安定性指標に基づく蛋白質立体構造予測法の確立

基于稳定性指标的蛋白质结构预测方法的建立

• 批准号: 12208030
• 负责人: 油谷 克英
• 金额: --
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12208030/
• 关键词: 立体構造予測; X線結晶構造解析; カロリメトリー; ヒトリゾチーム; アミノ酸置換; 「安定性; 構造」データベース; 蛋白質の安定性; 蛋白質の立体構造

遺伝子配列(アミノ酸配列)に書かれているタンパク質立体構造・機能に関する情報を解読することは今日のライフサイエンス研究における最も重要な課題の一つである。アミノ酸配列から立体構造を予測しようとする時、1次元の配列ととりうる3次元の立体構造との適合性を評価するが、その予測構造の適合評価の基礎となる現有の「評価関数」は、経験的なもので精度の高いものではない。私達は、ヒトリゾチームをモデル物質として選び、全構造特性を網羅した変異型を作製し、変異に伴う構造変化と安定性変化のデータを集積し、「安定性/構造」データーベースを構築しつつある。本研究課題では、このデータベースを更に充実させて、信頼度の高い「評価関数」を作製し、蛋白質の立体構造を精密に予測できる方法を確立することを目的としている。本研究で得られた分子内部での系統的で網羅的なヒトリゾチーム変異型の安定性と構造変化のデータとこれまでに蓄積したデータを解析し、各安定化因子のパラメータを決定した。これを、立体構造予測などに役立つ、各アミノ酸残基の安定化スケールの新しいテープルとして提案することができた。更に、分子表面残基の安定化への影響を調べるために、ヒトリゾチームの分子表面にあるVal2,Va74,Val110に焦点を当てた。これらはそれぞれβ構造、ループ、そしてαヘリックスと違った二次構造上の部位に位置している。それぞれの部位での一連の疎水性残基(Gly,Ile,Leu,Met,Phe)への変異型を作成し、それらの安定性変化をDSCで構造変化をX線結晶構造解析で調べた。得られた結果を総合的に解析して、分子表面での置換による水和構造の変化を考慮すると、分子内部で得られたパラメターを、分子表面変異型においても同様に安定性の評価に活用できることが分かった。

The sub-configuration (acid allocation) is very important. The stereo machine can be used to solve the problem of health care today. In order to improve the accuracy of the three-dimensional system, the three-dimensional system is used in the system, and the accuracy of the system is higher than that of the system. In addition, you can select the selection of information, create a full-structure network of properties, make a network of users, and create a network of information on stability, stability and stability. The purpose of this study is to make sure that the purpose of this study is to improve the accuracy of the system, the accuracy of the system, the accuracy of the method, and the accuracy of the method. The purpose of this study is to determine the stability of the network of the intra-molecular system, and the stability of each stabilization factor. The three-dimensional method is used to stabilize the acid residues and to make a proposal for the stabilization of acid residues. The molecular surface residues are stabilized, the molecular surface residues are stabilized, This is the second time that the position of the part has been built. The water-borne residues (Gly,Ile,Leu,Met,Phe) were formed in the first place, and the stability was determined. The X-ray of DSC was analyzed and analyzed. The results showed that the analytical method was used to analyze the structure of the molecule, the concentration of water on the surface of the molecule, the concentration of water on the surface of the molecule, the concentration of water on the surface of the molecule, the temperature in the interior of the molecule, and the stability of the surface of the molecule.

项目成果

Y.Yamagata et al & K.Yutani: "Entropic Stabilization of the Tryptophan Synthase a-Subunit from a Hyperthermophile, Pyrococcus furiosus : X-ray Analysis and Calorimetry"J.Biol.Chem. (in press). (2001)

山形等

J.Funahashi et al & K.Yutani: "Role of Surface Hydrophobic Residues in the Conformational Stability of Human Lysozyme at Three Different Positions"Biochemistry. 39. 14448-14456 (2000)

J·船桥等

S.Goda et al.& K.Yutani: "Amyloid protofilament formation of hen egg lysozyme in highly concentrated ethanol solution"Protein Science. 9. 369-375 (2000)

S.Goda 等人。

K.Takano et al.,& K.Yutani: "Contribution of Salt Bridges near the Surface of a Protein to the Conformational Stability"Biochemistry. 39. 12375-12381 (2000)

K.Takano 等人，

K.Takano et al.,& K.Yutani: "Role of Amino Acid Residues at Turns in the Conformational Stability and Folding of Human Lysozyme"Biochemistry. 39. 8655-8665 (2000)

K.Takano 等人，