XMLを用いたゲノム情報の体系化と高度データベースの構築

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種々のゲノムXMLデータをオントロジーデータを中心に統合的に利用することにより,異生物種のゲノム情報の横断的な検索を可能とするシステムを開発した.システムは,オントロジーデータとしてGene Ontologyを,またゲノムデータとしては理研FANTOM(Functional Annotation of Mouse)のMaXMLデータを始め,SGD, FlyBase, MGI, PomBase, WormBase, TIGRなど注釈データとしてGene Ontologyの用語を参照しているものを,すべてXMLの形式で格納している.ゲノムデータの利用システムでは,取り扱うデータの種類・量の増加やスキーマの変更は避けられないものであり,システムの拡張性を確保するために,Webの標準技術を基盤にしたシステムを構築した.Gene Ontologyを中心とすることにより,次の様な検索が可能となる.1.ある遺伝子からGene Ontologyへの参照と,Gene Ontologyの階層における近傍のブラウジング,2.Gene Ontologyの同じ用語を参照している異生物種間での遺伝子の比較,3.ある遺伝子の注釈データから参照されている用語の上位,下位概念に当たる用語を持つ(同一生物種または異なる生物種の)遺伝子の検索システム内部では,XMLデータは,すべてフリーウェアのXQueryエンジンに格納されている.利用者は簡単なインタフェースを介してデータのブラウジングが可能であるが,利用者からの簡易問合せはシステム内部ではXQuery問合せに変更され,結果はXSLTによってHTMLに変換された上でブラウザ上に表示される.また,Gene Ontologyの階層関係を視覚的に表示するために,SVG(Scalable Vector Graphics)を用いている.