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空間パターン処理による蛋白質機能予測に関する研究

空间模式处理预测蛋白质功能的研究

基本信息

批准号：
13780283
负责人：
大川剛直
金额：
$ 1.6万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至 2002
项目状态：
已结题

项目摘要

蛋白質の機能が、その構造、特に表面の形状と特性に大きく依存することに着目し、これを空間パターンとして捉えた計算機処理により、自動比較、自動分類する手法を、昨年度、提案している。本年度は、この考え方をベースにして、機能に関与する部分表面を表面データベースから自動抽出することにより、蛋白質表面モチーフデータベースの作成を試みた。蛋白質の機能が類似すれば、活性部位の表面形状や物性も類似し、また、このような類似した活性部位は、いくつかの異なる蛋白質に共通して観察されることがしばしばある。このことに注目し、複数の蛋白質に共通してみられる表面形状や物性の頻出パターンを表面モチーフと定義し、平成13年度に開発した表面比較手法の考え方を発展させることで、表面モチーフを抽出する方法を提案した。抽出対象となるモチーフの大きさや形状は、様々であり、事前に決定することができない。そこで、ここでは、表面モチーフを構成する部分表面の最小単位を単位表面と定め、多数の蛋白質分子表面から共通する単位表面を抽出した後、それらを相互に連結することにより、表面モチーフを形成するというアプローチを採用した。単位表面は、2つの属性付き法線ベクトルから構成することで、機能との関連性が高い形状上の凹凸の表現を可能とした。また、共通する単位表面の発見に際しては、バケット法の導入により、その効率化を図った。提案した方式を、既知のモチーフを含む蛋白質に適用し、抽出モチーフの再現性を通じて手法の有効性を確認した。

Protein function, structure, surface shape, and characteristics are highly dependent on each other, such as protein orientation, protein spatial distribution, and protein computer processing, automatic comparison, and automatic classification. This year, we will try to make the surface of the surface of the protein. Protein functions are similar, surface shapes of active sites are similar, physical properties are similar, active sites are different, proteins are common. The surface shape and physical properties of a plurality of proteins are commonly used in the development of surface comparison methods. The shape of the object is determined beforehand. The smallest part of the surface is the surface. The most important part is the surface. The surface of a single position, the properties of the two sides, the normal lines, the composition, the function, the relationship, the performance of the bumps on the high shape, and the possibility of forming. In the case of a common surface, the introduction of a common surface and the efficiency of a common surface are discussed. The proposed method, the known method, the protein content, the reproducibility of the extraction method, and the effectiveness of the method were confirmed.