集合系マシーナリーとしての微生物の芳香環分解代謝系の構造生物学

微生物芳香环分解代谢系统作为集体系统机械的结构生物学

基本信息

  • 批准号:
    11169215
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 54.66万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    1999
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    1999 至 2002
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

多波長異常分散法によりCbnRの構造解析を行うため、大腸菌を用いてセレノメチオニン置換体のCbnRを大量発現させ、精製を行った。ハンギングドロップ蒸気拡散法を用いて、セレノメチオニン置換体のCbnRの結晶を得た。その結晶の空間群はP2_12_12で、格子定数はa=71.22Å, b=100.87Å, c=87.73Åであった(form I)。また、空間群P2_12_12_1、格子定数a=65.27Å, b=124.47Å, c=166.81Å(form II)と空間群P2_12_12、格子定数a=64.51Å、b=149.14Å, c=60.52Å(form III)の結晶も得られた。多波長異常分散法によりform I結晶からCbnRの位相を決定し、その後得られた2.2Åの高分解能回折データを用いて結晶学的精密化を行った。最終的にR=0.22、R_<free>=0.25の結晶構造を得た。そして、form I CbnRの調節ドメインの原子座標を用いて、分子置換法によりform IIとIIIのCbdRの結晶構造を決定した。CbnRの結晶構造は、LTTR(LysR-type transcriptional regulator)で初めて明らかにされた全長構造の立体構造である。その立体構造は、N末端側のDNA結合ドメインとC末端側の調節ドメインが29残基のアミノ酸からなる長いα-helix(linker belix)でつながれていた。CbnRのDNA結合モチーフは、Winged belix-turn-helixモチーフに分類されることがわかった。CbnRの調節ドメインの立体構造はCysBとOxyRのものと類似しており、α/β構造を持つサブドメイン2つで構成されていた。
Multi-wavelength anomalous dispersion method for structural analysis of CbnR, Escherichia coli, CbnR substitution, and purification The crystallization of CbnR was obtained by the method of evaporation and dispersion of CbnR. The crystal space group P2_12_12, lattice fixed number a=71.22, b=100.87, c=87.73 (form I). P2_12_12_1, lattice constant a=65.27, b=124.47, c=166.81 (form II) and P2_12_12, lattice constant a=64.51, b=149.14, c=60.52 (form III). Multi-wavelength anomalous dispersion method is used to determine the phase of CbnR, and then to obtain 2.2 μ m high resolution energy. The final crystalline structure with R=0.22 and R_<free>=0.25 was obtained. The crystal structure of CbdR in form II and III was determined by molecular substitution method. The crystal structure of CbnR and the three-dimensional structure of LTTR(LysR-type transcriptional regulator) are initially bright and bright. The steric structure of the DNA binding site on the N-terminal side and the regulatory site on the C-terminal side are composed of 29 residues and a long α-helix(linker belix). CbnR DNA binding The three-dimensional structure of CbnR is similar to that of CysB and OxyR, and the α/β structure is composed of two components.

项目成果

期刊论文数量(25)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Yamada,T.: "Purification and crystallization of a ferredoxin reductase component of a biphenyl dioxygenase derived from Pseudomonas sp.strain KKS102."Protein Peptide Lett.. 7. 227-280 (2000)
Yamada,T.:“源自假单胞菌菌株 KKS102 的联苯二加氧酶的铁氧还蛋白还原酶组分的纯化和结晶。”Protein Peptide Lett.. 7. 227-280 (2000)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Taguchi, S.: "A cold-adapted protease engineered by experimental evolution system"J. Biochem. (Tokyo). 126(4). 689-693 (1999)
田口,S.:“通过实验进化系统设计的冷适应蛋白酶”J.
  • DOI:
  • 发表时间:
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  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Muraoka, S., Okumura, R., Ogawa, N., Nonaka, T., Miyashita, K., Senda, T.: "Crystal structure of a full-length LysR-type transcriptional regulator, CbnR : unusual combination of two subunit forms and molecular bases for causing and changing DNA bend"Journ
Muraoka, S.、Okumura, R.、Okawa, N.、Nonaka, T.、Miyashita, K.、Senda, T.:“全长 LysR 型转录调节因子 CbnR 的晶体结构:两种的不寻常组合
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
福田雅夫: "環境汚染物質を分解する酵素の分子生物学-エクストラジオールジオキシゲナーゼにみられる多様性と収斂進化-"蛋白質・核酸・酵素. 45. 1339-1349 (2000)
Masao Fukuda:“分解环境污染物的酶的分子生物学 - 外二醇双加氧酶的多样性和趋同进化”蛋白质/核酸/酶。 45。1339-1349(2000)。
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    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Uragami, Y., Senda, T., Sugimoto, K., Sato, N., Nagarajan, V., Masai, E., Fukuda, M., Mitsu, Y.: "Crystal structures of substrate free and complex forms of reactivated BphC, an extradiol type ri ng-cleavage dioxygenase"J.Inorg.Biocheim.. 83(4). 269-279 (2
Uragami, Y.、Senda, T.、Sugimoto, K.、Sato, N.、Nagarajan, V.、Masai, E.、Fukuda, M.、Mitsu, Y.:“无基质和复杂形式的晶体结构
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    08272209
  • 财政年份:
    1996
  • 资助金额:
    $ 54.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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