有機汚濁水域における硫酸還元細菌の高感度検出・定量法の開発

开发有机污染水中硫酸盐还原菌的高灵敏度检测和定量方法

• 批准号: 12760130
• 负责人: 近藤 竜二
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: Fukui Prefectural University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 2001
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-12760130/
• 关键词: 硫酸還元細菌; 亜硫酸還元酵素; 定量的PCR; 堆積物; 硫酸還元活性; PCR; RFLP

機能遺伝子を用いた硫酸還元細菌(SRB)の検出と活性評価法の開発のため、異化的な硫酸塩還元過程の最終段階で働く亜硫酸還元酵素をコードしている遺伝子(dsr)の解析を行った。データベースに登録されているSRBのdsrの塩基配列と、今回新たに数種の塩基配列を決定し、それをもとにPCRプライマーを開発した。汚濁水域から分離した新種と考えられるSRB(Desulfocapsa sp.)1株とDSMZから入手したDesulfovibrio属11種,Desulfomicrobium属4種,Desulfobacterium属2種,Desulfomonas属・Desulfosporosinus属・Desulfobulbus属・Desulfosarcina属・Desulfococcus属・Desulfobacter属各1種の計19種・27株のSRBから全DNAを抽出し、新たに作成したPCRプライマーを用いてPCRを行った。その結果、全ての株で予想された長さのPCR産物が産物を得ることに成功した。次に,このプライマーを用いた定量的PCR方法について検討した。目的とするPCR産物の長さより約20%短い競合DNAを作成し,既知量の競合DNAをPCR反応液に加えることによって,試料中の未知量のDNA量を測定し,SRB数を推定する方法の開発に成功した。この方法を用いて,英国Essex州のColne川の堆積物中のSRB数を計数したところ,従来の培養計数法で計数されるSRB数よりも3〜5桁多い計数値が得られた。同じ試料を用いて放射性同位元素法による硫酸還元活性も同時に測定したところ,堆積物中のSRB単位細胞当たりの硫酸還元活性は培養したSRBのそれとほぼ同等であった。これらの結果から、今回開発したPCRプライマーと定量的(競合)PCRは環境中のSRB計数法として非常に有効であると考えられる。

The machine can be used to determine the activity of sulfuric acid bacteria (SRB), and the reduction of sulfuric acid is the most important part of the process. The sulfuric acid zymes are used to analyze the bioactive bacteria (dsr). You will need to register your SRB dsr system, and this time, you will decide on several new basic equipment, and you will start your PCR training program. There are 11 species of Desulfovibrio, 4 species of Desulfomicrobium, 2 species of Desulfobacterium, 11 species of Desulfovibrio, 4 species of Desulfomicrobium, 2 species of Desulfobacterium, 19 species of SRB and 27 species of Desulfobacter, each of which belongs to Desulfobulbus genus, Desulfosarcina genus, Desulfobacter genus, Desulfobulbus genus, Desulfococcus genus, Desulfobulbus genus, Desulfosarcina genus, Desulfobacter genus, Desulfobulbus genus, Desulfosarcina genus, Desulfococcus genus, Desulfobulbus genus, Desulfobulbus genus, Desulfosarcina genus, Desulfococcus genus, Desulfobulbus genus, Desulfobulbus genus, Desulfosarcina genus, Desulfobacter genus, 19 species, 27 species, 19 species, 27 species, each species. According to the results of the test, the whole plant is expected to be successful because of the long-term success of the PCR products. For the second time, the quantitative PCR method was used in this study. Objective to determine the concentration of PCR by 20% short-term combined with DNA, the known quantity is combined with DNA PCR, and the unknown quantity in the material is determined by DNA, and the SRB number is presumed to be successful. This method is used to calculate the SRB number in the active material of Colne Sichuan reactor in the state of Essex in the United Kingdom. It is necessary to use the SRB method to calculate the number of trunks. The activity of sulfuric acid in the same material was determined by the method of radioactive isotopic elements, and the activity of SRB in the reactor was determined at the same time. The cell in the reactor active material was the same as that in sulfuric acid. The activity of sulfuric acid was similar to that of SRB. The results are satisfactory. This time, there is a significant improvement in the quantitative analysis of PCR in the PCR environment by the SRB count method.