病原性ウイルス遺伝子の系統樹解析と機能予測

病原病毒基因系统发育树分析及功能预测

• 批准号: 05454006
• 负责人: 五條堀 孝
• 金额: $ 4.61万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for General Scientific Research (B)
• 财政年份: 1993
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1993 至 1994
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05454006/
• 关键词: C型肝炎ウイルス; 成人T細胞白血病ウイルス; 起源と進化; サブタイプ; 遺伝子機能の予測; 同義置換; 非同義置換; 分子系統樹; 病原性ウイルス; インフルエンザA型ウイルス; 系統樹解析; 塩基置換速度; 遺伝子機能; オーバーラップ遺伝子; 適応的進化

平成6年度における本研究は、病原性ウイルスの系統樹解析とその結果を応用した遺伝子の機能予測を中心に遂行した。特に、現在社会的にその流行が問題科しているC型肝炎ウイルスとかなり早くから分子遺伝学的研究が進んでいる成人T細胞白血病ウイルスに注目して、系統樹解析を行った。C型肝炎ウイルスでは、まず名古屋市立大学医学部第2内科の溝上雅史講師グループの協力を得、日本を含む世界各地の感染者や患者から単離された同ウイルス株の遺伝子の塩基配列データを延べ約80本以上を収集した。そして、コアタンパク質をコードするC遺伝子や5'非翻訳領域の塩基配列データを比較し、各ウイルス株間の塩基置換数を推定しながら、分子系統樹を構築した。その結果、今までに知られているサブタイプにはどこにも属さない新しいウイルスグループを発見した。さらに、今まで知られているサブタイプに属するとされるウイルス株も構築された分子系統樹においてそのクラスターが明確なものでないものも、サブタイプの明確な定義には、信頼性の高い分子系統樹が必要になることを指摘した。また、分子系統樹の構築過程において、C型肝炎ウイルスのC遺伝子の同義置換速度が他の遺伝子に比べて極端に低いことを発見した。これは、C遺伝子にはオーバーラップする遺伝子の翻訳領域が異なったリーディングフレームで存在することを見つけ、そのことがC遺伝子の同義置換速度の極端な減少の原因になっている可能性を指摘した。また、成人T細胞ウイルスの世界各地の単離株の分子系統樹を構築し、人類集団の地理的移動や人種の進化との関連を議論した。

In the sixth year of Pingcheng, the results of this study and the analysis of the system of pathogenic diseases showed that the testing center was able to carry out the test by using the computer machine. Special attention has been paid to the study of molecular epidemiology of hepatitis C, hepatitis C. Hepatitis C virus infection, second Department of Internal Medicine, Nagoya City University, Nagoya City University, In the field of non-flip-flop, the number of units in each plant is estimated, and the molecular system is based on the number of units in each plant. The results show that you are not aware of the results. Today, we know that you are in the category of new information. Today, we know that it is necessary to verify that the molecular system of the molecular system is clearly defined, that the molecular system of the molecular system is clearly defined, that the molecular system of the molecular system is clearly defined, that the molecular system of the molecular system is clearly defined, that the molecular system of the molecular system is clearly defined, and that the molecular system of the molecular system is clearly defined. The speed of homogenization of hepatitis C virus is lower than that of hepatitis C virus. Please tell me that there is something wrong with the speed, the speed. The molecular system of isolated strains around the world, the migration of human geography, the evolution of human race, and the discussion of human evolution.

项目成果

Gojobori,T: "Evowtion of pathogenic viruses with special refecenca to the vates of synorymsus and nonsynorymous substitutions" Jap.J.Genet. (印刷中).

Gojobori, T：“具有同义和非同义替换的特殊参考的病原病毒的进化”Jap.J.Genet（出版中）。

Honda.T: "Fathel‐to‐mothel‐to‐infant transmission of HIV-1" J,Virology. (印刷中).

Honda.T：“HIV-1 的母婴传播”J，病毒学（正在出版）。

Mizokami,M.: "Molecular Evolutionary Virology:Its Application to Hepatitis C Virus." Gastroenterology. 107. 1181-1182 (1994)

Mizokami,M.：“分子进化病毒学：其在丙型肝炎病毒中的应用。”

Ina,Y: "Statiotical analysis of rucleotide Seguences of hemaggiutinin gene of human influenza A viruses." Proc Natl.Acad.Sci.U.S.A.(印刷中).

Ina，Y：“人类甲型流感病毒血凝素基因核苷酸序列的统计分析”，Proc Natl.Acad.Sci.U.S.A.（正在出版）。

Gojobori,T: "Human Polution Genetics(Ed,P.Maiumder)" Plenun Publishing Corp, 8 (1993)

Gojobori,T：“人类污染遗传学（Ed，P.Maiumder）”Plenun Publishing Corp，8（1993）