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拡張アンサンブル法による蛋白質折り畳み機構の研究

利用扩展集成方法研究蛋白质折叠机制

基本信息

批准号：
15076213
负责人：
岡本祐幸
金额：
$ 19.2万
依托单位：
Nagoya University (2005-2007)Institute for Molecular Science (2004)Okazaki National Research Institutes (2003)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

本年度の主な研究成果は以下のとおりである。1.拡張アンサンブル法の一つであるマルチカノニカル法とマルチオーバーラップ法の利点を合体させた、マルチカノニカル・マルチオーバーラップ法を開発した。2.今回開発したマルチカノニカル・マルチオーバーラップ法をアルツハイマー病の原因ペプチドである、アミロイドβペプチドの29番目から42番目のアミノ酸残基に対応するペプチドフラグメント2個の系に適用して、アミロイド形成の初期過程を考察した。2つのペプチドフラグメントが空間的に離れているときは、αヘリックスやβヘアピン構造をしているが、それらが近づいてくると、2次構造がこわされて、βストランド状にまっすぐに伸びた構造が結合して、2本のβストランドが水素結合でβシート構造を作ることが示唆された。アミロイド線維はこのβシート構造が更に結合して形成されると推測された。3.数年前にわれわれが開発した拡張アンサンブル法である、マルチバーリック・マルチサーマル法は、エネルギーと体積の2次元空間でランダムウォークする手法であり、特に、タンパク質の高圧変性を研究するのに適した手法である。我々は、昨年に続き、水中のアラニンジペプチドの系にこの手法を適用して、この系の高圧実験の結果と比較した。今年は、この計算にAMBER99とAMBER96の2つのポテンシャルエネルギーを使った。我々の以前の研究のより、前者はαヘリックスを後者はβシートを作り過ぎる傾向があることが分かっている。ラーマン散乱の実験によって、得られた部分モルエンタルピーや部分モル体積は、ちょうど、これらの2つのエネルギー関数で得られた計算結果の中間にあることが判明した。理想的なエネルギー関数はこれら2つのエネルギー関数の中間的なものに対応することが示唆された

The main research results of this year are as follows. 1.拡张アンサンブル法の一つであるマルチカノニカル法とマルチオーバーラップThe advantage of the method is the integration of the body, the method of the combination of the method and the opening of the method. 2. This time we will open the new method The cause of the アルツハイマーdisease 29th chapter から42nd chapter のアミノ acid residue に対応するペプチドフラグメント 2 systems are applicable to して, and the initial process of the formation of アミロイド is investigated. 2つのペプチドフラグメントが的にれているときは、αヘリックスやβヘアピンstructure をしているが, それらが near づいてくると, 2nd structureがこわされて、βストランドshaped にまっすぐに出びたstructure がcombinationして、2 This is a β-gluten hydrocarbon-containing structure that is designed to be used as a base.アミロイド线dimensional はこのβシートconstruct がchangeにcombineしてform されると speculate された. 3. A few years ago, the にわれわれが开発した拡张アンサンブル法である、マルチバーリック・マルチサーマル法は、エネルギーとVolume の 2-dimensional space でランダムウォークする technique であり、特に, タンパク性のHigh-pressure property を Research するのにAdaptation した Technique である. My 々は, last year's に続き, the water's のアラニンジペプチドの system にこのtechnique をapplicable して, この system's high pressure 娓の results と comparison した. This year's calculations include AMBER99 and AMBER96. I have done research on the past, and I have done research on the former and the latter on the latter.ラーマン无码の実験によって、getられたpartモルエンタルピーやpartモル Volumeは、ちょうど、これらの2つのエネルギー Off number でget られたThe middle of the calculation result is the にあることがdetermination した. The ideal なエネルギー课応することが出された