XMLを用いたゲノム情報の体系化と高度データベースの構築

使用XML进行基因组信息的系统化和高级数据库的构建

• 批准号: 13208019
• 负责人: 吉川 正俊
• 金额: $ 4.29万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13208019/
• 关键词: XML; データ統合; Gene Ontology; バイオインフォマティクス; 遺伝子機能注釈; Scalabel Vector Graphics; 利用者インタフェース

種々のゲノムXMLデータをオントロジーデータを中心に統合的に利用することにより,異生物種のゲノム情報の横断的な検索を可能とするシステムを開発した.システムは,オントロジーデータとしてGene Ontologyを,またゲノムデータとしては理研FANTOM(Functional Annotation of Mouse)のMaXMLデータを始め,SGD, FlyBase, MGI, PomBase, WormBase, TIGRなど注釈データとしてGene Ontologyの用語を参照しているものを,すべてXMLの形式で格納している.ゲノムデータの利用システムでは,取り扱うデータの種類・量の増加やスキーマの変更は避けられないものであり,システムの拡張性を確保するために,Webの標準技術を基盤にしたシステムを構築した.Gene Ontologyを中心とすることにより,次の様な検索が可能となる.1.ある遺伝子からGene Ontologyへの参照と,Gene Ontologyの階層における近傍のブラウジング,2.Gene Ontologyの同じ用語を参照している異生物種間での遺伝子の比較,3.ある遺伝子の注釈データから参照されている用語の上位,下位概念に当たる用語を持つ(同一生物種または異なる生物種の)遺伝子の検索システム内部では,XMLデータは,すべてフリーウェアのXQueryエンジンに格納されている.利用者は簡単なインタフェースを介してデータのブラウジングが可能であるが,利用者からの簡易問合せはシステム内部ではXQuery問合せに変更され,結果はXSLTによってHTMLに変換された上でブラウザ上に表示される.また,Gene Ontologyの階層関係を視覚的に表示するために,SVG(Scalable Vector Graphics)を用いている.

As a result of the integration of the XML information center, the cross-sectional information lines of the biological species may not be allowed to operate. In the form of Gene Ontology, SGD, FlyBase, MGI, PomBase, WormBase, TIGR, etc., in the form of reference, and XML, in the form of MaXML, SGD, FlyBase, MGI, PomBase, WormBase, TIGR, etc. In order to improve the performance of the Web standard technical information system, the standard technical information system of the Gene Ontology center may be used to improve the performance of the system. In this paper, the standard technical information is used to make sure that the information is not correct, and the standard technical information of the system is very important. You can use the Gene Ontology reference, the Gene Ontology reference, the nearest neighbor, the 2.Gene Ontology, and the bioreactor, 3. Please note that the information is in the upper level of the information system, and the lower concept is that the system is used in the same biological species (the same biological species). In the system, the XQuery system is used in the system, and the system is used in the system. The user may have a problem with each other, and the user may have a problem with the XQuery. The result shows that the XSLT error rate is higher than that of the HTML user. The word "Gene Ontology" means "I don't know", and the word "SVG (Scalable Vector Graphics)" means "I don't know".

项目成果

J.Tanoue: "An XML document management system using XLink for an integration of biological data"9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology(ISMB2001). (2001)

J.Tanoue：“使用 XLink 集成生物数据的 XML 文档管理系统”第九届国际分子生物学智能系统会议 (ISMB2001)。

波多野 賢治: "情報検索技術を用いた部分文書構造の自動抽出"情報処理学会論文誌:データベース. 42・TOD10. 36-46 (2001)

Kenji Hatano：“使用信息检索技术自动提取部分文档结构”日本信息处理学会会刊：数据库42·TOD10（2001）。

Toshiyuki Amagasa: "Realizing Temporal XML Repositories using Temporal Relational Databases"The Third International Symposium on Cooperative Database Systems for Advanced Applications (CODAS'2001). 63-67 (2001)

Toshiyuki Amagasa：“使用时态关系数据库实现时态 XML 存储库”第三届高级应用程序协作数据库系统国际研讨会 (CODAS2001)。

N.Matoba: "Portal XML Server: Toward Accessing and Managing Bioinformatics XML Data on the Web"9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology(ISMB2001). (2001)

N.Matoba：“门户 XML 服务器：访问和管理 Web 上的生物信息学 XML 数据”第九届国际分子生物学智能系统会议 (ISMB2001)。

N.Matoba: "A System for Integration of Heterogeneous Biological XML Data"Genome Informatics 2001(Genome Informatics Series). 12. (2001)

N.Matoba：“异质生物 XML 数据集成系统”基因组信息学 2001（基因组信息学系列）。