CGH法によるヒト培養細胞株のゲノム解析(新しい細胞株プロファイリング法の開発)

使用CGH方法对人类培养细胞系进行基因组分析（开发新的细胞系分析方法）

基本信息

批准号：
08772191
负责人：
田辺秀之
金额：
$ 0.64万
依托单位：
国立衛生試験所
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
财政年份：
1996
资助国家：
日本
起止时间：
1996 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08772191/
关键词：
CGH法染色体ヒト培養細胞株ゲノム解析核型分析

项目摘要

CGH(Comparative Genomic Hybridization)法により、国立衛生試験所・細胞バンクの各種ヒト培養細胞株(計15種類:JCRB9021 U937,JCRB0112.1 THP-1,JCRB0006 HL60RG,JCRB0085 HL60,JCRB0710 EJ-1,JCRB9004 HeLa,JCRB9083 LoVo,JCRB0044 LU99A,JCRB0816 SBC-1,JCRB0817 SBC-2,JCRB0818 SBC-3,JCRB0628 MRK-nu-1,JCRB0622 HSC-2,JCRB0612 GOTO,JCRB0621 NB-1)について、各染色体ごとにゲノムの増幅および欠失領域の特定を行なった。その結果、CGH法は、以下の点で細胞株のゲノムの性状を捉える上で有用であることが判明した。(1)全染色体にわたってゲノムDNAのコピー数の増加および欠失の生じている領域とその度合を検出でき、核型分析では判定不明であった構造異常を特定できる。(2)グラフの波形パターンを指標として+/-0.25コピー以上の変化が1-10Mb以上の領域で生じている場合に細胞株の識別に利用できる。(3)特定な染色体領域に高コピー増幅あるいは欠失部位が見られ、それが既存のがん遺伝子やがん抑制遺伝子の領域以外である場合、その細胞を材料とした未知遺伝子のポジショナルクローニングへと発展できる可能性がある。また、CGH法の問題点として、ゲノムコピー数の変化以外の染色体異常(逆位、転座など)は検出できない点、セントロメア近傍付近ではcompetitor DNAの影響で検出感度が低い点が挙げられるが、これらを補足するために、対象とする細胞株の核型分析を併用することが、細胞株のゲノムの性状を捉える上で確実な手法であると考えられた。

Comparative Genomic Hybridization (CGH) method allows various human cell lines from the National Institutes of Health and Cell Bank (total 15 types: JCRB9021 U937, JCRB0112.1 THP-1, JCRB0006 HL60RG, JCRB0085 HL60, JCRB0710 EJ-1, JCRB9004 HeLa, JCRB9083 LoVo, JCRB0044 LU99A，JCRB0816 SBC-1，JCRB0817 SBC-2，JCRB0818 SBC-3，JCRB0628 MRK-NU-1，JCRB0622用于HSC-2，JCRB0612 GOTO，GOTO，JCRB0621 NB-1），基因amplieme and andion nived forsiion forsome forsome forsome forsome nistion forsome forsome均为chrolsome。结果，发现CGH方法在以下方面可用于捕获细胞系的基因组特性：（1）增加基因组DNA的拷贝数的区域增加并发生缺失，并且可以在所有染色体中检测到其发生的程度，并且在所有染色体中都可以检测到其结构异常，并且在Karyotype分析中未知。（2）使用图的波形图案作为索引，可以使用+/- 0.25拷贝或更多的更改在1-10MB或更高的区域中识别细胞系。（3）如果在特定的染色体区域中发现了高复制扩增或缺失的位点，并且不是现有癌症基因或癌症抑制基因的区域，则它可能会形成使用细胞作为材料的未知基因的位置克隆。 CGH方法的另一个问题是，除了无法检测到基因组拷贝数的变化之外，染色体异常（逆，易位等），并且由于竞争者DNA的影响，基因组拷贝数的变化在中心粒附近的检测灵敏度很低。为了补充这些内容，人们认为使用核型分析的目标细胞系是捕获细胞系的基因组特性的可靠方法。