転写と共役したDNA修復とmRNAスプライシングとの連携の解析

转录偶联DNA修复与mRNA剪接协同分析

• 批准号: 19657051
• 负责人: 片岡 直行
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19657051/
• 关键词: 転写; DNA修復; スプライシング; in vitro転写系

これまでに我々は、in vitroスプライシング反応系を用いたスプライシング後のラリアットイントロンRNA-タンパク質複合体の解析から、イントロンの代謝に関わる因子群の候補中にhPRP19やXab2といった、転写と共役したDNA修復(Transcription coupled DNA repair,TCR)機構に関わる因子群を同定した。また、これらの因子がイントロンの代謝因子hDBR1と会合していることも見いだした。このことは、真核生物の核内におけるスプライシング機構と、転写と共役したDNA修復機構との新たな連携を強く示唆している。しかし、in vitroにおける解析系がないため、TCRの機構についてはほとんど解析されていない。そこで本研究では、転写と共役したin vitroスプライシング反応系に損傷の入った鋳型DNAを用いることで、細胞内でのTCRを模擬したin vitro反応系を構築し、その系を用いたTCR機構の解明を目指した。転写の鋳型として、効率よくスプライシングが起こることが知られているβ-globin,δ-crystallin,Adeno virus MLP各遺伝子の二つのエクソンとその間のイントロンを含む領域をCMV promoterの下流にクローニングした。そしてCMV promoterを付けた形で増幅した断片をin vitroでの共役系の鋳型として用いる際、psolarenを結合させたoligonucleOtideを鋳型に対合させることにより、その部分で転写が停止する系を構築した。これらの鋳型をHeLa細胞核抽出液と混合し、反応を行ったところ、目的の位置で転写を停止させることができた。また、鋳型をビーズ上に固定化して反応を行い、転写、スプライシングが起こることを確認することで、鋳型DNA上に形成された複合体を回収できる系を構築した。

Youdaoplaceholder2 れまでに I 々 々, in Vitro ス プ ラ イ シ ン グ anti を 応 department with い た ス プ ラ イ シ ン グ after の ラ リ ア ッ ト イ ン ト ロ ン RNA - タ ン パ ク qualitative complex の parsing か ら, イ ン ト ロ ン の metabolic に masato わ る factor group of の alternate に hPRP19 や Xab2 と い っ た, planning to write と existing し た DNA repair (Transcription coupled DNA repair (TCR) mechanism に related わる factor group を isomorphic <s:1> た. ま た, こ れ ら の factor が イ ン ト ロ ン の metabolic factors hDBR1 meet と し て い る こ と も see い だ し た. こ の こ と は, eukaryotes の nuclear に お け る ス プ ラ イ シ ン グ と, planning write と total service し た DNA repair agency と の new た な even with strong を く in stopping し て い る. <s:1> に ほとん, in vitroにおける analysis system がな がな ため ため, TCR <s:1> institution に に て て ほとん ほとん ほとん ほとん されて されて. そ こ で this study で は, planning to write と existing し た in vitro ス プ ラ イ シ ン グ anti 応 in に damage の っ た type where DNA を with い る こ と で, intracellular で の TCR を simulation し た in vitro against 応 を build し, そ の is を with い た TCR institutions の interpret を refers し た. Planning to write の type where と し て, sharper rate よ く ス プ ラ イ シ ン グ が up こ る こ と が know ら れ て い る beta globin, delta - crystallin Adeno virus get MLP each legacy 伝 son の two つ の エ ク ソ ン と そ の between の イ ン ト ロ ン を を CMV む field The promoter has downstream に グ ロ ニ ニ ニ グ た た. そ し て CMV promoter を pay け た form で rights of し た を fragment in vitro で の is の total service type where と し て in い る interstate, psolaren を combining さ せ た oligonucleOtide を type where に us seaborne さ せ る こ と に よ り, そ の part で planning write が stop す る department を build し た. Type こ れ ら の where を HeLa cell nucleus extract と mixed し, anti 応 を line っ た と こ ろ position, purpose の で planning write を stop さ せ る こ と が で き た. ま た, where を ビ ー ズ に immobilized on し て anti 応 を line い, planning write, ス プ ラ イ シ ン グ が up こ る こ と を confirm す る こ と で, where DNA に form さ れ た complex を back 収 で き る department を build し た.

项目成果

Tissue-specific splicing regulator Fox-1 induces exon skipping by interferingE complex formation on the downstream intron of humam Flγ gene

组织特异性剪接调节因子 Fox-1 通过干扰 humam Flγ 基因下游内含子上的 E 复合物形成诱导外显子跳跃

• 发表时间: 2007
• 期刊: Nucleic Acids Research 35
• 作者: Fukumura;K.
• 通讯作者: K.

Mutational analyses of Y14 and Magoh suggest the improper formation of EJC on oskar mRNA in Drosophila mutants

Y14 和 Magoh 的突变分析表明果蝇突变体中 oskar mRNA 上的 EJC 形成不当

• 发表时间: 2007
• 作者: Fukumura;K.;片岡直行;片岡直行
• 通讯作者: 片岡直行

Isolation and characterization of post-splicing lariat-intron complexes.

• DOI: 10.1093/nar/gkn1002
• 发表时间: 2009-02
• 期刊: Nucleic acids research
• 影响因子: 14.9
• 作者: Yoshimoto R;Kataoka N;Okawa K;Ohno M
• 通讯作者: Ohno M

Regulation of alternative splicing through Clk-mediated SRp75 hyperphosphorylation

通过 Clk 介导的 SRp75 过度磷酸化调节选择性剪接

• 发表时间: 2008
• 期刊: Genes to Cells 13
• 作者: Yomoda;J.
• 通讯作者: J.

神経突起中におけるmRNPのリモデリングと輸送から局在への移行

神经突中 mRNP 的重塑以及从运输到定位的转变

• 发表时间: 2008
• 作者: Fukumura;K.;片岡直行
• 通讯作者: 片岡直行