立体構造を中心とした統合タンパク質データベースの開発

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本研究は、タンパク質の立体構造のデータを比較・分類し、さらにそれに関する配列データ等をリンクすることで、統合された有効なデータベースを作成することを目的とした。本年度は、まず、申請者が以前に開発した立体構造比較プログラム"Matras"を用いた立体構造比較をするWEBサーバ(http://biunit.aist-nara.ac.jp/Matras/)を開設・維持する作業を中心に行なった。これはユーザーが立体構造のIDを入力、あるいは原子座標をアップロードすることで、ペアワイズ・マルチプルの立体構造比較、さらには構造既知のライブラリに対する類似構造検索を行なうことができるサーバである。ペアワイズ、マルチプルの構造比較ではリアルタイムに結果が返答される。構造ライブラリ検索は20〜30分の計算時間がかかるため電子メールで結果を送信する形式を採用している。対象の構造ライブラリは週に一度更新される。このサーバは昨年夏に一般公開され、現在では国内外から検索依頼が来るようになっている。こういった立体構造比較サーバは欧米では既にいくつか存在するが、国内では、我々の知る限り、唯一の実働している比較サーバであり、その存在価値は高いと信じている。さらに、一般の生物学者からの要望を受けてアミノ酸配列からの立体構造検索サービスの機能も追加した。このサーバについては"Nucleic Acids Resarch"誌に投稿し審査中である。この立体構造比較Webサーバを中心として、様々な情報を取り込んでいくことで、より有用な統合データベースサーバを開発していくことを計画している。