極低温および原子分解能におけるタンパク質のX線結晶構造解析
極低温および原子分解能におけるタンパク質のX線結晶構造解析
批准号:
11780465
负责人:
野中 孝昌
金额:
$1.47万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
财政年份:
1999
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
1999 至 2000
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蛋白質の大量精製技術の向上、網羅的結晶化法の普及、試料吹きつけ低温装置の市販化、および放射光X線の高輝度かなどのおかけで、蛋白質結晶の原子分解能(1.2Å超の分解能)のX線回折強度データを得ることもできるようになったので、次のようなことが可能となった。(1)非水素原子の異方性温度因子と水素原子を加味して結晶構造の精密化を行えば、最終的なR_<-factor>が10%を切ることもあり得る。等方的に精密化した場合と比べて、高分解能でのR_<-factor>が小さいので原子位置の誤差が非常に小さくなる。(2)差フーリエ図上に溶媒分子や乱れた構造のみならず、水素原子をも容易に見出すことができるようになる。蛋白質と直接水素結合で結びつけられていない多くの水分子を見出すことも可能となる。側鎖のみならず、場合によっては主鎖までも静and/or動的に乱れている構造を至る所に見出すことができる。乱れたアミノ酸残基の割合が優に10%を越えることもしばしばある。また、精密化の最終段階の差フーリエ図では±0.4eÅ^<-3>を越える残余のピークがほとんどなくなる。(3)温度因子があまり大きくない場合には、炭素、窒素、酸素原子を明瞭に区別することができる。すなわち、電子一個分の違いを判別することが可能となる。2種類の蛋白質から100Kの温度でX線回折強度データを収集し、原子分解能のX線結晶構造解析を行った。それぞれ完全行列最小二乗法による結晶構造の精密化に成功し、さらに、TLS解析を行い原子の運動を内部運動と外部運動とに分離した。
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Tanaka,N.: "SDR : structure, mechanism of action, and substrate recognition."Current Organic Chemistry. 4. 945-957 (2000)
Tanaka,N.:“SDR:结构、作用机制和底物识别。”当前有机化学。
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
Matsumoto、T.、Nonaka、T.、Hashimoto、M.、Watanabe、T.、and Mitsui、Y.: "Three-dimensional structure of the catalytic domain of chitinase A1 from Bacillus circulans WL-12 at a very high resolution"Proc.Japan Acad.. 75B. 269-274 (1999)
Matsumoto, T.、Nonaka, T.、Hashimoto, M.、Watanabe, T. 和 Mitsui, Y.:“环状芽孢杆菌 WL-12 几丁质酶 A1 催化结构域的三维结构,分辨率非常高”日本科学院院刊 75B。 269-274 (1999)
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
Taguchi、S.、Ozaki、A.、Nonaka、T.、Mitsui、Y.、and Momose、H.: "A cold-adapted Protease engineered by experimental evolution system."J.Biochem.(Tokyo). 126(4). 689-693 (1999)
Taguchi, S.、Ozaki, A.、Nonaka, T.、Mitsui, Y. 和 Momose, H.:“通过实验进化系统设计的冷适应蛋白酶。”(东京)126(4)。 ))。689-693(1999)
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
Matsumoto、T.、Nonaka、T.、Hashimoto、M.、Watanabe、T.、and Mitsui、Y.: "Crystallization and a preliminary crystallographic analysis of the catalytic domain of chitinase A1 from Bacillus circulans Wl-12."Protein and Peptide Letters. 6. 399-402 (1999)
Matsumoto, T.、Nonaka, T.、Hashimoto, M.、Watanabe, T. 和 Mitsui, Y.:“环状芽孢杆菌 Wl-12 几丁质酶 A1 催化结构域的结晶和初步晶体学分析。”蛋白质和肽快报。6。399-402(1999)
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
Fujimoto K.,Ichinose H.,Nagatsu T.,Nonaka T.,Mitsui Y. and Katoh S.: "Functionally important residues tyrosine-171 and serine-158 in sepiapterin reductase"Biochim. Biophys. Acta. 1431(2). 306-314 (1999)
Fujimoto K.、Ichinose H.、Nagatsu T.、Nonaka T.、Mitsui Y. 和 Katoh S.:“墨蝶呤还原酶中功能重要的残基酪氨酸 171 和丝氨酸 158”Biochim。
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
共 6 条
超高分解能X線結晶構造解析によるファミリー18キチナーゼの反応機構の解明
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批准号:13780528
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项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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资助金额:$1.41万
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财政年份:2001
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负责人:野中 孝昌
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依托单位:
芳香環を直接水酸化できる多成分ジオキシゲナーゼBphAの立体構造と機能
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批准号:99F00181
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$0.51万
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财政年份:2000
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负责人:野中 孝昌
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依托单位:
センチニクバエ由来NF-kB様転写因子5-kDa蛋白質のX線結晶構造解析
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批准号:11160205
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$1.09万
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财政年份:1999
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负责人:野中 孝昌
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依托单位:
集合系マシーナリーとしての微生物の芳香環分解代謝系の構造生物学
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批准号:11169215
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$54.66万
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财政年份:1999
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负责人:野中 孝昌
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依托单位:
センチニクバエ由来NF-kB様転写因子59-kDa蛋白質のX線結晶構造解析
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批准号:10179206
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$1.28万
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财政年份:1998
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负责人:野中 孝昌
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依托单位:
ウシガエル卵由来レクチンの水素結合.異方性温度因子、および温度の相関
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批准号:10157210
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$0.96万
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财政年份:1998
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负责人:野中 孝昌
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依托单位:
ウシガエル卵由来レクチンの異方性温度因子の解析
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批准号:09261211
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.96万
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财政年份:1997
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负责人:野中 孝昌
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依托单位:
大腸菌由来7α-ヒドロキシステロイド脱水素酵素の動的X線結晶構造解析
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批准号:09780600
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$1.41万
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财政年份:1997
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负责人:野中 孝昌
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依托单位:
立体構造に基づいたウシガエル卵由来レクチンの安定性の起源の解明
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批准号:08272209
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.96万
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财政年份:1996
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负责人:野中 孝昌
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依托单位:
立体構造に基づいたウシガエル卵由来レクチンの安定性の起源の解明
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批准号:08272209
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.96万
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财政年份:1996
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负责人:野中 孝昌
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依托单位:
古細菌由来α型耐熱性DNAポリメラーゼのX線結晶構造解析
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批准号:07780599
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.64万
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财政年份:1995
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负责人:野中 孝昌
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依托单位:
海外基金