立体構造を基にしたヒストン修飾酵素の認識機構の解明

基于3D结构阐明组蛋白修饰酶的识别机制

• 批准号: 18055027
• 负责人: 清水 敏之
• 金额: $ 4.54万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18055027/
• 关键词: PAD4; アルギニン; シトルリン; ヒストン; βターン

PADは,Ca2+依存的にタンパク質中のアルギニン残基を脱イミノ化(シトルリン化)して,シトルリン残基を産出する反応を触媒するタンパク質修飾酵素である。ヒトでは5種類存在するが,その中の一つヒトPADタイプ4(PAD4)は,663アミノ酸残基からなり核内に優先的に局在する。PAD4はヒストン修飾による遺伝子発現の制御,慢性関節リウマチの発症と関連していることが示唆されている。PADは未修飾のアルギニン以外にもモノメチル化アルギニンの脱イミノ化が可能であることが示唆されている。メチル化アルギニンにはモノメチルアルギニン及びベンゾイルグリシル(非対称&対称)ジメチルアルギニンなどのメチル化誘導体が存在する。そこで,PAD4がどのメチル化アルギニンを認識するかを明らかにするために,ベンゾイルリグシルモノメチルアルギニン及びベンゾイルグリシル(非対称&対称)ジメチルアルギニンとPAD4との複合体結晶を浸漬法で調製してX線結晶構造解析を行を行なった。その結果,ベンゾイルグリシルモノメチルアルギニン電子密度は明瞭に確認できたが,ベンゾイルグリシル(非対称&対称)ジメチルアルギニンの電子密度は確認できなかった。以上の結果から,PAD4はモノメチル化アルギニンは認識するが,(非対称&対称)ジメチル化されたアルギニンは認識しないことが明らかとなった。

PAD is a Ca2 +-dependent enzyme that catalyzes the degradation of amino acid residues in a protein. Five species exist, one of which is PAD 4(PAD4), 663 of which is acid residue. PAD4 is the control of gene development, chronic joint development and correlation. PAD is not modified in the same way as it is not modified in the same way. The presence of an inducer of cell culture in the presence of a cell culture. In this paper,PAD4 is divided into three parts: the first part is the understanding of PAD4, the second part is the understanding of PAD 4, the third part is the understanding of PAD 4, the fourth part is the understanding of PAD 4, and the fourth part is the understanding of PAD 4. As a result, the electron density of the sample is confirmed by the electron density of the sample. As a result of the above,PAD4 has a clear understanding of the problem.

项目成果

Structural basis for histone N-terminal recognition by human peptidylarginine deiminase 4

• DOI: 10.1073/pnas.0509639103
• 发表时间: 2006-04-04
• 期刊: PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
• 影响因子: 11.1
• 作者: Arita, K;Shimizu, T;Sato, M
• 通讯作者: Sato, M

Structural basis for substrate recognition and dissociation by human transporin 1

人转运蛋白 1 底物识别和解离的结构基础

• 发表时间: 2007
• 期刊: Molecular Cell 27
• 作者: Imasaki;et. al.
• 通讯作者: et. al.

Structural and biochemical characterization of a cyanobacterium circadian clock-modifier protein

• DOI: 10.1074/jbc.m608148200
• 发表时间: 2007-01-12
• 期刊: JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY
• 影响因子: 4.8
• 作者: Arita, Kyouhei;Hashimoto, Hiroshi;Shimizu, Toshiyuki
• 通讯作者: Shimizu, Toshiyuki

シロイヌナズナ由来AtCBL2とAtCIPK14の複合体構造

拟南芥 AtCBL2 和 AtCIPK14 的复杂结构

• 发表时间: 2007
• 作者: 清水 敏之;赤星 真由子;小泉 望;橋本 博;佐藤 衛
• 通讯作者: 佐藤 衛

The common phospholipid binding activity of the N-terminal domains of PEX1 and VCP/p97

PEX1 和 VCP/p97 N 端结构域的共同磷脂结合活性

• 发表时间: 2006
• 期刊: FEBS J. 273
• 作者: Kamiya;N.;Watanabe;H.;Habuchi.H.;Takagi;H.;Shinomura;T.;Shimizu;K.;Kimata;K.;Shiozawa et al.
• 通讯作者: Shiozawa et al.