人工生命による分子進化のモデル化と遺伝子配列の機能解析
人工生命的分子进化建模和基因序列的功能分析
基本信息
- 批准号:08780355
- 负责人:
- 金额:$ 0.64万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
- 财政年份:1996
- 资助国家:日本
- 起止时间:1996 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究では,ゲノムプロジェクトにより大量に得られる機能未知の遺伝子配列の機能解析に人工生命の手法を応用したシステムを開発した.本システムは以下のような手順で遺伝子配列の機能解析を行う.1.入力として,ゲノムプロジェクトにより大量に得られる機能未知の遺伝子配列に加えて,既に機能が解明され配列データベースに登録されている遺伝子配列を,それぞれアミノ酸の文字列としてシステムに与える.2.分子進化の研究から得られているアミノ酸置換モデルに基づき,各遺伝子配列に対して進化の過程で生じたであろうアミノ酸置換を推定し,共通の祖先型を持つ遺伝子をまとめる.これをすべての遺伝子配列がまとめられるまで繰り返し,遺伝子配列の進化系統樹を得る.3.作成された系統樹で,クラスタにまとめられた一群の遺伝子配列問で特に共通に出現する配列パターンを抽出し,これと機能既知の遺伝子配列の実験的な解析結果と比較する.これにより,機能未知の遺伝子配列の持つ機能が推定されるとともに,機能の類似性により遺伝子配列が分類される.最近,その遺伝子配列がすべて決定された大腸菌について,本手法を適用した結果,約4800個ある大腸菌の遺伝子配列のうち約半数がクラスタに分類できた.今後の課題としては,各クラスタから抽出された共通配列パターンからの機能推定,および並列計算機による処理時間を大幅に短縮して,より大規模な遺伝子配列の機能解析手法を確立することがあげられる.
This study aims to explore the application of artificial life techniques in the functional analysis of gene sequences with unknown functions. The function analysis of the sequence of 2. The study of molecular evolution has been carried out in the field of acid substitution, and the sequence of each gene is related to the evolution process. 3. Create a phylogenetic tree for a group of genetic sub-arrangements, extract the common occurrence of the genetic sub-arrangement, and compare the analysis results of the genetic sub-arrangement with the known genetic sub-arrangement. For this reason, the function of the unknown gene sequence is estimated, and the similarity of the function is classified. Recently, the genetic sequence of Escherichia coli has been determined. When this method was applied, about half of the approximately 4800 genetic sequences of Escherichia coli were classified. In the future, the problem is to extract the common arrangement of each class, estimate the function of each class, shorten the processing time of parallel computer greatly, and establish the function analysis method of large-scale arrangement of each class.
项目成果
期刊论文数量(4)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
H.Matsuda 他2名: "A Clustering Method for Molecular Sequences based on Pairwise Similarity" Proc.Genome Informatics Workshop. 7. 23-32 (1996)
H.Matsuda 和其他 2 人:“基于成对相似性的分子序列聚类方法”Proc.Genome Informatics Workshop。 7. 23-32 (1996)
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- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
H.Matsuda 他2名: "Implementation of a Parallel Prolog System on a Distributed Memory Parallel Computer" IEICE Transactions on Information and Systems. E80-D・4(掲載決定). (1997)
H.Matsuda 和其他 2 人:“分布式内存并行计算机上的并行 Prolog 系统的实现”IEICE Transactions on Information and Systems(已出版)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
川本芳久他2名: "遺伝的アルゴリズムによる分子系統樹の作成" 情報処理学会論文誌. 37・6. 1107-1116 (1996)
Yoshihisa Kawamoto 等 2:“使用遗传算法创建分子系统发育树”日本信息处理学会会刊 37・6(1996 年)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
H.Matsuda 他2名: "An Spproach to Detection of Protein Structural Motifs using an Encoding Scheme of Back-bone Conformations" Proc.Pacific Symposium on Biocomputing. 280-291 (1997)
H.Matsuda 和其他 2 人:“使用骨架构象编码方案检测蛋白质结构基序的方法”Proc.Pacific Symposium on Biocomputing 280-291 (1997)。
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- 通讯作者:
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