病原性大腸菌ゲノムの多様性と可塑性

致病性大肠杆菌基因组的多样性和可塑性

基本信息

  • 批准号:
    12206038
  • 负责人:
  • 金额:
    --
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
  • 财政年份:
    2000
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2000 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

【背景と目的】病原細菌の遺伝的多様性の解析は細菌の病原体としての特性を理解するためにはきわめて重要である。本研究においては、病原性大腸菌に焦点を絞り、種々の病原性大腸菌の遺伝的多様性をゲノム生物学的な観点から解明することを試みた。【研究結果】病原性大腸菌O157堺株の全ゲノム配列を決定し、非病原性大腸菌K-12のゲノム配列と比較することによって、大腸菌ゲノムの基本骨格と考えられる4.1Mbの配列を見出すとともに、O157にのみ存在する1.4Mbの配列を同定した。この菌株特異的配列は様々なサイズの断片として染色体上に散在し、その多くが外来性であった。これらの知見から、各種大腸菌の全ゲノム構造を共通のプライマーセットを用いたPCR(whole genome PCR scanning法)によってシステマティックに解析できると考えられた。まず、パイロット試験として、本法を用いた緑膿菌染色体上のピオシン領域(35Kb)の解析を行い、これがゲノムの多様性解析に充分応用できることを確認した。そこで、大腸菌ゲノムを全ゲノムレベルで解析できるプライマーを560組作成し、病原性大腸菌の解析に応用した。本年度は解析対象として、由来の異なる10株のO157を選択し、その解析を行った。プライマーは10-15Kbで設定したため、全ての解析はlong PCR法を用いて行い、PCR産物のサイズ測定もlong gelを使って行った。その結果、O157菌株間には予想以上の多様性(菌株特異的な配列のバリエーション)が存在することが明らかになるとともに、本法によってそのゲノム上の存在部位が容易に同定できることが確認できた。また、XbaI切断パターン(PFGEによる)を基にしたゲノムタイプのクラスターリングの結果と本法によって見出されたゲノム構造のバリエーションの程度には明らかな相関が認められた。完全な解析はまだ終了していないが、今後、今回の解析結果をさらに詳細に検討するとともに、他のタイプの大腸菌の解析を行い、病原性大腸菌ゲノムの多様性の全体像を明らかにしていきたい。
[Background] Analysis of diversity of pathogenic bacteria is important for understanding the characteristics of bacterial pathogens. In this study, the focus of pathogenic E. coli was on the diversity of pathogenic E. coli strains and their biological characteristics. [Results] The complete sequence of pathogenic E. coli strain O157 was determined, the sequence of nonpathogenic E. coli strain K-12 was determined, the sequence of E. coli strain K-12 was determined, the sequence of E. coli strain K-12 was determined, the sequence of E. coli strain K-12 was determined, the sequence of E. coli strain K-12 was determined, and the sequence of E. coli strain K-12 was determined. These strain-specific sequences are scattered on chromosomes, and many are exotic. The whole genome structure of E. coli was analyzed by PCR(whole genome PCR scanning). This method was used to analyze the chromosome diversity of Pseudomonas aeruginosa (35Kb). 560 sets of analysis methods for pathogenic coliform bacteria This year, the analysis of the origin of 10 O157 strains was carried out. 10-15Kb, 10-15Kb, 15 Kb, 10 - 15 Kb, 15 Kb, As a result, O157 strains were expected to have the above diversity (strain-specific alignment), and the presence of this method was easy to identify. The results of this method show that the degree of structural change in PFGE is related to the degree of correlation between PFGE and PFGE. Complete analysis is complete, future, and current analysis results are discussed in detail, other types of coliforms are analyzed, and pathogenic coliforms are included in the diversity of the overall image.

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
K.Nakayama, et al.: "The R-type pyocin is related to P2 phage, and the F-type is related to lambda phage."Mol.Moribiol.. 38. 213-231 (2000)
K.Nakayama 等人:“R 型脓毒素与 P2 噬菌体相关,F 型与 lambda 噬菌体相关。”Mol.Moribiol.. 38. 213-231 (2000)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
T,Hayashi, et al.: "Complete genome sequence of enterchemonhagic Escherichia coli O157:H7 and genomic comparison with a leboratory strain K-12. DNA Res (Supplement)."DNA Res.. 8. 47-52 (2001)
T,Hayashi 等人:“肠致病性大肠杆菌 O157:H7 的完整基因组序列以及与实验室菌株 K-12 的基因组比较。DNA Res(补充)。”DNA Res.. 8. 47-52 (2001)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
T,Hayashi, et al.: "Complete genome sequence of enterohemonhagic Escherichia coli O157:H7 and genomic comparison with a laboratory strain K-12."DNA Res.. 8. 11-22 (2001)
T,Hayashi 等人:“肠出血性大肠杆菌 O157:H7 的完整基因组序列以及与实验室菌株 K-12 的基因组比较。”DNA Res.. 8. 11-22 (2001)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
林哲也 他: "遺伝情報のダイナミズムとその分子機構(IGEシリーズ29)"東北大学遺伝生態研究センター. 149 (2001)
Tetsuya Hayashi 等:“遗传信息的动态及其分子机制(IGE 系列 29)”东北大学遗传生态学研究中心 149(2001)。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
M.Ohrishi, et al.: "Comparative analysis of the whole set of rRNA operons between and enterohemonhagic Escherichia coli O157:H7 Sakai strain and an Escherichia coli K-12 strain MG1655."Syst.Appl.Morobiol.. 23. 315-324 (2000)
M.Ohrishi 等人:“肠出血性大肠杆菌 O157:H7 Sakai 菌株和大肠杆菌 K-12 菌株 MG1655 之间整套 rRNA 操纵子的比较分析。”Syst.Appl.Morobiol.. 23. 315-
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知道了