权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

蛋白質系分子シミュレーションのための新規エネルギー関数の開発

开发基于蛋白质的分子模拟的新能量函数

基本信息

批准号：
20038025
负责人：
岡本祐幸
金额：
$ 1.15万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

タンパク質系の分子シミュレーションにおけるエネルギー関数(力場)としては、現在、米国のハーバード大学を中心に開発されたCHARMM、カリフォルニア大学サンフランシスコ校を中心に開発されたAMBER、エール大学を中心に開発されたOPLS、オランダのグロニンゲン大学を中心に開発されたGROMOSなどが広く使われている。以前、我々は、拡張アンサンブルシミュレーションによって、これらのエネルギー関数の比較に成功した。我々の結論は既存のエネルギー関数で完璧なものはなく、改良が必要であるということである。本研究の目的は、より精度の高いエネルギー関数を開発することである。以前提唱した、2次元フーリエ級数を使った新しい主鎖のねじれエネルギー項の有効性を6つの既存のエネルギー関数(AMBER parm94, AMBER parm96, AMBER parm99, CHARMM27, OPLS-AA, OPLS-AA/L)において調べた。今回は29項でフーリエ級数を打ち切ったものを利用した。ラマチャンドラン空間において、αヘリックスとβシートを強調する領域でねじれエネルギーを減少させたエネルギー項を用いた小ペプチド(リボヌクレアーゼAのCペプチドとプロテインGのGペプチド)の折りたたみシミュレーションを実行し、αヘリックス構造とβシート構造がそれそれ得られることを示した。これによって、2次構造(αヘリックスやβシートなど)の形成傾向性を自由に調整できるようになった。また、我々は、PDB(Protein Data Bank)に登録されている実験で決定された、タンパク質の立体構造100個を使い、新しいエネルギーパラメターの最適化の方法を開発した。この新手法は主鎖の二面角の実験データからのずれを最小にする方法である。この方法をAMBER parm96に適用し、オリジナルの関数が改善されることを確かめた。

タンパク mass is の molecular シミュレーションにおけるエネルギー masato number (field) としては, now, m のハーバーにをド university center open 発された CHARMM, カリフォルニア university サンフランシスコを centre に open 発された AMBER, エーにをル university center open 発された OPLS, オランダのグロニンゲにをン university center open 発された GROMOS などが hiroo く make われている. Before, I 々は, company アンサンブルシミュレーションによって, これらのエネルギー masato number の is に success した. I 々の conclusion は existing のエネルギー masato number で safely なものはなく, improved が necessary であるということである. The purpose of this study is to ensure high precision of <s:1> and よ, and to develop <s:1> エネギギギ related numbers を and するとであるとであるとである. In premise sing した, 2 dimensional フーリエ series を make った new しい master lock のねじれエネルギのー items have sharper sex を 6 つの existing のエネルギー masato number (AMBER parm94, AMBER parm96, AMBER parm99, CHARMM27, OPLS - AA, OPLS-AA/L)におてて in べた. This time, the <s:1> 29 terms でフでフリエリエ series を are used to ち cut った <s:1> ををををを by using たた. ラマチャンドラン space において, alpha ヘリックスと beta シートを emphasize する field でねじれエネルギーを reduce させたエネルギをー item with いた small ペプチド (リボヌクレアーゼ A の C ペプチドとプロテイのン G G ペプチド) の fold りたたみシミュレーションを be し, alpha ヘリックス structure Youdaoplaceholder0 βシトトト constructs がそれそれられるとをとをとをとを shows た. これによって, two structure (alpha ヘリックスや beta シートなど) の formed tendentiousness を free に adjust できるようになった. また, I 々は, PDB (Protein Data Bank) に login されている be 験で decided された, タンパク qualitative の 100 を make い three-dimensional structure, the new しいエネルギーパラメターの optimization の way を open 発した. <s:1> <s:1> New technique master lock <s:1> dihedral Angle <e:1> experiment デタタらずれを minimum にする method である. この way を AMBER parm96 にし, オリジナルの masato number が improve されることをか indeed めた.