ゲノムレベルでの遺伝子機能情報の統合化

在基因组水平整合基因功能信息

• 批准号: 13208013
• 负责人: 松田 秀雄
• 金额: $ 20.74万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-13208013/
• 关键词: 遺伝子配列解析; クラスタリング; cDNA; マイクロアレイ; モチーフ; 機能注釈; 代謝パスウェイ; ゲノム情報解析

今年度は、次の研究を行った。・従来の遺伝子の機能注釈付けでは、その多くがデータベースの相同性検索やHMMなどで表現されたモチーフのサーチなど、データベース中の個々のデータとの1対1の個別比較の結果に基づいていたため、得られたスコアが有意かそうでないかの判定が困難であった。そこで、本研究では、ゲノムレベルで遺伝子機能情報を統合化するため、まず配列データ全体を相同性に基づくクラスタリングによりクラスタに分類し、各クラスタから相互の相同性のもとになっている領域をグラフ理論に基づく方法で探索した後、既存のデータベースにモチーフとして登録されているものを除くことで、新規モチーフを求めた。同じモチーフを持つ配列同士を同じファミリと見なすことにより、機能注釈付けをファミリ全体で行うことができる。理研ゲノム科学総合研究センターにて配列決定されたマウス完全長cDNA配列(配列数約60,000個)に本手法を適用した結果、16個の新規モチーフが得られ、そのうちの10個については機能注釈付けに使えることがわかった。・理研ゲノム科学総合研究センターにて作製されたマウスcDNAマイクロアレイ(cDNA数約40,000個)により得られた、マウスの種々の発生時期や臓器での遺伝子の発現データのデータベースを開発するとともに、発現データのクラスタリングにより種々の発生時期や臓器特異性、代謝パスウェイに関与している一群の遺伝子を明らかにした。

This year's research is conducted in the second place. The result of individual comparison is difficult to determine if there is any difference between the number of data sets and the number of data sets. In this study, we need to integrate the functional information of the sub-family members into the whole family, the identity of the sub-family members, the identity of The new rules apply. The same as the same. Scientific Research Institute of Science and Technology Research Institute of Science and Technology Scientific research has been carried out on the development of cDNA fragments (about 40,000 cDNA fragments), and a group of DNA fragments have been identified.

项目成果

K.Onizuka, H.Matsuda 他2名: "Using Data Compression for Multidimensional Distribution Analysis"IEEE Intelligent Systems. 17・3. 48-54 (2002)

K. Onizuka、H. Matsuda 和其他 2 人：“使用数据压缩进行多维分布分析”IEEE 智能系统 17・3 (2002)。

H.Bono 他4名: "FANTOM : database of Functional Annotation of RIKEN Mouse cDNA Clones"Nucleic Acids Research. 30・1. 116-118 (2002)

H.Bono等4人：“FANTOM：RIKEN小鼠cDNA克隆的功能注释数据库”核酸研究30・1（2002）。

H.Kawaji, H.Matsuda 他5名: "Exploration of Novel Motifs derived from Mouse cDNA sequences"Genome Research. 12・3. 367-378 (2002)

H.Kawaji、H.Matsuda 等 5 人：“源自小鼠 cDNA 序列的新颖基序的探索”基因组研究 12・3（2002 年）。

H.Bono 他3名: "READ : RIKEN Expression Array Database"Nucleic Acids Research. 30・1. 211-213 (2002)

H.Bono 等 3 人：“READ：RIKEN 表达阵列数据库”核酸研究 30・1（2002）。

A.Kanapin, H.Matsuda 他8名: "Mouse Proteome Analysis"Genome Research. (印刷中). (2003)

A.Kanapin、H.Matsuda 和其他 8 人：“小鼠蛋白质组分析”基因组研究（2003 年）。