超迅速大規模塩基配列解読法を用いた未知のウイルス分離に関する基盤研究

利用超快速大规模碱基测序分离未知病毒的基础研究

• 批准号: 19658114
• 负责人: 福士 秀人
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: Gifu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19658114/
• 关键词: 高速大規模塩基配列解読; ウイルス; ゲノム; mRNA解析

本申請課題ではウイルス感染細胞内のmRNA塩基配列を網羅的に解析し,ウイルス遺伝情報の「分離」を試みた.ウマヘルペスウイルス感染細胞のmRNAからcDNAを合成し,網羅的な塩基配列解読を行った.非感染細胞由来のmRNA-cDNA塩基配列情報と比較し,ウイルスの情報を「分離」しうるかどうか,また,どれくらいの感度でできるかを明らかにした.ウマヘルペスウイルス9型をマウス繊維芽細胞L929に感染させ,24時間後に全RNAを抽出した.mRNAを精製しcDNAとした後,塩基配列解読に用いた.解析総リード数は215042であった.このリードをマウス配列およびウマヘルペスウイルス9型ゲノム塩基配列にマッピングした.その結果,マウスに対して132654リード(61.7%),ウマヘルペスウイルス9型に対して4026リード(1.9%)をマッピングすることができた.以前の感染細胞全DNAの塩基配列解読では全コンティグ数17525に対しウイルスゲノムにマッピングされたコンティグは60コンティグ(0.3%)であった.この結果からウイルス感染細胞のmRNAについて網羅的な塩基配列解読を行うことによりウイルスを遺伝情報として「分離」できる可能性が明らかになった.今回は予算の制限により個体での解析を行えなかった.今後の課題である.

This application subject で は ウ イ ル ス within infected cells の mRNA salt base with column を snare に analytic し, ウ イ ル ス heritage 伝 intelligence の "separation" を try み た. ウ マ ヘ ル ペ ス ウ イ ル ス infected cells の mRNA か ら cDNA synthesis し を, net of な salt base with column solution 読 を line っ た. The infected cell origin の mRNA - cDNA salt base with column intelligence と し, ウ イ ル ス の intelligence を "separation" し う る か ど う か, ま た, ど れ く ら い の sensitivity で で き る か を Ming ら か に し た. ウ マ ヘ ル ペ ス ウ イ ル ス type 9 を マ ウ ス 繊 d bud cells L929 に infection さ せ, after 24 time に all RNA を drew し た. M After the RNAを is refined and cDNA is と た た, the base is ligated and decomposed 読に with た た. Parsing 総 リ ー ド は 215042 で あ っ た. こ の リ ー ド を マ ウ ス match column お よ び ウ マ ヘ ル ペ ス ウ イ ル ス type 9 ゲ ノ ム salt base with column に マ ッ ピ ン グ し た. そ の results, マ ウ ス に し seaborne て 132654 リ ー ド (61.7%), ウ マ ヘ ル ペ ス ウ イ ル ス type 9 に し seaborne て 4026 リ ー ド を (1.9%) Youdaoplaceholder2 ッピ グする グする とがで とがで た. Previous の infected cells all DNA の salt base with column solution 読 で は full コ ン テ ィ グ number 17525 に し seaborne ウ イ ル ス ゲ ノ ム に マ ッ ピ ン グ さ れ た コ ン テ ィ グ は 60 コ ン テ ィ グ (0.3%) で あ っ た. こ の results か ら ウ イ ル ス infected cells の mRNA に つ い て snare of な salt base with column solution 読 を line う こ と に よ り ウ イ ル ス を heritage 伝 intelligence と し て "separation" で き る possibility が Ming ら か に な っ た. This time, the pre-calculation limit is limited to the によ individual で <s:1> analysis を line えな った った. Future research topics である.