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放線菌の線状ゲノムのダイナミックな構造変化の解析

放线菌线性基因组动态结构变化分析

基本信息

批准号：
16013235
负责人：
木梨陽康
金额：
$ 4.1万
依托单位：
Hiroshima University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

(1)Streptomyces griseusの線状染色体のダイナミックな構造変化の解析これまでの解析によって、Streptomyces griseus 402-2株の線状染色体の中央部には約2.5Mbにもわたる逆位が起きていることが明らかになっている。この逆位の両末端及び親株2247の対応する染色体領域を比較解析した結果、親株2247は約6kbのトランスポゾンを1コピーもつのに対して、402-2株は2コピーもつことが明らかになった。これらのデータから、親株染色体のトランスポゾンから約2.5Mb離れたところに2番目のコピーが逆向きに転移した仮想中間体が初めに生じた後、2つのトランスポゾン間で相同組み換えが起きて402-2株が生成したことが推定された。これを更に確認しトランスポゾンの性質を明らかにするために、subcloningと塩基配列の決定を行っているところである。(2)線状プラスミドの末端蛋白及び相互作用の解析Streptomyces violaceoruber JCM4979株は大きさが約35kbずつ異なる390-630kbの一連の線状プラスミドをもつ。これらのプラスミドは、線状プラスミドSCP1(356kb)に環状プラスミドSCP2(31.4kb)が異なるコピー数組み込まれて生じたものと初めは推定されたが、プラスミドの大きさの違いがSCP2のサイズと完全に一致していなかった。最近、Chaterや私たちはSCP1の全塩・基配列を決定し、またSCP2の全塩基配列もAltenbuchnerらによって明らかにされた。プラスミドラダー中のSCP1-SCP2接合部の塩基配列とこれらのデータとの比較から、stability regionが欠失したSCP2 DNAとトランスポゾンTn5714を含む染色体領域が隣り合わせで増幅単位となって、これが異なるコピー数SCP1に挿入されて一連のプラスミドが生成したことが推定された。このよう極めて類似し、同じ複製開始点をもつ複数のプラスミドが同一細胞内で安定的に維持されることはたいへん興味深く、その原因を明らかにしようとしているところである。

(1) Analysis of structural transformation of linear chromosomes of Streptomyces griseus strain 402-2. The central part of linear chromosomes of Streptomyces griseus strain 402-2 was inverted by about 2.5Mb. Comparative analysis of the chromosome domain between the inverted terminal and the parent strain 2247 showed that the parent strain 2247 had a 6kb chromosome domain with a 1 bp domain and the parent strain 402-2 had a 2 bp domain with a 2 bp domain. The parent plant chromosomes were separated from each other by about 2.5Mb. The two plants were separated from each other by about 2.5Mb. The two plants were separated from each other by about 2.5Mb. The two plants were separated from each other by about 2.5Mb. The nature of the subcloning process (2)Analysis of terminal protein and protein interactions of linear protein fragments of Streptomyces violaceoruber JCM4979 strain. The size of the strain is about 35kb. The length of the protein fragments is 390-630kb. In this case, SCP1(356kb) was classified as linear, SCP2(31.4 kb) was classified as circular, and SCP2(356 kb) was classified as linear. Recently, Chater and SCP1's full base alignment were determined, and SCP2's full base alignment was determined. SCP1-SCP2 junction base alignment in SCP1-SCP2 junction, comparison, stability region missing, SCP2 DNA, diversity region Tn5714, chromosome region missing, diversity region increasing, SCP1 region missing, sequence sequence missing, generation, prediction, etc. The origin of replication is similar to the origin of replication, and the origin of replication is stable in the same cell.