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アミノ酸配列のマルチプル・アラインメントからのモチーフの抽出と立体構造との対応

アミノ酸配列のマルチプル・アラインメントからのモチーフの抽出と立体構造との対応
从氨基酸序列的多重比对中提取基序并与 3D 结构对应
批准号：
07280228
负责人：
五條堀 孝
金额：
$1.28万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1995
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
1995 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-07280228/
关键词：
アミノ酸配列マルチプル・アラインメントモチーフ立体構造セリンプロテアーゼクリングル構造DNAデータベース分子系統樹

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项目成果

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本研究は、タンパク質のアミノ酸配列に基づいて、その相互の相同性よりマルチプル・アラインメントを作成し、進化的に保存されたアミノ酸のパターンをモチーフとして抽出することによって、その位置を立体構造と対応させることを目的とした。これは、そのタンパク質の機能をアミノ酸配列上で特徴づけるモチーフが、そのタンパク質の立体構造とどういうかかわり合いをもつかということを調べる意味で、きわめて重要である。このため、まず、DNAデータベースの管理ソフトウェアを整備し、タンパク質翻訳領域を容易に取り出せるようにした。また、マルチプル・アラインメントに役立つ系統樹作成法をMDL原理というアルゴリズムを用いて新たに開発した。さらに、セリンプロテアーゼに存在する「クリングル構造」という一群の機能的ドメインに注目し、そのアミノ酸配列のマルチプル・アラインメントからモチーフを抽出した。そして、そのX線結晶解析による立体構造データから、それらのモチーフとの対応関係を調べた。また、異なるタンパク質のクリングル構造の立体構造をコンピュータ上で重ね合わせ、それらの保存性とモチーフとの関係を研究した。これらの研究成果は、タンパク質の機能と構造を知る上で重要と考えられる。
期刊论文(14)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Ren,F.: "Construction of Molecular Evolutionary Phylogenetic Trees from DNA Sequences Based on Minimum Complexity Principle." Computer methods and programs in Biomedicine,Elsevier. 46. 121-130 (1995)
Ren,F.：“基于最小复杂性原则从 DNA 序列构建分子进化系统发育树”。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Gojobori,T.: "Molecular Biology and Biotechnology.:A Comprehensive Desk Reference.(Ed.R.A.Meyers)" VCH Publishers,Inc., 1034 (1995)
Gojobori,T.：“分子生物学和生物技术。：综合案头参考。（Ed.R.A.Meyers）”VCH Publishers, Inc.，1034 (1995)
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Ikeo,K.: "Different Evolutionary Histories of Kringle and Protease Domains in Serine Proteases-A Typical Example of Domain Evolution." Journal of Mol.Evol.40. 331-336 (1995)
Ikeo,K.：“丝氨酸蛋白酶中 Kringle 和蛋白酶结构域的不同进化历史 - 结构域进化的典型例子。”
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Ren,F.: "Molecular Evolutionary Phylogenetic Trees Based Minimum Description Length Principle." Proceedings of the 28th Annual Hawaii Int´lConf.on System Sciences.5. 165-173 (1995)
Ren, F.：“基于最小描述长度原理的分子进化系统发育树”。第 28 届夏威夷国际系统科学年会论文集。5 (1995)。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
共 7 条
    代謝進化のメカニズム-緑色硫黄細菌と生体異物分解経路を中心として-
    • 批准号：
      08F08086
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $1.02万
    • 财政年份：
      2008
    • 负责人：
      五條堀 孝
    • 依托单位：
      National Institute of Genetics
    マウス胚における眼の形態形成に関する遺伝子発現制御と細胞死の比較ゲノム学的研究
    • 批准号：
      01F00104
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $0.96万
    • 财政年份：
      2001
    • 负责人：
      五條堀 孝
    • 依托单位：
      National Institute of Genetics
    古生化学的アプローチによる分子レベルでの自然淘汰の検出
    • 批准号：
      99F00707
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $1.15万
    • 财政年份：
      1999
    • 负责人：
      五條堀 孝
    • 依托单位：
      National Institute of Genetics
    病原性ウイルスの進化におけるMHCの役割
    • 批准号：
      97F00119
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $1.28万
    • 财政年份：
      1998
    • 负责人：
      五條堀 孝
    • 依托单位：
      National Institute of Genetics