ガラス転移点でのトリプシンと水和水の相互作用様式に関する結晶学的構造研究
玻璃化转变温度下胰蛋白酶和水合水相互作用模式的晶体学研究
基本信息
- 批准号:08272236
- 负责人:
- 金额:$ 0.96万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- 财政年份:1996
- 资助国家:日本
- 起止时间:1996 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究では、低温蛋白質X線結晶構造解析によって、(1)水溶性蛋白質の水和構造の詳細な解析、(2)蛋白質熱振動のガラス転移と蛋白質の水和構造様態の関連の探究(3)低温蛋白質X線回折実験技術のより多くの蛋白質立体構造解析への応用を目的として行われた。(1)トリプシンの3種類の結晶について低温構造解析を行い、詳細な水和構造検討の結果、蛋白質の折れ畳みに不可欠と考えられる水和水およびその結合サイトの同定を行うことができた。また、溶媒領域に露出した疎水性アミノ酸残基の水和形態を直接論じることができた。その結果、疎水性アミノ酸残基の水和は、その周辺に存在する水和サイトに制限されて形成されるため、その溶媒和エネルギーは、それらの環境に大きく依存することが示された。蛋白質表面の水和水は、蛋白質の原子や他の水和水と水素結合して、蛋白質表面を覆う程度に大きな水和クラスターを形成することが明らかとなった。特に、これらのクラスターは、蛋白質の低振動ダイナミクスを液体窒素温度で凍結していることが強く示唆された。また、同様の解析をシタロン脱水素酵素やイソプロピルリンゴ酸脱水素酵素についても行った。(2)については、トリプシン結晶に対して、100、115、130、145、160、170、210、293Kの温度で1.6Å分解能での測定と構造精密化を行い、水和構造を比較検討した。100Kから170Kの温度範囲では、水和構造に大きな変化がなかったが、210Kでは、水和水の量が293Kで見い出されたものと大きな差異がないことが明らかとなった。この結果は、蛋白質のガラス性転移が蛋白質表面の水和ネットワークに大きく左右されていることを示す結果である。(3)本研究で熟成された低温X線結晶構造解析法は、一酸化窒素還元酵素、tRNA合成酵素、Ca-ATPase、キシラーゼの各結晶の回折強度データ収集に適用された。
This study で は, low protein X-ray crystal structure parsing に よ っ て, (1) water soluble protein の water and structural の detailed な parsing, (2) protein thermal vibration の ガ ラ ス planning move と protein の water and tectonic others state の masato even の explore (3) low protein X-ray inflexion be 験 technology の よ り more く の protein three-dimensional structure parsing へ の 応 purpose を と し わ て line Youdaoplaceholder0. (1) ト リ プ シ ン の 3 kinds の crystallization に つ い て low temperature structure line を い beg の results, detailed な water and structural 検 の, protein folding れ 畳 み に not owe と exam え ら れ る water and water お よ び そ の combining サ イ ト の with fixed line を う こ と が で き た. ま た, solvent に reveal し た 疎 water-based ア ミ ノ acid residues の を directly concerning water and form じ る こ と が で き た. そ の results, water-based 疎 ア ミ ノ acid residues の は, and water そ の weeks 辺 に exist す る water and サ イ ト limitations に さ れ て form さ れ る た め, そ の solvent and エ ネ ル ギ ー は, そ れ ら の environment に big き く dependent す る こ と が shown さ れ た. は の protein surface water and water, protein の atomic や he の water and water と element combination し て, protein surface を う degree に big き な water and ク ラ ス タ ー を form す る こ と が Ming ら か と な っ た. に, こ れ ら の ク ラ ス タ ー は, low protein の vibration ダ イ ナ ミ ク ス を liquid smothering, freezing temperature で し て い る こ と が く and shown strong sucking さ れ た. ま た, with others in analytical を の シ タ ロ ン dehydrated vegetable enzyme や イ ソ プ ロ ピ ル リ ン ゴ acid dehydration vegetable enzyme に つ い て も line っ た. (2) に つ い て は, ト リ プ シ ン crystallization に し seaborne て, 100, 115, 130, 145, 160, 170, 210, 293 k の temperature で 1.6 A decomposition can で の determination と structure line motors を い, water, and を compare beg し 検 た. 100 k か ら の temperature 170 k fan 囲 で は, large water and tectonic に き な variations change が な か っ た が, 210 k で は, water amount and water の が 293 k で see い out さ れ た も の と big き な differences が な い こ と が Ming ら か と な っ た. こ の results は, protein の ガ ラ ス planning move の が protein surface water and ネ ッ ト ワ ー ク に big き く around さ れ て い る こ と を で す results indicated あ る. (3) In this study, the low-temperature X-ray crystallization structure analysis method of で aging された, one-acid nitrin-reducing enzyme, tRNA synthesis enzyme, Ca-ATPase, キシラ <s:1> ゼ <s:1>, the fold strength of each crystal <e:1>, デ に タ タ タ に に and applicable された were collected.
项目成果
期刊论文数量(8)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
中迫雅由: "蛋白質結晶の液体窒素温度への冷却方法" 生物物理. 36. 110-111 (1996)
Masayoshi Nakasako:“将蛋白质晶体冷却至液氮温度的方法”生物物理学 36. 110-111 (1996)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
中迫雅由: "低温下での蛋白質X線結晶構造解析(2)" The Journal of TARA sakabe Project. 2. 114-121 (1996)
Masayoshi Nakasako:“低温下的蛋白质 X 射线晶体结构分析(2)” TARA sakabe 项目杂志 2. 114-121(1996)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Nagata et al.: "CryocrysTallography of 3-IsopropyLmatate dehydrogenase from Thermus Thermophiws and is chimeric enzyme" Acta Crystallographica Section D. D52. 623-630 (1996)
Nagata 等人:“来自Thermus Thermophiws 的3-异丙酸脱氢酶的CryocrysTallography 是嵌合酶”《晶体学报》D. D52 部分。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
中迫雅由: "蛋白質のX線結晶構造解析" 食品機械装置. 33. 86-96 (1996)
Masayoshi Nakasako:“蛋白质的X射线晶体结构分析”食品机械和设备33。86-96(1996)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
中迫雅由: "低温下での蛋白質X線結晶構造解析(3)" The Journal of TARA sakabe Project. 2. 87-97 (1996)
Masayoshi Nakasako:“低温下的蛋白质 X 射线晶体结构分析(3)” TARA sakabe 项目杂志 2. 87-97(1996)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
中迫 雅由其他文献
LaFePOのFeサイトへの不純物置換効果
杂质取代对LaFePO Fe位点的影响
- DOI:
- 发表时间:
2009 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Ajioka T.;Yamamoto M.;Okino T.;Takemura K.;Hayashida A;中迫 雅由;鈴木真之佑 - 通讯作者:
鈴木真之佑
X線溶液散乱で何が分かるのか?なぜ放射光なのか?
我们可以从 X 射线溶液散射中了解到什么? 为什么选择同步加速器辐射?
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Shatsky;et. al.;中迫 雅由 - 通讯作者:
中迫 雅由
ソフトウェア「閻魔」を用いたXFEL-CXDI実験データの分類
使用“Enma”软件对XFEL-CXDI实验数据进行分类
- DOI:
- 发表时间:
2017 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
吉留 崇;関口 優希,山本 隆寛;苙口 友隆;中迫 雅由;池口 満徳 - 通讯作者:
池口 満徳
テレスコープアレイ計画67 : 地表検出器エレクトロニクスの開発
望远镜阵列项目67:表面探测器电子器件的开发
- DOI:
- 发表时间:
2004 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Y. Tameda;S. Ogio(7/12);et al;中迫 雅由;大岡秀之 - 通讯作者:
大岡秀之
シロイヌナズナ・フォトドロビシ1および2LOV1ドメイン。結晶構造解析
拟南芥 photodorovici 1 和 2LOV1 结构域。
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
中迫 雅由; 松岡 大介; 直原 一徳; 桂 ひとみ; 徳富 哲 - 通讯作者:
徳富 哲
中迫 雅由的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('中迫 雅由', 18)}}的其他基金
クライオ電顕画像から蛋白質の動的構造を描写するための新規計算科学手法の確立と応用
建立并应用一种新的计算科学方法来描述冷冻电镜图像中蛋白质的动态结构
- 批准号:
21H01050 - 财政年份:2021
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
蛋白質の運動と連動する水和水のコヒーレントな集団運動の探索
探索与蛋白质运动相关的水合水的连贯集体运动
- 批准号:
20050030 - 财政年份:2008
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
高干渉性X線を用いた蛋白質分子内部運動の時間相関測定
使用高度相干 X 射线对蛋白质分子内部运动进行时间相关测量
- 批准号:
17654084 - 财政年份:2005
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Exploratory Research
蛋白質分子認識過程における水和構造のダイナミクス
蛋白质识别过程中水合结构的动力学
- 批准号:
15076210 - 财政年份:2003
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
温度範囲100K〜270Kでのヒトリゾチームの結晶構造解析と水和構造解析
人溶菌酶在100K至270K温度范围内的晶体结构分析和水合结构分析
- 批准号:
10157202 - 财政年份:1998
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
蛋白質におけるガラス転移と水和クラスター構造の相関
蛋白质玻璃化转变与水合簇结构之间的相关性
- 批准号:
09261243 - 财政年份:1997
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
低温下における蛋白質X線結晶構造解析による蛋白質熱振動の研究
利用蛋白质低温X射线晶体结构分析研究蛋白质热振动
- 批准号:
07280230 - 财政年份:1995
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
植物の光受容蛋白質フィトクロム及びその発色団ドメインの結晶化と構造解析
植物光感受器蛋白光敏色素及其发色团结构域的结晶和结构分析
- 批准号:
06780527 - 财政年份:1994
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
抗ダンシルリジン免疫グロブリンの抗原認識FvフラグメントのX線結晶構造解析
抗丹酰赖氨酸免疫球蛋白抗原识别Fv片段的X射线晶体结构分析
- 批准号:
04771896 - 财政年份:1992
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
相似海外基金
極限相分離構造形成とそれに伴う昇温過程におけるゴム-ガラス転移現象の学理解明
对极端相分离结构形成过程中的橡胶-玻璃化转变现象以及相关温升过程的科学理解
- 批准号:
23K21134 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
3パルス型フェムト秒時間分解分光による電荷ガラス転移における動的不均一性の探索
使用三脉冲飞秒时间分辨光谱探索电荷玻璃化转变的动态不均匀性
- 批准号:
23K22433 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
ガラス転移現象による無機有機多孔質材料の新規光触媒機能の創出
通过玻璃化转变现象创造无机-有机多孔材料新的光催化功能
- 批准号:
23K19181 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
3パルス型フェムト秒時間分解分光による電荷ガラス転移における動的不均一性の探索
使用三脉冲飞秒时间分辨光谱探索电荷玻璃化转变的动态不均匀性
- 批准号:
22H01162 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
乱れを制御可能な系におけるガラス転移・ジャミングの研究
研究湍流可控系统中的玻璃化转变和干扰
- 批准号:
15F15325 - 财政年份:2015
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
単成分系のガラス転移ダイナミクスおよびポリアモルフィズム
单组分体系中的玻璃化转变动力学和多晶型现象
- 批准号:
10J00035 - 财政年份:2010
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
水の異常性・液体-液体転移・ガラス転移現象の統一的解明
统一阐明水异常、液-液转变、玻璃化转变现象
- 批准号:
21244067 - 财政年份:2009
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
多分散コロイド系のガラス転移現象における流体力学的相互作用の役割
流体动力学相互作用在多分散胶体系统玻璃化转变现象中的作用
- 批准号:
08J10370 - 财政年份:2008
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
シミュレーションを用いたガラス転移ダイナミクスの研究
使用模拟研究玻璃化转变动力学
- 批准号:
08J11137 - 财政年份:2008
- 资助金额:
$ 0.96万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows