权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

空間パターン情報の広域計算処理による蛋白質機能解析

使用空间模式信息的广域计算处理进行蛋白质功能分析

基本信息

批准号：
16016259
负责人：
大川剛直
金额：
$ 4.42万
依托单位：
Kobe University (2005)Osaka University (2004)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至 2005
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、蛋白質の機能解析に有用な三次元構造情報の処理技術について開発を進めている。本年度は、既に開発済の蛋白質表面モチーフ発見手法SUMOMOをベースとして、多段階のフィルタリングにより、有用なモチーフのみを選別する手法について検討した。表面モチーフのフィルタリングを行うには、いかに機能部位の特徴を捉えて表面モチーフと関連付けるかが重要となる。機能部位をはじめとする分子表面の局所構造は保存性が強いため、いくつかの蛋白質に共通して見られる。また、機能部位は、ある機能が発現するために必要な特有の表面形状・物性をもつため、多くの蛋白質に共通して見られる普遍的な形状・物性ではなく、同様の機能を持った特定の蛋白質間においてその形状および物性が類似している。そこで、局所構造の類似性に基づき蛋白質を分類し、同じクラスタ内で固有に頻出する表面モチーフを有意性の高い表面モチーフと見なすことでフィルタリングを実現した。さらに、上記のフィルタリング(一次フィルタリング)により削除不可能な不要表面モチーフの存在に対処するため、さらなるフィルタリング(二次フィルタリング)の方式について検討した。具体的には、一次フィルタリングにより削除された表面モチーフを負例と見なし、残存した表面モチーフのそれぞれに対して、ある類似度以上で類似する負例の数をカウントする。そして、類似負例総数の小さいモチーフからランキングすることにより、二次フィルタリングを実現した。この方式を、一次フィルタリングの結果として得られた残存モチーフ209(うち、既知の活性部位36を含む)と負例619に対して適用した結果、36の活性部位に対応するモチーフの全てが上位にランク付けされており、手法の有効性が確認された。

This study is aimed at the functional analysis of proteins and the development of processing techniques for three-dimensional structural information. This year, the development of protein surface detection methods SUMOMO, multi-stage detection methods, useful detection methods were investigated. The characteristics of functional parts are important to the surface. The structure of the molecular surface of the functional site is strongly conserved and the protein is common. The surface shape, physical properties and functions of the protein are unique to each other. The protein is common to many proteins. The shape and physical properties of the protein are similar to each other. The similarity of the structure of the protein is classified into two groups: one is the intrinsic frequency of the protein; the other is the intentional frequency of the protein; the other is the intrinsic frequency of the protein. In addition, in the case of the first batch of products, the method of eliminating the impossible and the existence of the second batch of products is discussed. Specific to the first time, the first time, the second time, the third time, the third time, the fourth time, the fourth time, In addition, similar to the number of negative examples, the number of negative examples is small, and the number of negative examples is small. The method, the first time, the result of the separation, the result of the separation.

项目成果

期刊论文数量（9）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

SUMOMO : A Protein Surface Motif Mining Module

SUMOMO：蛋白质表面基序挖掘模块

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
International Journal of Computational Intelligence and Applications Vol.5, No.4
影响因子：
0
作者：
兼田佳和;Md.Ahaduzzaman Munna;大川剛直;N.L.Shrestha
通讯作者：
N.L.Shrestha

A Method of Filtering Protein Surface Motifs Based on Similarity among Local Surfaces

一种基于局部表面相似性的蛋白质表面基序过滤方法

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
Intelligent Data Engineering and Automated Learning, Lecture Notes in Computer Science Vol.3177
影响因子：
0
作者：
兼田佳和;Md.Ahaduzzaman Munna;大川剛直;N.L.Shrestha;N.L.Shrestha
通讯作者：
N.L.Shrestha

Parallel processing Method of Protein Surface Motifs Extraction

蛋白质表面基序提取的并行处理方法

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
Proc. of International Conference on Advances in Computer Science and Technology
影响因子：
0
作者：
Yutaka Shimizu;Nripendra L Shrestha;Takenao Ohkawa
通讯作者：
Takenao Ohkawa

類似表面結合処理の分割による蛋白質分子表面モチーフ抽出の並列化方式

划分相似表面结合处理的蛋白质分子表面基序提取的并行化方法