配列情報に潜む規則性の発見

发现隐藏在序列信息中的规律

• 批准号: 12208002
• 负责人: 中井 謙太
• 金额: $ 20.74万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-12208002/
• 关键词: ゲノム配列解析; RNAスプライシング; 転写制御領域; 転写開始点; モチーフ; DNAモチーフ抽出; 局在化シグナル; 完全長cDNA; レギュロン予測; アミノ酸配列解析; 知識発見科学; 膜タンパク質; トポロジー形成能; 低疎水性貫通部位

(1)RNAスプライシングでいかにして長大なイントロンが正確に認識されるのかを説明するIntrasplicingという仮説を提唱し、これを計算機実験によって検証を試みた。Intrasplicingとは、短いイントロンの切除を複数回繰り返すことによって、結果的に長大なイントロンを切断するという仮説である。(2)原核生物転写制御領域を近縁種間で網羅的に比較することにより、種々の生物について、保存領域を抽出し、さらにそれらが微生物界でどこまで存在するかを現在網羅的に探素中であり、遠くない将来にデータベース化して公開する準備を進めている。また、異なる遺伝子間に同時に存在する保存領域を探索することにより、共制御遣伝子群(レギュロン)を配列から予測する試みも行っている。(3)菅野研究室(東大医科研)との共同研究で、ヒトをはじめとする種々の生物種において、各遺伝子の転写開始点を詳細に解析した。その結果、転写開始点は非常にきっちり決められているもの、かなりゆらぎのあるもの、エキソン構造まで変わる選択的プロモーターに依存するものの3種がだいたい同じ程度の量比で存在することがわかった(投稿準備中)。(4)その他、共通モチーフ抽出支援ツールMelinaの改良、ゲノムデータに基づく仮説モデル間の類似度に基づく構造的関係性の解析、文字列と数値のペアからなるデータを与えられた時に、「文字列中にパターンがある/ない」と「数値」との間の相関が最も高いパターンを求める、という問題の効率的なアルゴリズムの開発などを行った。

(1) RNA ス プ ラ イ シ ン グ で い か に し て grew up な イ ン ト ロ ン が に correct understanding さ れ る の か を illustrate す る Intrasplicing と い う 仮 said を sing し, こ れ を computer be 験 に よ っ て 検 card を try み た. Intrasplicing と は, short い イ ン ト ロ ン の cut を plural to Qiao り return す こ と に よ っ て grew up, the result に な イ ン ト ロ ン を cut す る と い う 仮 said で あ る. (2) the prokaryotes planning write suppression area を nearly try interspecific で snare に compare す る こ と に よ り, kind of 々 の biological に つ い て, save を drew し, さ ら に そ れ ら が microbial world で ど こ ま exist で す る か を now snare in に agent で あ り, far く な い future に デ ー タ ベ ー ス change し て public す る prepare を into め て い る. ま た, different な る heritage 伝 に に exist at the same time between child す る を save field exploration す る こ と に よ り, a total of royal sent 伝 subgroup (レ ギ ュ ロ ン) を match column か ら be す る try み も line っ て い る. (3) kanno laboratory (neusoft medical research) と で の studies together, ヒ ト を は じ め と す る kind 々 の biological に お い て, all survived 伝 の planning to write detailed に analytical starting point を し た. そ の results, planning to write start は very に き っ ち り definitely め ら れ て い る も の, か な り ゆ ら ぎ の あ る も の, エ キ ソ ン tectonic ま で - わ る sentaku of プ ロ モ ー タ ー に dependent す る も の の three が だ い た い with の じ degree than exist で す る こ と が わ か っ た (contribute to). (4) そ の him, common モ チ ー フ drew support ツ ー ル last の improvement, ゲ ノ ム デ ー タ に base づ く 仮 said モ デ ル の similar degree between に base づ く structure of masato is の parsing, text columns と the numerical の ペ ア か ら な る デ ー タ を and え ら れ た に, "text columns に パ タ ー ン が あ る / な い" と "the numerical" と の の phase between masato が も most High い パ タ ー ン を o め る, と い う problem の sharper rate な ア ル ゴ リ ズ ム の open 発 な ど を line っ た.

项目成果

Maruyama, O.: "Toward Drawing an Atlas of Hypothesis Classes : Approximating a Hypothesis via Another Hypothesis Model"Proc. 5th International Conference of Discovery Science. 220-232 (2002)

Maruyama, O.：“绘制假设类图集：通过另一个假设模型逼近假设”Proc。

Nakai, K.: "Langel (ed.) Cell-Penetrating Peptides Processes and Applications (Chapter 14)"CRC Press. 295-324 (2002)

Nakai, K.：“Langel (ed.) 细胞穿透肽工艺和应用（第 14 章）”CRC Press。

Suzuki, Y.: "DBTSS : database of human transcriptional start sites and full-length cDNAs"Nucleic Acids Research. 30・1. 328-331 (2002)

Suzuki, Y.：“DBTSS：人类转录起始位点和全长 cDNA 的数据库”《核酸研究》30・1（2002 年）。

Bannai,H.: "Views : Fundamental building blocks in the process of knowledge discovery"Proceedings of the 14th International FLAIRS Conference. (印刷中). (2001)

Bannai, H.：“观点：知识发现过程中的基本构建模块”第 14 届国际 FLAIRS 会议记录（2001 年）。

Poluliakh, N.: "MELINA : motif extraction from promoter regions of potentially co-regulated genes"Bioinformatics. 19(3). 423-424 (2003)

Poluliakh, N.：“MELINA：从潜在共同调控基因的启动子区域提取基序”生物信息学。