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集合系マシーナリーとしての微生物の芳香環分解代謝系の構造生物学

微生物芳香环分解代谢系统作为集体系统机械的结构生物学

基本信息

批准号：
11169215
负责人：
野中孝昌
金额：
$ 54.66万
依托单位：
Nagaoka University of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1999
资助国家：
日本
起止时间：
1999 至 2002
项目状态：
已结题

项目摘要

多波長異常分散法によりCbnRの構造解析を行うため、大腸菌を用いてセレノメチオニン置換体のCbnRを大量発現させ、精製を行った。ハンギングドロップ蒸気拡散法を用いて、セレノメチオニン置換体のCbnRの結晶を得た。その結晶の空間群はP2_12_12で、格子定数はa=71.22Å, b=100.87Å, c=87.73Åであった(form I)。また、空間群P2_12_12_1、格子定数a=65.27Å, b=124.47Å, c=166.81Å(form II)と空間群P2_12_12、格子定数a=64.51Å、b=149.14Å, c=60.52Å(form III)の結晶も得られた。多波長異常分散法によりform I結晶からCbnRの位相を決定し、その後得られた2.2Åの高分解能回折データを用いて結晶学的精密化を行った。最終的にR=0.22、R_<free>=0.25の結晶構造を得た。そして、form I CbnRの調節ドメインの原子座標を用いて、分子置換法によりform IIとIIIのCbdRの結晶構造を決定した。CbnRの結晶構造は、LTTR(LysR-type transcriptional regulator)で初めて明らかにされた全長構造の立体構造である。その立体構造は、N末端側のDNA結合ドメインとC末端側の調節ドメインが29残基のアミノ酸からなる長いα-helix(linker belix)でつながれていた。CbnRのDNA結合モチーフは、Winged belix-turn-helixモチーフに分類されることがわかった。CbnRの調節ドメインの立体構造はCysBとOxyRのものと類似しており、α/β構造を持つサブドメイン2つで構成されていた。

Multi-wavelength anomalous dispersion method for structural analysis of CbnR, Escherichia coli, CbnR substitution, and purification The crystallization of CbnR was obtained by the method of evaporation and dispersion of CbnR. The crystal space group P2_12_12, lattice fixed number a=71.22, b=100.87, c=87.73 (form I). P2_12_12_1, lattice constant a=65.27, b=124.47, c=166.81 (form II) and P2_12_12, lattice constant a=64.51, b=149.14, c=60.52 (form III). Multi-wavelength anomalous dispersion method is used to determine the phase of CbnR, and then to obtain 2.2 μ m high resolution energy. The final crystal structure of R=0.22, R_<free>=0.25 was obtained. The crystal structure of CbdR in form II and III was determined by molecular substitution method. The crystal structure of CbnR and the three-dimensional structure of LTTR(LysR-type transcriptional regulator) are initially bright and bright. The steric structure of the DNA binding site on the N-terminal side and the regulatory site on the C-terminal side are composed of 29 residues and a long α-helix(linker belix). CbnR DNA binding The three-dimensional structure of CbnR is similar to that of CysB and OxyR, and the α/β structure is composed of two components.