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単鎖DNA結合タンパク質の新規立体構造モチーフ解析とデータベースからの検索

单链 DNA 结合蛋白的新型 3D 结构基序分析和数据库搜索

基本信息

批准号：
16013246
负责人：
胡桃坂仁志
金额：
$ 2.43万
依托单位：
Waseda University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

生命体は、ゲノムDNAに保存されている情報を必要に応じて転写し、複製し、そして組換えながら子孫へ伝達している。このようなゲノムDNA代謝はすべてDNA結合タンパク質を介して行われている。DNA結合タンパク質は、DNAに結合するために必要な特徴的な立体構造を持ち、その領域を"DNA結合ドメイン"と呼ぶ。このような、ドメイン立体構造モチーフの配列を基本にしたDNA結合タンパク質のグループ分類は、新規DNA結合タンパク質のデータベースからの検索を可能にするために不可欠な要素である。単鎖DNAは、転写、複製、組換えなどDNAが働く際に常に出現する。このことは、単鎖DNA状態を特異的に認識して結合し、機能するタンパク質の存在および重要性を示している。しかし、現在報告されているDNA結合ドメインの立体構造のほとんどがB型二重鎖DNAに結合するモチーフであり、特に単鎖DNAに結合するDNA結合タンパク質の立体構造の報告は非常に少ない。そこで、単鎖DNA結合ドメインの構造情報の充実化のために、RecA、RecT、Rad51、Rad52、Dmc1などの、原核生物および真核生物由来の単鎖DNA結合タンパク質の立体構造解析を試みた。そして、相同組換えの際に単鎖DNAに結合して組換え酵素として働くDmc1の立体構造解析に成功した。Dmc1は、8量体のリング構造を基本とする16量体のダブルリング構造を形成していた。そしてダブルリング構造の側面に、単鎖DNAに特異的に結合する新規モチーフを持つDNA結合サイトが存在することを、変異体解析によって明らかにした。Dmc1のリング構造は、直後約130オングストロームのドーナッツ状で、中央に約30オングストロームの直径の穴が存在する。この中央の穴に糸を通すように二重鎖DNAを結合することが、変異体解析の結果明らかになった。

Life forms need to preserve their DNA in order to be able to reproduce, reproduce, and reassemble their DNA. The DNA metabolism of these organisms is mediated by DNA binding. DNA binding site, DNA binding site. The basic elements of DNA binding sequence are the basic elements of DNA binding sequence, and the basic elements of DNA binding sequence. DNA sequencing, replication, and assembly are common occurrences. This is an indication of the importance of the unique state of DNA binding and function. There are very few reports of the stereostructure of DNA binding molecules that bind to B-type double-locked DNA. Complete analysis of structural information of single-chain DNA binding sites, RecA, RecT, Rad51, Rad52, Dmc1, prokaryotic and eukaryotic origin of single-chain DNA binding sites In addition, the three-dimensional structure analysis of Dmc1 was successfully carried out by combining DNA with the same group of enzymes Dmc1, 8 volume separation structure is basic, 16 volume separation structure is formed. The structure of the DNA binding system is based on the DNA binding system, and the DNA binding system is based on the DNA binding system. Dmc1 has a split structure with a diameter of about 130 ° and a diameter of about 30 ° at the center. The result of this analysis is clear.