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診断困難であった性感染症原因菌の同定と抗菌薬耐性の同時迅速検査法

同时快速检测方法，鉴定一直难以诊断的性传播疾病致病菌和抗菌药物耐药性

基本信息

批准号：
22K16376
负责人：
酒井純
金额：
$ 2.08万
依托单位：
Saitama Medical University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本研究では、薬剤耐性に寄与する各ゲノム上の一塩基変異(SNP)を明瞭に区別しつつ、同時に尿路感染症の起因菌を推定できるMultiplex-PCR増幅系(多項目同時検査)を構築することが目的である。当該年度は、尿路感染症としても頻度の高い淋菌(Neisseria gonorrhoeae)のDNAを鋳型として、淋菌の同定と同菌のフルオロキノロン耐性を引き起こす主原因、gyrA遺伝子上のSNP変異を同時に測定できる検出系を設計した。方法としてDNA精製後検体を外部注文し、作成する新規検出系の精度を判定するために使用した。また、Primer Explorer V5(http://primerexplorer.jp)を用いて淋菌の検出を可能にするプライマーを設計し、NgS primerとして外部業者に注文した。また、ゲノム・データベースからgyrA遺伝子における保存領域を明らかにし、Primer Explorer V5を用いて候補プライマーの設計を同様に行った。プライマー設計後、SNPのない配列に対してのみ特異的結合を示すLocked Nucleic Acid (LNA)をプライマー中に組み込み、フルオロキノロン感受性株(SNPなし)のみに反応するgyrAプライマーを作成し、同時に検出できるか確認した。結果として淋菌全5株(100%)でNgS primersで遺伝子増幅を認めた。一方、淋菌以外で尿路感染症を引き起こしうる、またはコンタミネーションで検出しうる非淋菌性微生物では反応が見られなかったことから、本プライマーの特異度が良好であると判断された。同時にgyrA野生株では、gyrAプライマーで反応が見られた一方、他SNP変異のある変異株では反応が見られず、本検出系は淋菌とそのフルオロキノロン耐性の有無を同時検出することが可能と考えられた。

In this study, the results of the study, the tolerance test and the SNP were used to understand the identification of the cause of urinary tract infection and the presumption of the cause of urinary tract infection. the amplitude of Multiplex-PCR (multiple items at the same time) is different from each other. When the year of urinary tract infections showed high levels of gonorrhoeae (Neisseria gonorrhoeae) and gonorrhoeae (DNA), the tolerance of gonorrhoeae to the same bacteria was the main cause, and the SNP test on the gyrA was simultaneously tested to determine the design of the test system. Methods after the DNA precision test, the external text was annotated, and a new specification was made to determine the accuracy of the system. For example, Primer Explorer V5 (http://primerexplorer.jp) uses gonococcal bacteria to detect the possibility of gonococcal infection), and NgS primer for external users. You need to know that you can save your domain information and Primer Explorer V5 by using the gyrA registration system. The Primer Explorer V5 server uses the same database. After setting the profile, the combination of the SNP (LNA) cluster configuration shows the response of the Locked Nucleic Acid (LNA) response to the response of the response strain (SNP), and the confirmation of the response response is made at the same time. Results all 5 strains of Neisseria gonorrhoeae were confirmed by NgS primers. On the other hand, the symptoms of urinary tract infection other than gonococcal infection were caused by gonococcal infections, gonococcal urinary tract infections, gonococcal infections, gonococcal infections At the same time, the wild strain of gyrA, the strain of gyrA, the other side of the family, the strain of SNP, the strain of gonococcal gonorrhoeae, the strain of gonococcal gonorrhoeae, and the strain of gonococcal gonorrhoeae may be tested at the same time.