权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

ネットワークマップに基づく大規模生命分子ネットワークのロバスト解析

基于网络图的大规模生物分子网络的鲁棒分析

基本信息

批准号：
16014220
负责人：
倉田博之
金额：
$ 2.3万
依托单位：
Kyushu Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

我々が開発したCADLIVEを用いて生命分子ネットワークマップにポストゲノム情報を統合して、精密なマップを効率的に構築するためのアルゴリズム、ネットワーク上で自在に遺伝子ノックアウトを行うアルゴリズム、経路探索アルゴリズムを開発した。それらを用いて、大規模ネットワークマップのロバスト性や階層性・モジュール性を解明した。具体的には以下の4つを行った.1.ネットワークマップへのポストゲノム情報の効率的統合化方法の開発多様な階層の生命情報を統合するための制御反応式の書式として、SBML形式を拡張するかたちで開発した。ヘテロな情報をSBML形式の制御反応式に変換することによって、生命分子ネットワークに統合した。2.遺伝子ノックアウトアルゴリズム遺伝子ノックアウトによって、連鎖的に関連の分子を削除するためには、ネットワーク上のすべての分子について、それがどの遺伝子から間接的、直接的に生じるのかをグラフ理論を応用して追跡して、遺伝子をノックアウトするアルゴリズムを開発した。3.経路探索によるロバスト性評価遺伝子制御・代謝ネットワークの基本反応経路(Elementary Pathway at Dynamic State=EPDS)を探索するアルゴリズムを多分木アルゴリズムに基づいて開発した。また、大規模システムのEPDS経路探索を行うために、ネットワークのモジュール分割法を構築した。4.システム解析ポストゲノム情報統合による生命分子ネットワークの精密化、EPDS経路探索によるシステムのロバスト性の評価、モジュール性や階層性の解明について、酵母細胞周期や大腸菌のストレス応答を解析対象として行った。

We have developed CADLIVE to integrate and refine information on molecular biology, and molecular biology. All kinds of applications, large-scale development, hierarchical development, etc. The specific four aspects are as follows: 1. The integration method of the development of multi-layer life information and the development of the system of the integration of multi-layer life information. By transforming telegraphic information in the form of SBML in a controlled manner, we can integrate living molecules into the web. 2. The gene is linked to the molecule, the indirect, the gene is linked to the molecule, the gene is linked to the molecule 3. Elementary Pathway at Dynamic State = EPDS (Elementary Pathway at Dynamic State=EPDS) for Pathway Exploration and Multi-component Pathway Development. EPDS network exploration for large-scale systems is based on the construction of a network segmentation method. 4. The system analysis needs to integrate the information of the system, refine the molecular biology of the organism, explore the EPDS pathway, evaluate the system characteristics, analyze the system characteristics and hierarchical interpretation, analyze the yeast cell cycle and Escherichia coli cell cycle.