XMLによる遺伝子機能データの体系化と検索システムの開発

使用 XML 的基因功能数据系统化和搜索系统的开发

• 批准号: 12208032
• 负责人: 吉川 正俊
• 金额: --
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12208032/
• 关键词: ゲノム; XML; 構造化文書; 問合せ処理

欧米ではすでにゲノムデータの表現書式としてのXML(eXtensible Markup Language)の有用性が認識されており,TML,BioDOM,GEMLなどの開発が進められている.本研究では,インターネット上の拡張可能な標準データ書式であるXMLを利用し,遺伝子機能データの体系化と検索システムの開発を行うことを目的とする.XMLで記述されている使いやすいゲノムデータベースを実現するためには,次の二つの問題点を解決する必要がある.一つめは,XMLデータベースの構築する際に,DTDの変更に対して頑健なスキーマを定義する必要がある点である.たとえば,ショウジョウバエゲノムのアノテーションをGenome Annotation Markup Elements(GAME)と呼ばれるXML言語で表現したデータに見られるように,ゲノム情報を記述するXMLデータは実験の進展や解析データの追加に伴い,DTDが頻繁に変更される.そこで,本研究では,DTD情報に依存せずにXMLデータを格納できるような関係スキーマを開発し,さらにXPath問合せから対応するSQL間合せへの変換アルゴリズムを開発した.二つ目の点は,XQueryのような形式的な言語ではなく,現在のサーチエンジン程度に簡便な問合せインタフェースを持ち,しかもXMLのような構造化文書の利点を活用した検索手法が必要である点である.そこで,問合せとして与えられたキーワード集合に適合する部分文書を探索するためのアルゴリズムを開発した.開発したアルゴリズムは,文書構造を利用するものと部分文書のベクトル情報を利用するものの二種類がある.

Omega is で は す で に ゲ ノ ム デ ー タ の performance book type と し て の XML (eXtensible Markup Language) の usefulness が know さ れ て お り, HTML, BioDOM, GEML な ど の open 発 が into め ら れ て い る. This study で は, イ ン タ ー ネ ッ ト の on company, zhang may な standard デ ー タ book type で あ る XML use し を, heritage 伝 sub function デ ー タ の systemized と 検 cable シ ス テ ム の open 発 を line う こ と を purpose と す る. XML で account さ れ て い る make い や す い ゲ ノ ム デ ー タ ベ ー ス を be presently す る た め に は, の two つ の problem point を す る Necessary がある. A つ め は, XML デ ー タ ベ ー ス の build す る interstate に, DTD の - more に し seaborne て robust な ス キ ー マ を definition す る necessary が あ る point で あ る. た と え ば, シ ョ ウ ジ ョ ウ バ エ ゲ ノ ム の ア ノ テ ー シ ョ ン を Genome Annotation Markup XML Elements (GAME) と shout ば れ る words で performance し た デ ー タ に see ら れ る よ う に, ゲ ノ ム intelligence を account す る XML デ ー タ は be 験 の progress や parsing デ ー タ の additional に companion い, frequent DTD が に - more さ れ る. そ こ で, this study で は, DTD intelligence に dependent せ ず に XML デ ー タ を Wagner で き る よ う な masato is ス キ ー マ を open 発 し, さ ら に XPath asked us せ か ら 応 seaborne す る between SQL and せ へ の variations in ア ル ゴ リ ズ ム を open 発 し た. Two つ mesh point の は, XQuery の よ う な な words in the form of で は な く, now の サ ー チ エ ン ジ ン degree easy に な asked us せ イ ン タ フ ェ ー ス を ち to have, し か も XML の よ う な structured document の tartness を use し た 検 rope technique が necessary で あ る point で あ る. そ こ で, ask us せ と し て and え ら れ た キ ー ワ ー ド collection に optimum In conjunction with the する section of the document を, explore するため <s:1> ア ゴリズムを ゴリズムを ゴリズムを develop た. Open 発 し た ア ル ゴ リ ズ ム は, instrument structure を using す る も の と part document の ベ ク ト ル intelligence を using す る も の の two kinds が あ る.

项目成果

Masatoshi Yoshikawa,Toshiyuki Amagasa,Dao Dinh Kha,Kenji Hatano,Hiroko Kinutani,Noboru Matoba,Junko Tanoue,Masahiro Watanabe and Shunsuke Uemura: "On Two Query Interfaces for Genome XML Databases"IEEE Workshop on XML-Enabled Wide Area Search in Bioinforma

Masatoshi Yoshikawa、Toshiyuki Amagasa、Dao Dinh Kha、Kenji Hatano、Hiroko Kinutani、Noboru Matoba、Junko Tanoue、Masahiro Watanabe 和 Shunsuke Uemura：“关于基因组 XML 数据库的两个查询接口”IEEE 生物信息学中支持 XML 的广域搜索研讨会

Toshiyuki Amagasa,Masatoshi Yoshikawa and Shunsuke Uemura: "A Data Model for Temporal XML Documents"Proc.of the 11th International Conference on Database and Expert Systems Applications (DEXA2000) London - Greenwich, United Kingdom, September 4-8, 2000 Le

Toshiyuki Amagasa、Masatoshi Yoshikawa 和 Shunsuke Uemura：“A Data Model for Temporal XML Documents”Proc.of the 11th International Conference on Database and Expert Systems Applications (DEXA2000) 伦敦 - 格林威治，英国，2000 年 9 月 4-8 日