课题基金 / 基金详情

比較ゲノム法による主要養殖魚のゲノム構造の推定

比較ゲノム法による主要養殖魚のゲノム構造の推定
使用比较基因组方法估计主要养殖鱼类的基因组结构
批准号：
17658084
负责人：
鈴木 譲
金额：
$2.3万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2005
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2005 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17658084/
关键词：
トラフグ比較ゲノム連鎖地図育種養殖ゲノム配列

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
近年,多くの生物でゲノム配列解読計画や高密度遺伝子連鎖地図の作製が進行し,全ゲノムレベルで遺伝子の配置(ゲノム構造)を生物間で比較することが可能となってきた.脊椎動物では,ヒトのゲノム配列解読に続き,トラフグのゲノム概要が,続いて,マウス,ラット,ニワトリのゲノム概要が解読されている.また,ゼブラフィッシュやメダカでは既知遺伝子の高密度連鎖地図が作製されている.これらのデータを生物間で比較することにより,脊椎動物の太古の祖先からヒト,齧歯類,硬骨魚類に至るゲノム構造の再編成の過程が再現されることとなった.一方近年,ゲノム配列情報やゲノム構造の情報は連鎖地図と組み合わせることで,水産育種に大きな飛躍がもたらされると期待されている.ところが,我が国の養殖産業は,養殖対象魚種が多岐に渡っていることに大きな特徴があり,今後,そのすべての種においてゲノム配列の解読をおこなうことは現実的とは言えない.そこで,比較ゲノム法を応用して,トラフグゲノムの配列情報をもとにタイやブリなどのゲノム構造が推定できないかと考えた.この試みの成否は,硬骨魚類間でゲノム構造がどれほど保存されているかという点にかかっている。そこで,我々はトラフグのゲノムの10%の配列を連鎖地図上にマップし,これをメダカおよびゼブラフィッシュのゲノム構造と比較した.その結果,硬骨魚類のゲノム構造は驚くほど類似している可能性が示された.特に,トラフグとメダカ間でオルソロジーが明らかな18組の染色体間では,実に85%の遺伝子のシンテニーが保存されていた.我が国の重要養殖魚の多くはスズキ類魚類であり,これはトラフグとメダカにはさまれる系統的位置にあるので,トラフグとメダカの比較ゲノム解析により,多くの養殖対象魚のゲノム構造が推定可能である.
英文摘要
近年,多くの生物でゲノム配列解読計画や高密度遺伝子連鎖地図の作製が進行し,全ゲノムレベルで遺伝子の配置(ゲノム構造)を生物間で比較することが可能となってきた.脊椎動物では,ヒトのゲノム配列解読に続き,トラフグのゲノム概要が,続いて,マウス,ラット,ニワトリのゲノム概要が解読されている.また,ゼブラフィッシュやメダカでは既知遺伝子の高密度連鎖地図が作製されている.これらのデータを生物間で比較することにより,脊椎動物の太古の祖先からヒト,齧歯類,硬骨魚類に至るゲノム構造の再編成の過程が再現されることとなった.一方近年,ゲノム配列情報やゲノム構造の情報は連鎖地図と組み合わせることで,水産育種に大きな飛躍がもたらされると期待されている.ところが,我が国の養殖産業は,養殖対象魚種が多岐に渡っていることに大きな特徴があり,今後,そのすべての種においてゲノム配列の解読をおこなうことは現実的とは言えない.そこで,比較ゲノム法を応用して,トラフグゲノムの配列情報をもとにタイやブリなどのゲノム構造が推定できないかと考えた.この試みの成否は,硬骨魚類間でゲノム構造がどれほど保存されているかという点にかかっている。そこで,我々はトラフグのゲノムの10%の配列を連鎖地図上にマップし,これをメダカおよびゼブラフィッシュのゲノム構造と比較した.その結果,硬骨魚類のゲノム構造は驚くほど類似している可能性が示された.特に,トラフグとメダカ間でオルソロジーが明らかな18組の染色体間では,実に85%の遺伝子のシンテニーが保存されていた.我が国の重要養殖魚の多くはスズキ類魚類であり,これはトラフグとメダカにはさまれる系統的位置にあるので,トラフグとメダカの比較ゲノム解析により,多くの養殖対象魚のゲノム構造が推定可能である.
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会议论文
Generalization of LiNGAM for confounding
  • 批准号：
    22K11931
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 资助金额：
    $2.66万
  • 财政年份：
    2022
  • 负责人：
    鈴木 譲
  • 依托单位：
    Osaka University
連続変量を含む相互情報量の推定と、グラフィカルモデルの構築への応用
  • 批准号：
    18K11192
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 资助金额：
    $2.83万
  • 财政年份：
    2018
  • 负责人：
    鈴木 譲
  • 依托单位：
    Osaka University
鰓は魚類のリンパ器官か?
  • 批准号：
    22658058
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
  • 资助金额：
    $1.92万
  • 财政年份：
    2010
  • 负责人：
    鈴木 譲
  • 依托单位：
    The University of Tokyo
粘膜免疫のモデルとしての魚の体表
  • 批准号：
    07F07173
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 资助金额：
    $0.7万
  • 财政年份：
    2007
  • 负责人：
    鈴木 譲
  • 依托单位：
    The University of Tokyo
海外基金