Development of personalized medicine for lung cancer using next-generation transcriptome

本研究は、難治性がんの代表である肺癌患者の生命予後の改善を目的として、治療成績向上の要となる腫瘍発生・維持・悪性化・治療感受性並びに治療抵抗性の原因因子をトランスクリプトームレベルで特定し、治療効果予測バイオマーカー開発の元に個別化医療を推進させる。特徴として、1)肺癌患者検体を用いたエンハンサー・ゲノム転写ネットワークの包括的解析、2)細胞株を用いた薬剤摂動トランスクリプトーム解析による各種薬剤における制御因子の包括的解明、3) 肺癌組織を用いた継時的空間トランスクリプトーム解析による遺伝子発現プロファイリングを確立し、それらの統合解析を基に肺癌の発生・維持・悪性化・治療感受性の根源的な分子メカニズムの解明と因子同定を進め、その成果に基づいた個別化医療開発を推進することによる新規治療法を確立する。本年度は主に1)の解析を進め、111症例の患者由来の肺癌サンプルを用いたCAGEシーケンスデータにおいて、各々、約5x10^6のソフトクリップしたリードが検出された。FANTOM5に登録されたプロモータの発現パターンにより、腺癌、扁平上皮癌は別個のクラスターに分類された。また、334314個のエンハンサーが同定された。

本研究は、難治性がんの代表である肺癌患者の生命予後の改善を目的として、治療成績向上の要となる腫瘍発生・維持・悪性化・治療感受性並びに治療抵抗性の原因因子をトランスクリプトームレベルで特定し、治療効果予測バイオマーカー開発の元に個別化医療を推進させる。特徴として、1)肺癌患者検体を用いたエンハンサー・ゲノム転写ネットワークの包括的解析、2)細胞株を用いた薬剤摂動トランスクリプトーム解析による各種薬剤における制御因子の包括的解明、3) 肺癌組織を用いた継時的空間トランスクリプトーム解析による遺伝子発現プロファイリングを確立し、それらの統合解析を基に肺癌の発生・維持・悪性化・治療感受性の根源的な分子メカニズムの解明と因子同定を進め、その成果に基づいた個別化医療開発を推進することによる新規治療法を確立する。本年度は主に1)の解析を進め、111症例の患者由来の肺癌サンプルを用いたCAGEシーケンスデータにおいて、各々、約5x10^6のソフトクリップしたリードが検出された。FANTOM5に登録されたプロモータの発現パターンにより、腺癌、扁平上皮癌は別個のクラスターに分類された。また、334314個のエンハンサーが同定された。