分子進化学における総合的遺伝情報解析ソフトウェアの開発研究

分子进化综合遗传信息分析软件的研发

• 批准号: 05554027
• 负责人: 五條堀 孝
• 金额: $ 12.8万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Developmental Scientific Research (B)
• 财政年份: 1993
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1993 至 1994
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-05554027/
• 关键词: 分子進化; 遺伝情報; 解析ソフトウェア; DNAデータベース; 塩基配列; 生物分類データベース; 分子系統樹; 枯草菌デノムデータベース; 分子進化学; 遺伝情報解析; ソフトウェア; 塩基配列データ; DDBJ; 画面インターフェイス; 病原性ウイルスの進化; 大量情報

本研究の目的は、分子進化学を研究する上で、必要とされる基本的な遺伝情報ソフトウェアを開発し、それを整理して総合化することにある。平成5年度は、分子進化学に関連する遺伝情報解析ソフトウェアやそれに必要なデータベースの整備を行うためのシステム設計やアルゴリズムやインタフェースの準備を行った。本年度は、分散コンピュータ環境における生物分類データベースの統一化システムの開発研究、「DNAデータベース管理システムの開発研究」、「Minimum Description Length原理に基づく分子系統樹構築アルゴリズムの開発研究」、「枯草菌ゲノムデータベースの設計とその解析ソフトウェアの開発」等を具体的に行い、試作に成功した。これらの研究結果は、研究発表の項にリストされているように、国際雑誌や図書の英語による8編の原著論文として、既に出版されている。また一部は現在印刷中である。分子進化学に関連した遺伝情報解析ソフトウェアの開発は、大量の塩基配列データが格納されている「DNAデータベース」をどうシステムとして取り込んだり管理したりするかが、成功の鍵となっていた。このため、「DNAデータベース管理システム」と「分子進化学に関連した遺伝情報解析ソフトウェア」を開発上どのように連携させるかに苦労させられたが、各種のフォーマット変換プログラムの作成等によって、その問題を解決し、試作の成功に導いた。ここで開発された「分子進化学における各種の遺伝情報解析ソフトウェア」は、分子進化学を研究する上で、極めて重要な解析ツールになることは疑いない。

The purpose of this study is to develop, organize and synthesize basic genetic information necessary for molecular evolution research. In 2005, the preparation of molecular evolution related information analysis software was carried out. This year, we successfully conducted specific research and trials on the development of a unified system of taxonomic classification in a decentralized environment,"Development of a system of DNA taxonomic management,""Development of a system of molecular phylogenetic tree construction based on the principle of Minimum Description Length," and "Development of a system of bacterial taxonomic design and analysis." The results of this research are published in the International Journal of the Chinese Academy of Sciences and the English Journal of the Chinese Academy of Sciences. A part of the book is now in print. Molecular evolution is the key to success in the development of genetic information analysis systems, including DNA sequencing. The development of "DNA management system" and "molecular evolution related information analysis system" has been carried out to solve the problems of "DNA management system" and "molecular evolution related information analysis system" and to solve the problems of "DNA management system" and "molecular evolution related information analysis system". This article is entitled "Molecular Evolution: Analysis of All Kinds of Genetic Information" and "Molecular Evolution: Research on Molecular Evolution".

项目成果

Gojobori T.: "Human Population Genetics(Ed.,P.Majumder)" Plenum publishing Corp., 8 (1993)

Gojobori T.：“人类群体遗传学（Ed.，P.Majumder）” Plenum 出版公司，8 (1993)

Ina,Y.: "Statistical analysis of nucleotide sequences of the hemagglutinin gene of human influenza A viruses." Proc.Natl.Acad.Sci.,U.S.A.91. 8388-8392 (1994)

Ina,Y.：“人类甲型流感病毒血凝素基因核苷酸序列的统计分析。”

Miura,T.: "Phylogenetic subtypes of human T‐lymphotropic virus type I and their relations to the anthropological background." Proc.Natl.Acad.Sci.,U.S.A.91. 1124-1127 (1994)

Miura, T.：“I 型嗜 T 淋巴细胞病毒的系统发育亚型及其与人类学背景的关系”，《国家科学》杂志，1124-1127。

Perriere,G.: "NRSub:a non‐redundant data base for the Bacillus subtilis genome." Nucleic Acids Research. 22. 5525-5529 (1995)

Perriere, G.：“NRSub：枯草芽孢杆菌基因组的非冗余数据库。”22. 5525-5529 (1995)

Ren,F.: "Molecular Evolutionary Phylogenetic Trees Based on Minimum Description Length Principle." Proceedings of the 28th Annual Hawaii Int'l Conf.on System Sciences.5. 165-173 (1995)

Ren,F.：“基于最小描述长度原理的分子进化系统发育树”。