスデータでは、参照タンパク質配列データベースを利用し、データベース内のペプチド配列と取得されたスペクトルを照合する必要がある。このデータベース配列がヒトリファレンスゲノムを元にした正常なタンパク質配列の場合、癌組織の変異を持つ遺伝子由来のタンパク質配列は同定できなくなる。この制限を回避するには、遺伝子変異が含まれている個々の癌患者サンプルのゲノム情報を元にしたタンパク質配列を参照データベースとして構築する必要がある。研究計画に基づいて、（3）プロテオゲノミクスデータ可視化用のデータベースウェブサイトの構築を進めており、（4）癌の種類に合わせ、変異・ゲノム情報・タンパク質質量分析データを持つCPTACなどの大規模がんゲノムデータを活用することで、プロテオゲノミクス視点に基づくがん変異が引き起こすタンパク質配列をリファレンスデータベースに反映することができた。プロテオゲノミクス解析への汎用性を上げるため、6フレーム配列や変異タンパク質配列の予測技術に基づいて、ゲノムレベルの変異VCF(Variant Call Format)データ及びバリアント認識によく使われるANNOVARやSnpEffで得られる遺伝子変異リストから、様々な研究対象における変異タンパク質配列の作成を 実現し、プロテオゲノミクスの予測検証に広く応用できる。癌変異が反映されるプロテオミクス質量解析の検証結果の精度向上が期待できる。

Quality analysis is the basis for determining the quality of products. Quality analysis calculation results in the estimation of quality and consistency. For example, the quality analysis of the list of items, the reference quality of the list of items, the use of the list of items, the selection of items in the list of items, and the need for the combination of items. This type of tissue alignment can be changed from normal tissue alignment to cancer tissue alignment, and from cancer tissue alignment to cancer tissue alignment. This restriction is avoided when the information is different from that of the cancer patient. The information is included in the quality allocation of the reference information. Research plan: (3) Development of the software architecture for visualization;(4) Combination of different types of cancer;(5) Quality analysis;(6) CPTAC; and (7) Application of large-scale software The first step is to change the color of the image. The versatility of Protex's must-use micro-analysis will be enhanced. The basis for the prediction technology of 6-channel configuration and different must-use quality configuration will be discussed. The must-use VCF will be changed.(Variant Call Format) Annovar and SnpEff are used in the preparation of data sets for research objects. The accuracy of the results of the quality analysis is expected to increase.

项目成果

Profiling of host genetic alterations and intra-tumor microbiomes in colorectal cancer.

• DOI: 10.1016/j.csbj.2021.05.049
• 发表时间: 2021
• 期刊: Computational and structural biotechnology journal
• 影响因子: 6
• 作者: Okuda S;Shimada Y;Tajima Y;Yuza K;Hirose Y;Ichikawa H;Nagahashi M;Sakata J;Ling Y;Miura N;Sugai M;Watanabe Y;Takeuchi S;Wakai T
• 通讯作者: Wakai T

やってみようバイオインフォマティクス: エンリッチメント解析編

让我们尝试生物信息学：富集分析版

• 发表时间: 2022
• 期刊: 医学のあゆみ
• 作者: 凌 一葦;永井貴大;奥田修二郎
• 通讯作者: 奥田修二郎

やってみようバイオインフォマティクス: RNA-seq解析編

让我们尝试一下生物信息学：RNA-seq 分析版

• 发表时间: 2022
• 期刊: 医学のあゆみ
• 作者: 永井貴大;凌 一葦;奥田修二郎
• 通讯作者: 奥田修二郎

A Novel Approach to Construct Variant Protein Sequences for Precision Medical Proteogenomics

构建精准医学蛋白质组学变异蛋白质序列的新方法

• 发表时间: 2022
• 作者: Yiwei Ling;Shujiro Okuda
• 通讯作者: Shujiro Okuda

NKp44-based chimeric antigen receptor effectively redirects primary T cells against synovial sarcoma.

• DOI: 10.1016/j.tranon.2022.101521
• 发表时间: 2022-11
• 期刊: TRANSLATIONAL ONCOLOGY
• 影响因子: 5
• 作者: Murayama, Yudai;Kasahara, Yasushi;Kubo, Nobuhiro;Shin, Chansu;Imamura, Masaru;Oike, Naoki;Ariizumi, Takashi;Saitoh, Akihiko;Baba, Minori;Miyazaki, Tomohiro;Suzuki, Yuko;Ling, Yiwei;Okuda, Shujiro;Mihara, Keichiro;Ogose, Akira;Kawashima, Hiroyuki;Imai, Chihaya
• 通讯作者: Imai, Chihaya