CGH法によるヒト培養細胞株のゲノム解析(新しい細胞株プロファイリング法の開発)

使用CGH方法对人类培养细胞系进行基因组分析（开发新的细胞系分析方法）

• 批准号: 08772191
• 负责人: 田辺 秀之
• 金额: $ 0.64万
• 依托单位: 国立衛生試験所
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08772191/
• 关键词: CGH法; 染色体; ヒト培養細胞株; ゲノム解析; 核型分析

CGH(Comparative Genomic Hybridization)法により、国立衛生試験所・細胞バンクの各種ヒト培養細胞株(計15種類:JCRB9021 U937,JCRB0112.1 THP-1,JCRB0006 HL60RG,JCRB0085 HL60,JCRB0710 EJ-1,JCRB9004 HeLa,JCRB9083 LoVo,JCRB0044 LU99A,JCRB0816 SBC-1,JCRB0817 SBC-2,JCRB0818 SBC-3,JCRB0628 MRK-nu-1,JCRB0622 HSC-2,JCRB0612 GOTO,JCRB0621 NB-1)について、各染色体ごとにゲノムの増幅および欠失領域の特定を行なった。その結果、CGH法は、以下の点で細胞株のゲノムの性状を捉える上で有用であることが判明した。(1)全染色体にわたってゲノムDNAのコピー数の増加および欠失の生じている領域とその度合を検出でき、核型分析では判定不明であった構造異常を特定できる。(2)グラフの波形パターンを指標として+/-0.25コピー以上の変化が1-10Mb以上の領域で生じている場合に細胞株の識別に利用できる。(3)特定な染色体領域に高コピー増幅あるいは欠失部位が見られ、それが既存のがん遺伝子やがん抑制遺伝子の領域以外である場合、その細胞を材料とした未知遺伝子のポジショナルクローニングへと発展できる可能性がある。また、CGH法の問題点として、ゲノムコピー数の変化以外の染色体異常(逆位、転座など)は検出できない点、セントロメア近傍付近ではcompetitor DNAの影響で検出感度が低い点が挙げられるが、これらを補足するために、対象とする細胞株の核型分析を併用することが、細胞株のゲノムの性状を捉える上で確実な手法であると考えられた。

CGH(Comparative Genomic Hybridization) Method, National Health Laboratory, Cell Library, Various Cultured Cell Lines (15 categories:JCRB9021 U937, JCRB0112.1 THP-1,JCRB0006 HL60RG,JCRB0085 HL60,JCRB0710 EJ-1,JCRB9004 HeLa,JCRB9083 LoVo,JCRB0044 LU99A,JCRB0816 SBC-1,JCRB 0817 SBC-2,JCRB 0818 SBC-3,JCRB0628 MRK-nu-1,JCRB 0622 HSC-2,JCRB 0612 GOTO,JCRB0621 NB-1) Each chromosome has a specific line in the domain of increased amplitude and loss. The results of the CGH method are as follows: (1)The number of chromosomes in the whole chromosome is increased, and the number of missing chromosomes in the whole chromosome is increased. Karyotype analysis is used to determine the structural abnormality of unknown chromosomes. (2)The waveform index of the cell line is +/-0.25 ° C or more, and the cell line identification is used in the case of 1-10Mb or more. (3)In the case of a specific chromosome domain, the presence of an existing gene, the presence of an unknown gene, and the possibility of development of the gene. The CGH method has problems in detecting chromosomal abnormalities other than chromosome number changes (inversions, loci). It detects low sensitivity points due to the influence of competitor DNA. It supplements chromosome number and chromosome number changes. It uses karyotype analysis of cell lines to detect chromosome abnormalities other than chromosome number changes (inversions, loci).

项目成果

田辺秀之・祖父尼俊雄・水沢博: "Comparative Genomic Hybridization(CGH)法による細胞ゲノム分析" 月刊組織培養(ニューサイエンス社). 22巻・5号. 194-198 (1996)

Hideyuki Tanabe、Toshio Sobuani 和 Hiroshi Mizusawa：“使用比较基因组杂交 (CGH) 方法进行细胞基因组分析”月刊组织培养 (New Science)，第 22 卷，第 5 期。194-198 (1996)。