正の自然淘汰の働く遺伝子内領域の推定に基づく遺伝子機能とその変化の予測

基于正自然选择作用的基因内区域的预测基因功能及其变化

• 批准号: 09874159
• 负责人: 五條堀 孝
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-09874159/
• 关键词: 正の自然淘汰; 遺伝子機能; DNA配列; 遺伝子内領域

本研究は、現在世界中で進行している各種生物のゲノムプロジェクトを受けて、そこから産生される膨大なゲノムの塩基配列データを用いて、相同遺伝子グループを同定するとともに、それぞれのグループごとでマルチプルアラインメントを作成し、遺伝子機能の推定を行うことにある。特に、正の自然淘汰が働いている遺伝子内領域の推定を行い、それらと機能的ドメインとの対応関係を調べることによって、遺伝子のドメイン進化の予測を行う方法を探索しようというものであった。本年度は、相同遺伝子グループのマルチプルアライメント作成のアルゴリズムを洗練させることに成功した。ただ機能的ドメインの同定に少し手こづっており、これはもう少し時間を要する。しかし、遺伝子内において正の自然淘汰の働く領域の推定には、ウィンドウ解析を同義置換と非同義置換に行いうるというアイデアで、うまくいくことが実証され、そのプログラムも完成した。これらは遺伝子機能やその変化の予測に多いに役立つものと期待される。

This study is aimed at estimating the function of different kinds of organisms in the world. Special, positive and natural selection of the genetic information in the field of estimation, including the function of the genetic information in the relationship between the genetic information and the prediction of the genetic information. This year, the same group of children to create a group of children to clean up their own success. The time required for the function is limited. The natural elimination of the natural elimination of the domain is estimated in the sequence, and its resolution is synonymous with substitution and non-synonymous substitution. The function of this sub-function is to change the prediction of the multi-medium service and to wait for it.

项目成果

Tateno Y.: "Evolutionary motif and its biological and structural significance." J.Mol.Evol.44・1. 38-43 (1997)

Tateno Y.：“进化基序及其生物学和结构意义。”J.Mol.Evol.44·1（1997）。

Sato, S.: "Ascidian tyrosinase gene:its unique structure and expression in the developing brain" Developmental Dynamics. 208. 363-374 (1997)

Sato, S.：“海鞘酪氨酸酶基因：其独特的结构和在发育中大脑中的表达”发育动力学。

Suzuki Y.: "The origin and evolution of ebola and marburg viruses." Mol.Biol.Evol.14・8. 800-806 (1997)

铃木 Y.：“埃博拉病毒和马尔堡病毒的起源和进化。”Mol.Biol.Evol.14・8（1997）。

Okamoto Y.: "Father-to-mother-to-infant transmission of HIV-1 : clonally transmitted isolate of infant mutates more rapidly than that of the mother and rapidly loses reactivity with neutralizing antibody." Microbiol Immunol. 42・2. 131-138

Okamoto Y.：“HIV-1 的父亲到母亲到婴儿的传播：婴儿的克隆传播分离株比母亲的变异更快，并且迅速失去与微生物免疫 131 的反应性。” -138

Watanabe H.: "Bacterial features in the genome of Methanococcus Jannaschii in terms of gene composition and biased base composition in ORFs and their surrounding regions" Gene. 205. 7-18 (1997)

Watanabe H.：“Jannaschii 甲烷球菌基因组中的细菌特征，包括 ORF 及其周围区域的基因组成和偏向碱基组成”Gene。