異分野科学データベースからの大量情報統合技術の開発
異分野科学データベースからの大量情報統合技術の開発
批准号:
18049053
负责人:
松田 秀雄
金额:
$2.24万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份:
2006
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2006 至 --
中文摘要
いくつかの科学の分野で、データの激烈な増大と多様化により、その解析に極めて多くの計算時間や記憶領域などの資源が費やされていることから、本研究では、データの急激な増大に耐えうるスケーラブルなデータ処理基盤を構築することを目的として、広域に分散した多数のデータ資源を一箇所にデータを転送して集約するのではなく、そのままの位置において仮想的に統合された共有ファイルシステムとしてまとめることで、アクセスできる方式を開発した。本方式では、ファイルはグリッド上でグローバルな名前での管理が可能なファイルシステムに格納している。さらに、データアクセスのパターンに応じて、複数のデータベースにまたがるワークフローを作成し、ワークフローをもとにデータ解析を行うことで、従来のWeb上でのデータベース検索インターフェースでは困難だった、多数のデータベースにまたがるデータアクセスのワークフローをベースとした、データ解析処理の方式を開発した。データベース間の、データの表現形式や用語の違いなどは、個別のデータベースごとにデータの持つ意味情報を格納したメタデータで管理し、このメタデータにより複数のデータベースにまたがる半自動的なデータの関連付けを行った。以上の方式に基づくシステムを開発し、公開されているWebサービスを使って実際に情報統合を行ったところ、特に大量のデータ転送を必要とするワークフローにおいて、個別にWebサービスを呼び出して結果を集約する従来の方式と比べて、全体のデータ転送量の削減と処理時間の短縮が見られ、本方式の有効性が確認できた。
英文摘要
いくつかの科学の分野で、データの激烈な増大と多様化により、その解析に極めて多くの計算時間や記憶領域などの資源が費やされていることから、本研究では、データの急激な増大に耐えうるスケーラブルなデータ処理基盤を構築することを目的として、広域に分散した多数のデータ資源を一箇所にデータを転送して集約するのではなく、そのままの位置において仮想的に統合された共有ファイルシステムとしてまとめることで、アクセスできる方式を開発した。本方式では、ファイルはグリッド上でグローバルな名前での管理が可能なファイルシステムに格納している。さらに、データアクセスのパターンに応じて、複数のデータベースにまたがるワークフローを作成し、ワークフローをもとにデータ解析を行うことで、従来のWeb上でのデータベース検索インターフェースでは困難だった、多数のデータベースにまたがるデータアクセスのワークフローをベースとした、データ解析処理の方式を開発した。データベース間の、データの表現形式や用語の違いなどは、個別のデータベースごとにデータの持つ意味情報を格納したメタデータで管理し、このメタデータにより複数のデータベースにまたがる半自動的なデータの関連付けを行った。以上の方式に基づくシステムを開発し、公開されているWebサービスを使って実際に情報統合を行ったところ、特に大量のデータ転送を必要とするワークフローにおいて、個別にWebサービスを呼び出して結果を集約する従来の方式と比べて、全体のデータ転送量の削減と処理時間の短縮が見られ、本方式の有効性が確認できた。
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Inference of Transcriptional Regulatory Networks using CAGE Transcriptome Dataset of Mus musculus
使用小家鼠 CAGE 转录组数据集推断转录调控网络
DOI:
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发表时间:
2006
期刊:
Proceedings of World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering (CD-ROM)
影响因子:
--
作者:
[K.Taki, Y.Takenaka, H.Matsuda]
通讯作者:
H.Matsuda
遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの応用
使用基因表达谱估计基因调控网络双聚类的应用
DOI:
--
发表时间:
2006
期刊:
情報処理学会論文誌 : 数理モデル化と応用 47・15
影响因子:
--
作者:
[瀧浩平, 竹中要一, 松田秀雄]
通讯作者:
松田秀雄
A Method for Exploring Tissue-Specific Functions based on Information Content of Gene Ontology Terms using CAGE Tags
使用CAGE标签基于基因本体术语信息内容探索组织特异性功能的方法
DOI:
--
发表时间:
2006
期刊:
Proceedings of World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering (CD-ROM)
影响因子:
--
作者:
[S.Maekawa, A.Matsumoto, Y.Takenaka, H.Matsuda]
通讯作者:
H.Matsuda
Extraction of Functionally Similar Bioinformatics Workflows
功能相似的生物信息学工作流程的提取
DOI:
--
发表时间:
2006
期刊:
Proceedings of International Workshop on Dstibute Applications, Web Services, Tools and GRID Infrastructures for Bioinformatics 6
影响因子:
--
作者:
[J.Seo, S.Seno, Y.Takenaka, H.Matsuda]
通讯作者:
H.Matsuda
Retrieving functionally similar bioinformatics workflows using TF-IDF filtering
使用 TF-IDF 过滤检索功能相似的生物信息学工作流程
DOI:
--
发表时间:
2007
期刊:
IPSJ Transactions on Bioinformatics 48 (SIG5)
影响因子:
--
作者:
[Seo, J., (Matsuda, H.)]
通讯作者:
H.)
Development of cell lineage inference method from cell atlas based on information criteria
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批准号:21K19827
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项目类别:Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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资助金额:$4.08万
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财政年份:2021
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
データグリッドによる異分野科学データベース統合技術の開発
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批准号:19024050
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$3.97万
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财政年份:2007
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
ゲノムレベルでの遺伝子機能情報の統合化
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批准号:13208013
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$20.74万
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财政年份:2001
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
人工生命による分子進化のモデル化と遺伝子情報の統合解析
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批准号:09780336
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$1.54万
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财政年份:1997
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
人工生命による分子進化のモデル化と遺伝子配列の機能解析
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批准号:08780355
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.64万
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财政年份:1996
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
最尤法による分子進化の並列解析システムの開発
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批准号:07249203
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.64万
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财政年份:1995
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
人工生命による分子進化のモデルと並列シミュレーション
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批准号:07858047
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.77万
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财政年份:1995
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
最尤法によるゲノム情報の並列多重解析システムの開発
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批准号:06249205
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.9万
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财政年份:1994
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
人工生命による生体機構のモデル化と並列シミュレーション
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批准号:06858038
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.7万
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财政年份:1994
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
データ並列論理 言語によるゲノム情報データベースシステムの開発
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批准号:05254209
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.28万
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财政年份:1993
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
メッセージ駆動モデルに基づく並列推論システムの実現
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批准号:02780030
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1990
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
ニューロコンピュータを用いた並列推論システムの実現
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批准号:01780042
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.38万
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财政年份:1989
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
ニューロコンピュータを用いた並列推論システムの実現
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批准号:63780043
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1988
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
放送機能を持つ並列推論マシンに関する研究
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批准号:61790146
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.64万
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财政年份:1986
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负责人:松田 秀雄
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依托单位:
海外基金