蛋白質の運動と連動する水和水のコヒーレントな集団運動の探索
探索与蛋白质运动相关的水合水的连贯集体运动
基本信息
- 批准号:20050030
- 负责人:
- 金额:$ 2.37万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- 财政年份:2008
- 资助国家:日本
- 起止时间:2008 至 2009
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
蛋白質運動に不可欠な水分子集団移動の有無やその容態を分子動力学計算トラジェクトリから検討する計算コードを開発した。グルタミン酸脱水素酵素の1ナノ秒トラジェクトリにおいて見出された複数のドメイン開閉運動時間領域に対して適用した結果、ドメイン運動に連動しながら、活性クレフト内に存在する水分子のコヒーレントな集団運動が発生することが明らかになった。今後、このような現象を実験的に明らかにする方法を検討中である。蛋白質立体構造データバンクの中ではあまり利用されていなかった蛋白質周辺での水和水分布について、その構造情報を抽出し、蛋白質表面の11種類の親水性アミノ酸残基に含まれる酸素、窒素原子周辺での経験的水和水確率分布関数を得た。また、その分布関数を用いて、蛋白質の水和構造予測を可能とする計算コードを開発し、その適用可能性を複数の蛋白質について調べた。経験的水和水確率分布関数は、結晶構造解析における構造精密化の際にも参照データを与えるので、構造精密化した蛋白質の水和構造モデルの検定方法も考案した。ドメイン運動に伴う水和構造変化、蛋白質会合での水和の役割などを詳細に解析するために、X線構造解析を試み、機能発現時に予想される構造・水和構造変化の可視化を目指している。昨年度作出したグルタミン酸脱水素酵素の補酵素結合型結晶、チバクロン青色素分子結合のX線回折強度データ収集を実施した。補酵素結合型結晶は分解能の向上が必要であり、また色素結合型では、色素の占有率がモデル構築を可能とするレベルではなかった。蛋白質ジスルフィド結合異性化酵素の酸化還元に伴う構造及び溶媒和の変化をX線小角散乱と核磁気共鳴を組み合わせた実験で明らかにした。
Molecular dynamics calculations for the presence or absence of water molecule clusters in protein motion have been developed. The activity of the enzyme is related to the activity of the enzyme, and the activity of the enzyme is related to the activity of the enzyme. In the future, this phenomenon will be discussed in detail. The spatial structure of protein was determined by extracting structural information of water and water distribution in protein periphery, and determining the correlation between water and water distribution in protein surface and 11 kinds of hydrophilic acid residues containing acid and amino acid in protein atom periphery. For example, the distribution of protein is related to the use of protein and structural prediction, and the calculation of protein and structural prediction is possible. The water and water accuracy distribution of the crystal structure is related to the determination of the water and structure of the protein in the process of structure refinement. Detailed analysis, X-ray structural analysis, functional prediction, visualization of structure, water and structural transformation associated with motion, protein convergence, water and structural transformation. Last year, we made a complete set of X-ray reflection intensity measurements for the binding of green pigment molecules to the complementary enzyme-bound crystals of acid dehydrin enzyme. The enzyme binding type crystal has the ability to decompose upward, and the pigment binding type has the ability to occupy the pigment. Protein binding to heteroenzymes, acidification, structure and solvent, X-ray scattering, and nuclear magnetic resonance
项目成果
期刊论文数量(40)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Crystallization and preliminary X-ray diffraction experiments of arylma lonate decarboxvlase from Alcalieenes bronchisenticus
支气管产碱杆菌芳基丙二酸脱羧酶的结晶及初步X射线衍射实验
- DOI:
- 发表时间:2008
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:M. Nakasako;et.al.
- 通讯作者:et.al.
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- DOI:
- 发表时间:2009
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:M.Nakasako;M.Ikeguchi
- 通讯作者:M.Ikeguchi
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- 资助金额:
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