タンパク質細胞内局在部位予測知識ベースシステムの改良・発展

蛋白质亚细胞定位位点预测知识系统的改进和发展

• 批准号: 07249205
• 负责人: 中井 謙太
• 金额: $ 0.7万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1995
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1995 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-07249205/
• 关键词: 配列解析; 知識ベース; 確率推論; タンパク質; 細胞内局在化; ミトコンドリア移行シグナル

本研究では、タンパク質の細胞内局在部位予測システムPSORTを最新のデータや知見に基づいて改良することを目標にした。タンパク質の局在化シグナルは、たいていぼんやりとした一次配列上の特徴しか備えていないので、予測に際しては推論全体のバランスを考慮しなければならないが、この特徴は現在のPSORTシステムが“if-then"型の知識ベース構成をしていることにとって不利である。そこで、多少の推論の融通性は犠牲にしても、全体の見通しがよく、パラメータ調整も容易なモデルとして、J. Pearlらの確率推論の考え方を推論木による分類問題に適用したモデルを作った。これを酵母データに適用した場合、予測能力については、クロス検証や冗長データ除去を行ってもほとんど学習データの結果とかわらないという良好な結果が得られた。一方、推論木に与えられる予測変数自体を改良するために、判別分析法を用いたミトコンドリア移行シグナル検出法の改良に取り組んだ。いろいろな変数の中から変数選択法によって判別分析を行ったところ、平均で92.4%予測ができた。10回のテストで、常に選ばれた変数は、Arg(N末20アミノ酸中含量),75度の疎水性モーメント,Gly,酸性アミノ酸,Ser/Thrであった。新しい推論モデルの採用により、簡単にシステムのパラメータを決定できるようになったので、従来は不可能であったクロス検証法による予測能力の評価が可能になった。反面、曖味なルールや例外的なルールを取り入れるのがやや難しくなったため、近々予定しているシステムの全面改訂に向けて、知識全体を今一度見通しよく整理する必要に迫られている。また、ミトコンドリア移行シグナルの予測について、従来より優れた変数が得られた。結果を見ると、塩基性のアミノ酸の重要性がいわれているわりには、Lys残基頻度が判別に無力なのは意外であった。

This study aims to update the knowledge base of PSORT for the prediction of intracellular sites in human beings. In the process of transformation, the characteristics of the first arrangement are considered in the preparation and prediction, and the characteristics of the present PSORT are considered in the knowledge composition of the "if-then" type. For example, if the number of inferences is equal to the number of inferences, the number of inferences is equal to the number of inferences. If the number of inferences is equal to the number of inferences, the This is the case when the yeast is suitable, the prediction ability, the test result, the test result. A method for improving the predictive value of a square, a corollary and a discriminant analysis method A discriminant analysis was performed on the average of 92.4% prediction. 10 times, often selected for the number of Arg(N terminal 20 acid content), 75 degrees of water content,Gly, acidic acid,Ser/Thr. The new inference is that it is possible to evaluate the predictive ability of the system by using simple, simple, and accurate methods. The opposite, warm taste, exception, and entry of all kinds of knowledge are necessary for the comprehensive revision of the system. In addition, it is necessary to establish a system for monitoring and evaluating the quality of products. The results showed that the basic amino acids were important, and the Lys residues were frequent.

项目成果

Horton, Paul: "A probabilistic classification system for predicting the cellular location sites of proboing" Proc. Intell. System. Mol.Biol.(印刷中). (1996)

霍顿，保罗：“用于预测探测的细胞定位位点的概率分类系统”，Proc Biol。