XMLを用いたゲノムデータ統合システム

使用 XML 的基因组数据集成系统

• 批准号: 14015221
• 负责人: 吉川 正俊
• 金额: $ 3.78万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14015221/
• 关键词: 情報システム; ディレクトリ情報検索; 遺伝子; ゲノム; 情報工学

本研究では,多様なゲノムXMLデータを統合的に管理し,それらデータの横断的な検索やナビゲーション機能を提供する汎用的なXMLデータの構築方法,XMLデータベースの利用者インタフェースの開発,および更新が多い多様なDTDやXMLスキーマに基づくXMLデータを効率良く管理可能なデータ構造の開発を行った.実際に提供されているXMLデータは,横断検索に適した論理構造を有するとは限らない.そこで,種々の論理構造を有するXMLデータからキーワード集合などの簡易問合せにより,最適な部分XMLデータを検索するための手法を研究・開発し,XMLデータの簡易検索を可能とするシステムのプロトタイプを作成した.また,その評価を行うために,INEX (Initiative for the Evaluation of XML retrieval)国際イニシアティブに参画し,テストコレクションを作成した.ゲノムデータは更新の頻度が高いために,検索,更新ともに効率よく実行可能なXMLデータ索引の開発が必要である.したがって,XMLの木構造を表現する符号化方法について研究し,そのためのノード符合化法として,rUID, QRSなどを考案した.MaXML (Mouse annotation XML)などGene Ontology (GO)を参照する複数のゲノムXMLデータを,GOを中心に統合し,同じ働きを持った異なる生物種間の遺伝子の比較を行い,SVGを用いて表示するデータベースシステムGeneAroundを構築しGOデータの更新に追随させた.GeneAroundシステムは,理化学研究所のマウス遺伝子注釈付けプロジェクトFANTOMでも実際に利用された.また,海外からのWebサイトへのアクセスも増加している.

This study で は, others more な ゲ ノ ム XML デ ー タ を し に management integration, そ れ ら デ ー タ の transection of な 検 cable や ナ ビ ゲ ー シ ョ ン function を provide す る domestic な XML デ ー タ の constructing method of XML デ ー タ ベ ー ス の ik イ ン タ フ ェ ー ス の 発, お よ び update が い much more others な XML DTD や ス キ ー マ に づ Youdaoplaceholder0 XMLデ タを タを タを efficient く management may なデ タ タ タ construct <s:1> development を line った. Be interstate に provide さ れ て い る XML デ ー タ は, cross sectional 検 cable に optimum し た logical structure を have す る と は limit ら な い. そ こ で, kind of 々 の logical structure を have す る XML デ ー タ か ら キ ー ワ ー ド collection な ど の simple asked us せ に よ り, optimum な part of XML デ ー タ を 検 cable す る た め の gimmick を research, open 発 し, XML デ ー タ の Jane Easy 検 cable を may と す る シ ス テ ム の プ ロ ト タ イ プ を made し た. ま た, そ の review 価 を line う た め に, INEX (Initiative for the Evaluation of XML Retrieval) international イ ニ シ ア テ ィ ブ に painting し, テ ス ト コ レ ク シ ョ ン を made し た. ゲ ノ ム デ ー タ は update の high frequency が い た め に, 検, update と も に sharper rate よ く may be line な XML デ ー タ index の open 発 が necessary で あ る. し た が っ て, XML の wooden structure を performance す る symbolic methods に つ い て The research on そ,そ, ため, ノ, ド conforms to the chemical method と, て,rUID QRSな を を the case た MaXML (Mouse annotation XML)な <s:1> Gene Ontology (GO) を reference す る plural の ゲ ノ ム XML デ ー タ を, GO を integration center に し, with じ 働 き を hold っ た different な る の between the biological heritage 伝 is の を い, SVG を with い て said す る デ ー タ ベ ー ス シ ス テ ム GeneAround を build し GO デ ー タ の update に follow さ せ た. GeneAround シ ス テ ム は, riken institute の マ ウ ス posthumous son 伝 note 釈 pay け プ ロ ジ ェ ク ト FANTOM で も be interstate に using さ れ た. ま た, overseas か ら の Web サ イ ト へ の ア ク セ ス も raised plus し て い る.

项目成果

Junko Tanoue, et al.: "The GeneAround GO viewer"Bioinformatics. Vol.18 No.12. 1705-1706 (2002)

Junko Tanoue 等人：“GeneAround GO 查看器”生物信息学。

Junko Tanoue, et al.: "GeneAround : A Browsing System for Gene Annotation Using XML Technologies"Proc. of WAIM'02,LNCS, Springer-Verlag. Vol.2419. 236-246 (2002)

Junko Tanoue 等人：“GeneAround：使用 XML 技术进行基因注释的浏览系统”Proc。