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集合系マシーナリーとしての微生物の芳香環分解代謝系の構造生物学

微生物芳香环分解代谢系统作为集体系统机械的结构生物学

基本信息

批准号：
11169215
负责人：
野中孝昌
金额：
$ 54.66万
依托单位：
Nagaoka University of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1999
资助国家：
日本
起止时间：
1999 至 2002
项目状态：
已结题

项目摘要

多波長異常分散法によりCbnRの構造解析を行うため、大腸菌を用いてセレノメチオニン置換体のCbnRを大量発現させ、精製を行った。ハンギングドロップ蒸気拡散法を用いて、セレノメチオニン置換体のCbnRの結晶を得た。その結晶の空間群はP2_12_12で、格子定数はa=71.22Å, b=100.87Å, c=87.73Åであった(form I)。また、空間群P2_12_12_1、格子定数a=65.27Å, b=124.47Å, c=166.81Å(form II)と空間群P2_12_12、格子定数a=64.51Å、b=149.14Å, c=60.52Å(form III)の結晶も得られた。多波長異常分散法によりform I結晶からCbnRの位相を決定し、その後得られた2.2Åの高分解能回折データを用いて結晶学的精密化を行った。最終的にR=0.22、R_<free>=0.25の結晶構造を得た。そして、form I CbnRの調節ドメインの原子座標を用いて、分子置換法によりform IIとIIIのCbdRの結晶構造を決定した。CbnRの結晶構造は、LTTR(LysR-type transcriptional regulator)で初めて明らかにされた全長構造の立体構造である。その立体構造は、N末端側のDNA結合ドメインとC末端側の調節ドメインが29残基のアミノ酸からなる長いα-helix(linker belix)でつながれていた。CbnRのDNA結合モチーフは、Winged belix-turn-helixモチーフに分類されることがわかった。CbnRの調節ドメインの立体構造はCysBとOxyRのものと類似しており、α/β構造を持つサブドメイン2つで構成されていた。

The multi-wavelength constant dispersion method is used for the analysis of CbnR analysis, and the microbes are used to detect a large number of samples in the CbnR. The method of steaming and dispersing was used to determine the results of the CbnR test. The results showed that the empty group P212 12, the lattice fixed number a71.22, the bod 100.87, the cantilever 87.73, the lattice number 71.22 (form I). The results show that the lattice numbers are 65.27, 124.47, 166.81 (form II), 64.51, 149.14 and 60.52 (form III) respectively. The multi-wavelength constant dispersion method is used to determine the CbnR phase of the form I crystal. After that, the high decomposition energy of the temperature 2.2 nm can be converted back to the precision of the crystal analysis of the microstructure. The most expensive crystal is 0.22, the most expensive is free RTX, and the most expensive is 0.22. The form II, form I CbnR, III, CbdR, and atomic seat tags were determined by molecular and molecular methods. CbnR results show that the LTTR (LysR-type transcriptional regulator) system has a full-length manufacturing system for stereoscopic equipment. Three-dimensional DNA, N-terminal DNA and C-terminal DNA were used in this study. 29 residues were isolated, and the length of α-helix (linker belix) was highly sensitive. CbnR DNA is combined with general information and Winged belix-turn-helix information, which are classified into different categories. The CbnR stereo device is similar to the CysB OxyR device, which is similar to the alpha