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蛍光ビーズアレイによる環境微生物群集の迅速モニタリング

使用荧光珠阵列快速监测环境微生物群落

基本信息

批准号：
16651007
负责人：
浜崎恒二
金额：
$ 2.3万
依托单位：
The University of Tokyo (2006)Hiroshima University (2004-2005)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至 2006
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究は、環境微生物として海洋細菌を対象とし、船上観測などフィールドでのルーチン的な使用を想定して、海水試料中に存在する多種類の海洋細菌を短時間で同時に検出する手法を蛍光ビーズアレイを用いて確立することを目的とした。検出する遺伝子マーカーは、原核微生物の系統分類に広く用いられ、塩基配列データが最も蓄積されている16S rRNA遺伝子を使った。海洋細菌の分離培養株[α-proteobacteria 2株(Erythrobacter, Sulfitobacter)、γ-proteobacteria 4株(Halomonas, Psudoalteromonas, Vibrio, Vibrio)、CFB group 3株(Cytophaga, Cytophaga, Bacteroidetes)]を用いて、特異的かつ同時的な検出が可能となる方法と条件について様々な検討を行った結果、DNAプローブよりもPNAプローブの方が強いシグナルを与えること、ターゲット核酸は、DNAよりもRNAの場合の方が特異的かつ強いシグナルが得られることが明らかとなった。最終的に、細菌のRNA抽出物をターゲットとして各種DNAプローブでの特異的な検出に成功した。但し、プローブ配列に一塩基の違いしかない場合は、交雑反応がみられるため、より定量的な検出のためには、さらに若干の検討の余地が残っている。しかしながら、今回の成果により、多種類の細菌の検出への筋道を付けることが出来たと考えられる。今後、よりプローブとビーズの種類を増やし、自然細菌群集への適用を検討することによって、本格的な多検体処理が可能となると期待される。

The purpose of this study is to determine the use of environmental microorganisms and marine bacteria, and to establish the methods for detecting and detecting multiple species of marine bacteria in seawater samples in a short time. The 16S rRNA gene is used in the phylogenetic analysis of prokaryotic microorganisms. Isolated culture strains of marine bacteria [α-proteobacteria 2 strains Erythrobacter, Sulfitobacterium, γ-proteobacteria 4 strains (Halomonas, Psudoalteromonas, Vibrio, Vibrio), CFB group 3 strains (Cytophaga, Cytophaga, Bacteroidetes)] Use, Specificity, Simultaneous Detection, Possibility, Method, Condition, Investigation, Results, DNA, PNA, P DNA and RNA are unique in every situation. Finally, the RNA extract of bacteria must be successfully extracted from all kinds of DNA. However, there is still room for discussion on the basis of the above mentioned arrangement. A variety of bacteria are isolated from the genome. In the future, the types of bacteria will be increased, and the application of natural bacterial colonies will be discussed. The multi-modal processing of this type will be possible and expected.