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立体構造をもとにした酵母由来の転写因子Pho4による分子認識機構の解明

立体構造をもとにした酵母由来の転写因子Pho4による分子認識機構の解明
基于三维结构阐明酵母源转录因子Pho4的分子识别机制
批准号:
09780609
负责人:
清水 敏之
金额:
$1.28万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
财政年份:
1997
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
1997 至 1998

项目摘要

项目成果

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出芽酵母のPHO4は細胞内のリン酸濃度の調節系遺伝子群を制御している正の転写調節因子である。本研究は、この蛋白質の分子認識機構を目的としているが、最初のステップとして63残基からなるPHO4のDNA結合ドメイン(PHO4(63))とその認識配列(UASp2:17塩基)との複合体を結晶化し、PHO4によるDNA認識機構を2.8Å分解能でX線結晶解析により解明している。さらに親和性の違う認識配列(UASpl,UASp3)との複合体との結晶化にも成功しているが原子レベルでの議論が可能な結晶はまだ得られていない。一方DNA結合ドメインをさらにN末側に長くしたPHO4(85)と認識配列との結晶化にも成功しており分解能3Å分解能のデータを得、現在解析を進めており、N末側の部分がそのままへリックス構造をとっていることが判明しつつある。一方全長のPHO4は培養条件並びに精製条件を検討しているが、PHO4単独ではミセル状態を形成しており結晶化には不利な状態となっていることがわかった。界面活性剤を添加することによりある程度解消されるがそれでもまだ多分散系となっている。そこでPHO4と結合する因子と結合させることによってこの多分散系を解消することにした。PHO4と相互作用するPHO2の精製を試みているが発現量が少なく培養条件等を探索している。現在のところは蛋白質単独並びに蛋白質-DNA複合体の系で結晶化条件を試している。全長の真核生物の転写因子が結晶可能な量とれる系はほとんど報告されたことがなく今後の展開に期待がもたれる。
期刊论文(14)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
A.Toumoto et al.: "Preliminary X-ray studies on a new crystal form of PHO4-DNA complex" Acta Crytallogr.D53. 103-104 (1997)
A.Toumoto 等人:“PHO4-DNA 复合物新晶型的初步 X 射线研究”Acta Crytallogr.D53。
DOI: --
发表时间:
期刊:
影响因子: --
作者: []
通讯作者:
T Shimizu et al.: "Crystal structure of PHO4 bHLH domain-DNA complex : Flanking base recognition" EMBO J.16. 4689-4697 (1997)
T Shimizu 等人:“PHO4 bHLH 结构域-DNA 复合物的晶体结构:侧翼碱基识别”EMBO J.16。
DOI: --
发表时间:
期刊:
影响因子: --
作者: []
通讯作者:
S.Kuge et al.: "Use of a fusion protein to obtain well-ordered crystal scitable for X-ray Analysis : crystallization of a GST fusion protein containing the DNA binding domain of DREF" Protein Sci. 6. 1783-1786 (1997)
S.Kuge 等人:“使用融合蛋白获得可用于 X 射线分析的有序晶体:含有 DREF DNA 结合域的 GST 融合蛋白的结晶”Protein Sci。
DOI: --
发表时间:
期刊:
影响因子: --
作者: []
通讯作者:
A.Ueno et al.: "Crystal structures of Sulochrin Derivatives" Chem.Pharm.Bull.46. 1929-1931 (1998)
A.Ueno 等人:“Sulochrin 衍生物的晶体结构”Chem.Pharm.Bull.46。
DOI: --
发表时间:
期刊:
影响因子: --
作者: []
通讯作者:
7
    Lysosomes as the starting point of innate immune responses - importance of lysosomal environment -
    • 批准号:
      23H00366
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
    • 资助金额:
      $30.04万
    • 财政年份:
      2023
    • 负责人:
      清水 敏之
    • 依托单位:
    メチル基転移領域を有する新規核小体蛋白質とその複合体の構造基盤の確立
    • 批准号:
      20052023
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额:
      $3.97万
    • 财政年份:
      2008
    • 负责人:
      清水 敏之
    • 依托单位:
    仮想部分文書クラスタか用いたXMLサーチェンジンに関する研究
    • 批准号:
      07J06359
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额:
      $1.15万
    • 财政年份:
      2007
    • 负责人:
      清水 敏之
    • 依托单位:
    立体構造を基にしたヒストン修飾酵素の認識機構の解明
    • 批准号:
      18055027
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额:
      $4.54万
    • 财政年份:
      2006
    • 负责人:
      清水 敏之
    • 依托单位:
    海外基金