データ並列論理 言語によるゲノム情報データベースシステムの開発

使用数据并行逻辑语言开发基因组信息数据库系统

• 批准号: 05254209
• 负责人: 松田 秀雄
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: Kobe University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1993
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1993 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05254209/
• 关键词: データベース; 論理型言語; 並列処理; ゲノム情報処理

組換えDNA技術を初めとするバイオテクノロジのめざましい発展により,あらゆる生物のゲノムに関する情報が,GenBank,EMBL,DDBJ,PIR等により,急速に蓄積されつつある.しかし,これらのデータベースではゲノム情報はユーザには平坦なテキスト・データの形式で提供され,しかもその形式は統一されておらずデータベースごとに異なっていた.また,検索機能も配列データの相同性サーチなどに限定されていた.そこで,本研究では,以下の手順でゲノム情報データベースシステムの開発を行なった.1.データ並列論理型言語を設計し,その処理系をイーサネットで結合されたワークステーション・クラスタ上での実現.2.1.の言語を使って,各種のデータベースの情報を統合化したゲノム情報データベースシステムの開発.論理型言語は,述語論理に基礎を置く高度の記述能力を有しており,これを使って,オブジェクト指向のアプローチによりデータ表現の問題を解決した.さらに,膨大な容量を持つゲノム情報に対応するため,データ主体の並列処理方式であるデータ並列処理を論理型言語に導入することにより検索効率の向上を目指した.データ並列論理型言語の処理系の実現では,以前に開発したOR並列Prolog処理系を用いた.開発されたデータベースシステムにより,相同性サーチを行なったところ,大幅な処理時間の短縮が得られ,その有効性が示された.今後は,さらに多くの解析ツールを組み込んで,データベースと統合することにより,検索と解析の一体化したより高度なデータベースシステムの開発を目指していく.

DNA technology development, biological information related to GenBank,EMBL,DDBJ,PIR, etc., rapid accumulation. However, these digital events must be provided in the form of a flat and simple digital event, but the format is the same and the digital events may be different. The search function is configured to match the identity of the search function. In this study, the following steps are taken to develop the information system: 1. Design of parallel logical speech; 2. 1. Integration of speech information; 3. Development of information system. The logical speech is based on the logic of the predicate, and the description ability is highly improved. For example, if you want to expand your capacity, you can use your information to create a parallel processing mode for the main body. If you want to expand your capacity, you can use your logical speech to create a parallel processing mode for the main body. The implementation of parallel logic speech processing system is now reversed, and the previous development of OR parallel Prolog processing system is now in use. The development of a new type of computer system, the same type of computer system, greatly shorten the processing time, and the same type of computer system. In the future, we will focus on the development of multi-resolution systems, integration of multi-resolution systems, integration of multi-resolution systems and integration of multi-resolution systems.

项目成果

H.Matsuda,et al.: "Implementation of a Parallel Processing System for Inference of Phylogenetic Trees" Proc.IEEE Pacific Rim Conf.,Comm.,Comp.,Signal Proco.Vol.1. 280-283 (1993)

H.Matsuda 等人：“系统发育树推理的并行处理系统的实现”Proc.IEEE Pacific Rim Conf.,Comm.,Comp.,Signal Proco.Vol.1。

松田秀雄、鈴鹿重雄、金田悠紀夫: "OR並列Prologにおけるプライオリティ制御機構とその応用" 情報処理学会論文誌. Vol.34,No.4. 773-781 (1993)

Hideo Matsuda、Shigeo Suzuka、Yukio Kaneda：“优先级控制机制及其在 OR 并行 Prolog 中的应用”，日本信息处理学会汇刊，第 34 卷，第 773-781 期（1993 年）。

Y.Kaneda,H.Matsuda: "A Priority Control System for OR-Parallel Prolog and Its Performance Evaluation" Lecture Notes in Computer Science. Vol.748. 42-53 (1993)

Y.Kaneda、H.Matsuda：“OR-并行 Prolog 的优先级控制系统及其性能评估”计算机科学讲义。

松田秀雄、鈴鹿重雄、金田悠紀夫: "プライオリティ制御機構を有するOR並列Prologの探索問題への応用" 情報処理学会 並列処理シンポジウムJSPP'93論文集. 55-62 (1993)

Hideo Matsuda、Shigeo Suzuka、Yukio Kaneda：“应用带有优先级控制机制的 OR 并行 Prolog 来搜索问题”日本信息处理协会并行处理研讨会 JSPP93 论文集（1993 年）。

H.Matsuda: "Efficient Query Processing on Genomic Database using Data-Parallel Logic Programming Language" Proc.Genome Informatics Workshop IV. 17-24 (1993)

H.Matsuda：“使用数据并行逻辑编程语言对基因组数据库进行高效查询处理”Proc.Genome 信息学研讨会 IV。