メチル基転移領域を有する新規核小体蛋白質とその複合体の構造基盤の確立

新型转甲基化核仁蛋白及其复合物结构基础的建立

• 批准号: 20052023
• 负责人: 清水 敏之
• 金额: $ 3.97万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20052023/
• 关键词: Nucleomethylin; 核小体; eNoSC; ヒストン; 天然変性; rRNA; methyltransferase; X線結晶構造解析

Nucleomethylin(NML)は、ヒト培養細胞より単離・同定した核小体に強く局在する新規蛋白質である。NMLは核内でNAD依存性脱アセチル化酵素SIRT1やヒストンメチル化酵素SUV39H1などと複合体(eNoSC ; energy-dependent Nucleolar Silencing Complexと命名)を形成しており、カロリー制限条件下でrRNAの転写を制御していることが示されている。NMLは分子量51KDaの蛋白質でN末端側ドメインとC末端側ドメインからなる。N末端側領域はヒストンH3のジメチル化されたLys9を特異的に認識することがわかっている。そこでH3-dimethyl K9を含むペプチドとNMLのN末端側領域の結合定数を求めるため表面プラズモン解析を行った。その結果Kdが～0.1microMと見積もられ、修飾ヒストンを認識する様々なドメインとほぼ同じような結合定数をもっていることがわかった。現在は、N末端領域のどこで結合するのか領域を決めているところである。N末端側領域は構造予測を行うと明瞭なドメインをもたない"天然変性"領域であることが予想される。天然変性領域の蛋白質がどのようにヒストンテールのような天然変性領域を認識するのか非常に興味深い。このため結合に関しSAXSおよびNMRでの解析も進めている。

Nucleomethylin (NML) は, ヒ ト culture cell よ り 単 leaves, with fixed し た nucleosome に strong く bureau in す る new rules protein で あ る. NML は intranuclear で NAD dependency ア off セ チ ル phenoloxidase SIRT1 や ヒ ス ト ン メ チ ル phenoloxidase SUV39H1 な ど と complex (eNoSC; Energy - dependent Nucleolar Silencing Complex と named) を form し て お り, カ ロ リ ー system under the condition of limited で rRNA の planning write を suppression し て い る こ と が shown さ れ て い る. NML で molecular weight 51KDa <s:1> protein で n-terminal side ドメ ドメ <s:1> と と c-terminal side ドメ <s:1> <e:1> らなる らなる N terminal side field は ヒ ス ト ン H3 の ジ メ チ ル change さ れ た Lys9 を specific に know す る こ と が わ か っ て い る. そ こ で H3 - dimethyl K9 を containing む ペ プ チ ド と NML の の N terminal side field combined with destiny を o め る た め surface プ ラ ズ モ ン parsing line を っ た. そ の results Kd が ~ 0.1 microM と see product も ら れ, modified ヒ ス ト ン を know す る others 々 な ド メ イ ン と ほ ぼ じ with よ う な combined with destiny を も っ て い る こ と が わ か っ た. Now, the する and n-terminal domains are combined with the する and <s:1> ろである domains to determine を, ると, ると, ろである and ろである. The n-terminal side domain is premeasured by the を rows うと to clarify the なドメ <s:1> を たな たな たな of the なドメ "natural variation" domain である とが とが to imagine される. The natural variable domain <s:1> protein が <s:1> ようにヒスト <s:1> テ テ テ <s:1> <s:1> ような ような the natural variable domain を understanding する <s:1> ような is very に interesting <e:1>. <s:1> ため ため combined with に is related to the analysis of <s:1> SAXSおよびNMRで で into めて る る る.

项目成果

Structural study of rheumatoid arthritis related protein, PAD4

类风湿性关节炎相关蛋白PAD4的结构研究

• 发表时间: 2008
• 作者: Hishiki;et.al.;Shimizu T;Shimizu
• 通讯作者: Shimizu

Structural Studies of Chromatin-related Proteins PAD4 and NML Recognizing Intrinsically Disordered Region

染色质相关蛋白 PAD4 和 NML 识别本质无序区域的结构研究

• 发表时间: 2009
• 作者: Hishiki;et.al.;Shimizu T
• 通讯作者: Shimizu T

The crystal structure of plant specific calcium binding protein AtCBL2 in comnlex with the regulatory domain of AtCIPK14

植物特异性钙结合蛋白AtCBL2与AtCIPK14调控域的晶体结构

• 发表时间: 2008
• 期刊: J. Mol. Biol 377
• 作者: Akaboshi;et.al.
• 通讯作者: et.al.

Crystallographic characterization of the N-terminal domain of a plant NADPH oxidase

植物 NADPH 氧化酶 N 端结构域的晶体学表征

• 发表时间: 2008
• 期刊: Acta Crystallogr F64
• 作者: Oda;et.al.
• 通讯作者: et.al.

Purification, crystallization and initial X-ray diffraction study of human REV7 in complex with a REV3 fragment

• DOI: 10.1107/s1744309109046181
• 发表时间: 2009-12-01
• 期刊: ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS
• 影响因子: 0.9
• 作者: Hara, Kodai;Shimizu, Toshiyuki;Hashimoto, Hiroshi
• 通讯作者: Hashimoto, Hiroshi