超迅速大規模塩基配列解読法による未知のウイルス検出・同定に関する基礎研究

利用超快速大规模碱基测序检测和鉴定未知病毒的基础研究

• 批准号: 18658122
• 负责人: 福士 秀人
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: Gifu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18658122/
• 关键词: 塩基配列解読; ウイルスゲノム; ゲノム; マウス

本研究では最新の迅速大規模塩基配列解読技術をベースに,未知の病原体のゲノム情報を迅速に得るための基礎的な解析を行い,従来の生物学的な分離方法とは発想を異にする病原体のゲノム情報としての「分離方法」の確立を目的とした.本申請課題では,既知のウイルスによる感染細胞および感染動物組織由来の数千万塩基(20Mbasesから50Mbases)におよぶ総合的塩基配列情報から病原体ゲノム情報を取り出しうるかどうかを調べた.感染細胞ゲノム情報から宿主由来のゲノム情報をスクリーニングするために宿主のゲノム情報が必要となるため,今回は全ゲノム情報が知られているマウスを宿主とした.また,全ウイルスゲノム情報を解読したウマヘルペスウイルス9型(EHV-9)(Fukushi,H.発表準備中)を用いた.EHV-9を接種したL929細胞(マウス由来繊維芽細胞)から全DNAを抽出し,このDNAを鋳型として迅速大規模塩基配列解読を行った.用いた感染細胞DNAにおける宿主DNAとウイルスDNAの存在比はマウスゲノム1コピーあたりウイルスゲノム128コピーであった.塩基配列解読後のアッセンブルにより17,525コンティグが得られた.このコンティグをクエリとして相同性検索を行った.マウスゲノムデータベースに対する検索では17,525コンティグ中16,831コンティグがマウスゲノムとヒットし,691コンティグはそれ以外の配列となった.次いで,この691コンティグのEHV-9ゲノム配列に対する相同性検索では106コンティグがヒットした.残りのコンティグをNCBI ntデータベース検索にかけたところ,529コンティグはマウス配列とヒットした.以上の結果から,感染細胞中に十分な病原体ゲノムが存在する場合,延期配列解読によりウイルスの検出と同定が可能であることがわかった.

This study is aimed at the development of the latest rapid large-scale molecular dissociation technology, the rapid acquisition of molecular information about unknown pathogens, and the establishment of biological isolation methods for the detection of molecular information about pathogens. The subject of the present application is to obtain information on the molecular basis of tens of millions of known molecular bases (20Mbases) from infected cells and infected animal tissues, and to obtain information on the molecular basis of a combination of molecular bases. Infected cells need to know the origin of the host, the origin of the host, and the origin of the host. EHV-9 cells (Fukushi,H.) were inoculated with EHV-9 cells (derived from VEGF-derived cells), and the whole DNA was extracted. The DNA sequencing was carried out rapidly on a large scale. The DNA of the infected cells was isolated from the DNA of the host cells and the DNA of the host cells was isolated from the host cells. After the base alignment was dissolved, the number of cases was 17,525. The same thing happened in the same way. 17,525 ° C, 16,831 ° C, 691 ° C, 17,525 ° C, 691 ° C, 691 ° C, 6 In the second place, the 691-point EHV-9 is the same as the 106-point EHV-9. The NCBI has a list of the most important things to do. As a result of the above, in cases where pathogens are present in infected cells, delayed alignment is possible.