アミノ酸配列のマルチプル・アラインメントからのモチーフの抽出と立体構造との対応

从氨基酸序列的多重比对中提取基序并与 3D 结构对应

• 批准号: 07280228
• 负责人: 五條堀 孝
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1995
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1995 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-07280228/
• 关键词: アミノ酸配列; マルチプル・アラインメント; モチーフ; 立体構造; セリンプロテアーゼ; クリングル構造; DNAデータベース; 分子系統樹

本研究は、タンパク質のアミノ酸配列に基づいて、その相互の相同性よりマルチプル・アラインメントを作成し、進化的に保存されたアミノ酸のパターンをモチーフとして抽出することによって、その位置を立体構造と対応させることを目的とした。これは、そのタンパク質の機能をアミノ酸配列上で特徴づけるモチーフが、そのタンパク質の立体構造とどういうかかわり合いをもつかということを調べる意味で、きわめて重要である。このため、まず、DNAデータベースの管理ソフトウェアを整備し、タンパク質翻訳領域を容易に取り出せるようにした。また、マルチプル・アラインメントに役立つ系統樹作成法をMDL原理というアルゴリズムを用いて新たに開発した。さらに、セリンプロテアーゼに存在する「クリングル構造」という一群の機能的ドメインに注目し、そのアミノ酸配列のマルチプル・アラインメントからモチーフを抽出した。そして、そのX線結晶解析による立体構造データから、それらのモチーフとの対応関係を調べた。また、異なるタンパク質のクリングル構造の立体構造をコンピュータ上で重ね合わせ、それらの保存性とモチーフとの関係を研究した。これらの研究成果は、タンパク質の機能と構造を知る上で重要と考えられる。

This study aims to preserve the basic structure and identity of the three kinds of acids. The function of the substance is lost in the acid arrangement. The characteristic of the substance is the three-dimensional structure. The meaning is important. The management software of DNA is easy to access and maintain. The principle of MDL and the application of system tree are developed. In addition, there is a group of functional elements in the "cluster structure" and a group of functional elements in the "cluster structure". X-ray crystallographic analysis of the three dimensional structure of the film, the film, the film and the film. A study on the relationship between the quality and the three-dimensional structure The results of this research are important for understanding the nature, function and structure of the structure.

项目成果

Ren,F.: "Construction of Molecular Evolutionary Phylogenetic Trees from DNA Sequences Based on Minimum Complexity Principle." Computer methods and programs in Biomedicine,Elsevier. 46. 121-130 (1995)

Ren,F.：“基于最小复杂性原则从 DNA 序列构建分子进化系统发育树”。

Gojobori,T.: "Molecular Biology and Biotechnology.:A Comprehensive Desk Reference.(Ed.R.A.Meyers)" VCH Publishers,Inc., 1034 (1995)

Gojobori,T.：“分子生物学和生物技术。：综合案头参考。（Ed.R.A.Meyers）”VCH Publishers, Inc.，1034 (1995)

Ikeo,K.: "Different Evolutionary Histories of Kringle and Protease Domains in Serine Proteases-A Typical Example of Domain Evolution." Journal of Mol.Evol.40. 331-336 (1995)

Ikeo,K.：“丝氨酸蛋白酶中 Kringle 和蛋白酶结构域的不同进化历史 - 结构域进化的典型例子。”

Kitakami,H.: "YAMATO AND ASUKA:DNA Database Management System." Proceedings of the 28th Annual Hawaii Int´lConf.on System Sciences.5. 72-80 (1995)

Kitakami, H.：“YAMATO 和 ASUKA：DNA 数据库管理系统”。第 28 届夏威夷国际会议系统科学会议记录。5 (1995)。

Ren,F.: "Molecular Evolutionary Phylogenetic Trees Based Minimum Description Length Principle." Proceedings of the 28th Annual Hawaii Int´lConf.on System Sciences.5. 165-173 (1995)

Ren, F.：“基于最小描述长度原理的分子进化系统发育树”。第 28 届夏威夷国际系统科学年会论文集。5 (1995)。