拡張アンサンブル法による蛋白質の立体構造予測

使用扩展集成方法预测蛋白质结构

• 批准号: 09261241
• 负责人: 岡本 祐幸
• 金额: $ 1.09万
• 依托单位: Okazaki National Research Institutes
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 1998
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09261241/
• 关键词: タンパク質の立体構造; 最適化; モンテカルロ法; 分子動力学法; 徐冷法; マルチカノニカル法; 拡張アンサンブル法

我々はこれまで、タンパク質の立体構造予測問題に、物理学の分野で開発された、除冷モンテカルロ法やマルチカノニカル法適用することを提唱してきた。特に、マルチカノニカル法及びその類似法は拡張アンサンブル法と総称される。本年度は厳密な溶媒の寄与として、RISM理論に基づく溶媒和エネルギーを使って、Met-enkephalinにおいて、徐冷モンテカルロシミュレーションを行なった。そして、最小エネルギー構造が、NMR実験の結果と同様に、伸びた構造であることを示した。C-peptideにおいて、マルチカノニカルシミュレーションを行い、得られた最小エネルギー構造が、X線実験の結果と全く同じ場所にα-ヘリックスを持つと共に、2番目の残基と12番目の残基が塩橋を作ることを確認した。この一致は驚くべきものである。更には、Met-enkephalinにおいて、拡張アンサンブルシミュレーションを行い、蛋白質の折り畳みに関する二つの特徴的な温度が存在することを示し、その値を求めた。これは、構造予測ばかりでなく、蛋白質の折り畳み機構の解明への一歩を示すものである。

The problem of qualitative three-dimensional structure prediction, physics, and the application of the method of separation are discussed. Special, This year, we will continue to implement the RISM theory on the basis of solvent and organic chemistry, Met-enkephalin, and other organic chemistry. The results of NMR analysis are similar to those of NMR analysis. C-peptide is the most common form of protein, and the most common form of protein is the most common form of protein.この一致は惊くべきものである。In addition, Met-enkephalin, Met-enkephalin, Met- The structure of the protein is predicted, and the structure of the protein is predicted.

项目成果

Kinoshita, Okamoto, & Hirata: "Solvation structure and stability of peprides in agneous solutions analysed by the referonce inderastion site model theory" J.Chemical Physics. 107. 1586-1599 (1997)

木下、冈本、

Hansmann, Masuya, & Okamoto: "Chavacronisric temporafures of folding of a small peptide" Proc.National Academy of Sciences USA. 94. 10652-10656 (1997)

汉斯曼、马苏亚、

Hansmann & Okamoto: "Tertiary structure prediction of C-peptide of ribonuclease A by multicanonical algorithem" J.Physical Chemistry B. 102. 653-656 (1998)

汉斯曼

Kinoshita, Okamoto, & Hirata: "Calculation of hydration froe energy for a solute with many atomic sites using the RISM theory" J.Computational Chemistry. 18. 1320-1326 (1997)

木下、冈本、

Kirashida, Okamoto, & Hirata: "First-principle determination of peptide conformations in solvends : combination of Monte Carlo simulated annealing and RISM theory" J.American Chemical Society. (印刷中). (1998)

Kirashida、Okamoto 和 Hirata：“溶剂中肽构象的第一原理测定：蒙特卡罗模拟退火和 RISM 理论的结合”J.American Chemical Society（出版中）。