病原細菌の宿主内多様性と多様化を駆動する選択メカニズムの解明

阐明驱动宿主内多样性和病原菌多样化的选择机制

• 批准号: 22H02870
• 负责人: 林 哲也
• 金额: $ 11.32万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02870/
• 关键词: 細菌; ゲノム; 菌血症; 宿主内多様性

同一宿主体内でも細菌ゲノムの多様化が生じるが、この変化は宿主内環境への適応という点で重要である。その解析には、単一あるいはごく少数の菌種だけが存在する血液培養（血培）検体が都合の良い材料であるが、多数のコロニーを解析するには膨大な時間とコストが必要である。この問題を解決するため、申請者は血培検体から細菌DNAを効率的に濃縮し、ディープシーケンシングによって宿主内多様性を捉える手法を開発してきた。本研究では、これを用いて、1）血培陽性検体中に存在する細菌ゲノム多様性の解明(宿主内でのゲノム変化）、2）変異の種類や頻度に基づいた宿主内多様化を駆動する選択メカニズムの推定、3）菌種や感染様式の違いによる多様性や選択メカニズムの違いの解明を目指している。本年度の研究結果は以下の通りである。1.九州大学病院検査部の西田留梨子医師の協力を得て、新たに607検体を収集した。2.以前に収集した42検体を用いて解析パイプラインの有効性を検証した。その結果に基づいて修正を行い、以下の過程からなる最終的なパイプラインを構築した。(1)低速遠心による宿主細胞の除去やMolzyme社の MolYsis Plus kit などを組み合わせた細菌DNAの選択的濃縮、 (2)イルミナNovaSeqを用いたディープシーケンシング、 (3)ヒト由来リードの除去、(4)アセンブリとアセンブリ結果の評価、 (5) 得られたドラフト配列へのリードマッピング、 (6)マッピングエラー率が高いリードの除去、(7)2％以上の頻度で存在するヘテロ配列（SNPまたはInDel）の同定、(8)ヘテロ配列の種類とその存在比に基づいたハプロタイプの種類と存在比の推定。3.本年度に収集したに収集した607検体の解析を開始し、上記の(1)から(4)までの作業を行なった。これにより、予備解析に用いた42検体と合わせて649検体の配列情報を取得できた。一部については、(5)以降の作業を始めている。

The bacteria and bacteria in the same host are very important in the environment of the host. It is necessary to analyze the existence of blood culture (blood culture) in a small number of bacteria, most of them are suitable for the analysis of good materials, and most of them are suitable for the analysis of the existence of blood culture (blood culture) in a small number of bacteria. In order to solve the problem, the rate of DNA infection in the blood culture of the applicant and the applicant was determined. The method of multiple capture in the host was used to determine the rate of infection. The results of this study are as follows: 1) the existence of bacterial multiplicity in the blood culture body (in the host), 2) the antiviral activity in the host, and the presumption of bacterial infection in the host, 3) the bacterial infection virus in the host. The results of this year's study are as follows. 1. Department of Hospital of Kyushu University, Nishida Liuzi Medical Co., Ltd., new Yoshihiro 607 body collection. two。 In the past, I used to analyze the data from the collection 42. The results show that the following procedures are the most effective in correcting the industry. The main results are as follows: (1) the low-speed MolYsis Plus kit host cell removes the data selected by the Molzyme community, (2) the host cell, the host cell and the host cell. (6) the error rate is higher than that of the normal population, (7) over 2% of the temperature exists in the SNP allocation InDel, and (8) there is a presumption of the existence of the same class in the same category as the other category. 3. This year's collection will start at the beginning of the 607 series, and will start with (1) and (4) for the rest of the year. You can get the information by matching the data of 42 and 649 with each other. One movie, (5) in order to reduce the cost of operation, it began to work.