温度範囲100K〜270Kでのヒトリゾチームの結晶構造解析と水和構造解析

人溶菌酶在100K至270K温度范围内的晶体结构分析和水合结构分析

• 批准号: 10157202
• 负责人: 中迫 雅由
• 金额: $ 0.9万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1998 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10157202/
• 关键词: 低温結晶解析; 蛋白質水和; ガラス転移

蛋白質の動的構造研究の一つのターゲットとして、蛋白質のガラス転移現象と蛋白質の活性発現機構の相関の解明を目指し、液体エタンによる冷却装置を新規に製作するとともに、ヒトリゾチーム結晶について低温結晶構造解析を行った。1個のヒトリゾチーム斜方晶系結晶について、113、127、147、135、152、161,170、178、190Kの順に温度を変化させ、各温度点において回折強度データ収集を行った。113〜178Kの温度範囲では1.4Å分解能190Kは氷生成温度に近いため、結晶のモザイク幅が大きくなり、データ収集は1.8Å分解能にとどまった。このエタン冷却した結晶では、低温窒素ガス冷却した結晶とは異なり、113Kで温度因子が5Å^2にまで低下する残基が観測された。また、温度上昇に応じて結晶の格子定数や蛋白質分子の温度因子に変化が観測された。特徴的なことは、147Kまで温度上昇後、温度降下させた場合、格子定数と温度因子が共にヒステリシスを示したことである。この原因としては、蛋白質分子内に微小な構造変化が147K付近で誘起され、結晶中での相互作用により元の立体構造への復帰が不可能となったためと考えられた。リゾチームの温度因子は、分子全体にわたってこの温度までは比較的単調にした。152Kと161K間では、特定のループやのヘリックスにおいて領域特異的な温度因子の上昇が観察された。さらに170Kを越えると、再び分子全体にわたる温度因子増加が190Kまで持続した。この温度領域での温度因子の増加率は、113〜147K範囲のものとは異なった。また、蛋白質の基準振動の温度依存性から予想される値よりも大きく、蛋白質の剛体的あるいは拡散的運動がその増加率を支配していると考えられた。この他、一酸化窒素結合型光応答性ニトリルヒドラターゼ、シタロン脱水酵素-強結合阻害剤カルプロパミド複合体、ハニカム様結晶格子中の明順応型バクテリオロドプシン、抗原非結合状態の抗ダンシル抗体Fvフラグメント、プラストサイジンSデアミナーゼの結晶構造解析を行った。光応答性ニトリルヒドラターゼでは、活性中心の鉄が特殊な配位構造によって安定化され、さらに、活性中心は20個もの水分子によって安定化されていることが明らかとなった。抗原非結合状態の抗ダンシル抗体Fvフラグメントの構造解析からは、そのCDRH3が溶液中でマルチコンフォーメーショシをとることを構造解析から明らかにし、その多型構造には、水和水分子の水素結合ネットワークが深く関与することを見いだした。シタロン脱水酵素-阻害剤複合体の構造解析では、強結合阻害剤が2個の水分子を介して蛋白質に強く結合していることを明らかにし、同酵素の基質結合における特徴的なダイナミクスを予想した。また、これら蛋白質の内、低温結晶構造解析を行ったものにかんしては、その水和構造に関する詳細な解析を実施した。

A study on the structure of protein dynamics, the mechanism of protein activity evolution and the related elucidation of protein migration phenomena, the new regulation of liquid cooling equipment, the preparation of low temperature crystal structure analysis The normal temperature of orthorhombic crystals in one case varies from 113, 127, 147, 135, 152, 161, 170, 178, 190K to 190K, and the reflection intensity at each temperature point varies. The temperature range of 113 ~ 178K is 1.4 ° C. The decomposition energy of 190K is 1.8 ° C. The temperature factor of 113K is 5 ° C and the residue is measured. The temperature of the protein molecule changes due to the increase of the crystal lattice number and the temperature factor. Characteristics of the temperature rise after 147K, temperature drop after the case, lattice fixed number and temperature factor together with the temperature rise after the case The reason for this is that the structure of the protein molecule is close to 147K, and the interaction between the elements is impossible. The temperature factor of the molecule is the temperature factor of the molecule. Between 152K and 161K, the rise of domain-specific temperature factors was observed. The temperature factor increases to 190K. The increase rate of temperature factor in this temperature field is different from that in the range of 113 ~ 147K. The temperature dependence of the reference vibration of the protein is expected to increase. The rate of increase of the motion of the rigid body of the protein is controlled. In addition, the crystal structure analysis of an acid-binding photoresponsive nitryl rhododendron, sitryl dehydratase-strong binding inhibitor kalprom complex, the light-smooth type of cantelryl rhododendron in the crystal lattice of the Hunkan-like crystal lattice, the anti-nitryl antibody Fv F R M E N T, and the Pro S S T I S D A M E N A were performed. The active center is stabilized by a special coordination structure of iron, and the active center is stabilized by 20 water molecules. The structure analysis of anti-protein antibody Fv in the unbound state of antigen is different from that of CDRH3 in solution. The structure analysis of the enzyme inhibitor complex is based on the strong binding inhibitor composed of two water molecules. In addition, the internal and low-temperature crystal structure analysis of these proteins is carried out, as well as detailed analysis related to water and structure.

项目成果

中迫雅由: "低温蛋白質結晶構造解析" 日本結晶学会誌. 41. 印刷中 (1999)

Masayoshi Nakasako：“低温蛋白质晶体结构分析”，日本晶体学会杂志 41。出版中（1999 年）。

中迫雅由: "蛋白質の水和構造" 日本結晶学会誌. 40. 107-113 (1998)

Masayoshi Nakasako：“蛋白质的水合结构”日本晶体学会杂志 40. 107-113 (1998)。

S.Nagashima,M.Nakasako et al.: "Novel non-heme iron center of mitrle hydratase with a claw setting of oxygen atoms" Nature Structural Biology. 5. 347-351 (1998)

S.Nagashima，M.Nakasako 等人：“具有氧原子爪设置的新型非血红素铁中心的二尖瓣水合酶”《自然结构生物学》。

M.Nakasako et al.: "Cryogenic X-ray crystal structcre analysis for the complex of scytalone dehydratase of a rice blast fungus and its tight binding inhibitor,carpropamid" Biochemistry. 37. 9931-9939 (1998)

M.Nakasako 等人：“稻瘟病菌 scytalone 脱水酶及其紧密结合抑制剂卡草酰胺复合物的低温 X 射线晶体结构分析”生物化学。