抵抗性関連候補遺伝子マーカー群を用いた国内抵抗性クロマツ集団の遺伝子多様性の解明

【概要】抵抗性集団と非抵抗性集団について、クロマツとアカマツをあわせて、従来の中立遺伝マーカーによる遺伝的多様性の評価を進めたとともに、クロマツについてはSNPジェノタイピングシステムの構築を進めた。【具体的内容】抵抗性集団と非抵抗性集団（精英樹・野外集団）における、従来の中立遺伝マーカーによる遺伝的多様性を把握するため、主に東北・関西・九州の各育種基本区において未タイピングの抵抗性・精英樹クロマツ・アカマツについてジェノタイピングを行い、系統整理を進めた。過去の野外集団の研究で利用されたクロマツ・アカマツの核SSRマーカー（それぞれ7マーカー・8マーカー）に基づき、既に遺伝子型評価された抵抗性集団と野外集団のSSR遺伝子型を整理するとともに、系統整理された抵抗性・精英樹集団についてはレファレンスDNAを用いてSSR遺伝子型を決定した。令和4年度末までに、関東育種基本区の抵抗性・精英樹アカマツ以外についてはひととおり、クロマツ・アカマツの両樹種において全国の抵抗性・精英樹・野外集団の3者のSSR遺伝子型を取得した。またクロマツについて、抵抗性関連候補遺伝子座群に基づくゲノムワイドDNAマーカー（SNP）を用いて予備的分析を行い、ゲノムワイドSNP分析（Amplicon-Sequence）実施のためのマーカーセットとジェノタイピングシステムの構築を進めた。既にレファレンス針葉サンプルのある抵抗性・野外集団クロマツについては、上記分析システムに供試する高収量DNAの抽出と精製を進めた。また、近く得られる大量SNPジェノタイプデータと上記マツ群における利用上の繁殖形質・特性との関連性を評価するため、全国の育種場で保存されている抵抗性・精英樹クロマツのうち約100系統から球果を採取して、球果サイズや鱗片形態、種子サイズ等の球果諸形質データを得た。

【概要】抵抗性集団と非抵抗性集団について、クロマツとアカマツをあわせて、従来の中立遺伝マーカーによる遺伝的多様性の評価を進めたとともに、クロマツについてはSNPジェノタイピングシステムの構築を進めた。【具体的内容】抵抗性集団と非抵抗性集団（精英樹・野外集団）における、従来の中立遺伝マーカーによる遺伝的多様性を把握するため、主に東北・関西・九州の各育種基本区において未タイピングの抵抗性・精英樹クロマツ・アカマツについてジェノタイピングを行い、系統整理を進めた。過去の野外集団の研究で利用されたクロマツ・アカマツの核SSRマーカー（それぞれ7マーカー・8マーカー）に基づき、既に遺伝子型評価された抵抗性集団と野外集団のSSR遺伝子型を整理するとともに、系統整理された抵抗性・精英樹集団についてはレファレンスDNAを用いてSSR遺伝子型を決定した。令和4年度末までに、関東育種基本区の抵抗性・精英樹アカマツ以外についてはひととおり、クロマツ・アカマツの両樹種において全国の抵抗性・精英樹・野外集団の3者のSSR遺伝子型を取得した。またクロマツについて、抵抗性関連候補遺伝子座群に基づくゲノムワイドDNAマーカー（SNP）を用いて予備的分析を行い、ゲノムワイドSNP分析（Amplicon-Sequence）実施のためのマーカーセットとジェノタイピングシステムの構築を進めた。既にレファレンス針葉サンプルのある抵抗性・野外集団クロマツについては、上記分析システムに供試する高収量DNAの抽出と精製を進めた。また、近く得られる大量SNPジェノタイプデータと上記マツ群における利用上の繁殖形質・特性との関連性を評価するため、全国の育種場で保存されている抵抗性・精英樹クロマツのうち約100系統から球果を採取して、球果サイズや鱗片形態、種子サイズ等の球果諸形質データを得た。